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- PDB-8ckn: Cytochrome P450 CYP143A1 (Rv1785c) from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ckn
タイトルCytochrome P450 CYP143A1 (Rv1785c) from Mycobacterium tuberculosis
要素P450 heme-thiolate protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 Heme-containing
機能・相同性
機能・相同性情報


1,8-cineole 2-endo-monooxygenase / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 1,8-cineole 2-endo-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Selvam, I.R.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R505870/1, BB/I019669/1, BB/I019227/1, BB/R009775/1 英国
University of Cambridge 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.54 Angstrom structure of cytochrome P450 CYP143A1 (Rv1785c) from Mycobacterium tuberculosis
著者: Selvam, I.R.
履歴
登録2023年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P450 heme-thiolate protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,67810
ポリマ－43,6501
非ポリマー1,0279
水8,845491
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area16940 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.202, 48.734, 54.045
Angle α, β, γ (deg.)112.090, 98.850, 109.110
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 P450 heme-thiolate protein


分子量: 43650.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: ERS007665_02725 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E8NPV3

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非ポリマー , 5種, 500分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.15 M Magnesium acetate tetrahydrate 0.1 M Sodium citrate 20% v/v PEG Smear Broad pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→37.83 Å / Num. obs: 51050 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 13.11 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 69.3
反射 シェル解像度: 1.54→1.595 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 23.12 / Num. unique obs: 4931 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rpim(I) all: 0.04569 / Rrim(I) all: 0.08527 / % possible all: 92.48

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.54→37.83 Å / SU ML: 0.1433 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.09 / 位相誤差: 19.6218
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1942 1999 3.92 %
Rwork0.1637 49051 -
obs0.1649 51050 96.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→37.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2975 0 62 491 3528
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00533199
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82044391
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0425483
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0087573
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.8191465
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.54-1.580.22511370.17823344X-RAY DIFFRACTION91.15
1.58-1.620.20881410.17583472X-RAY DIFFRACTION94.88
1.62-1.670.20461400.17513423X-RAY DIFFRACTION95.04
1.67-1.720.23751400.18073455X-RAY DIFFRACTION95.56
1.72-1.780.24511430.18433495X-RAY DIFFRACTION96.09
1.78-1.860.21291440.16983534X-RAY DIFFRACTION96.36
1.86-1.940.2111420.17033492X-RAY DIFFRACTION96.29
1.94-2.040.21381440.16793520X-RAY DIFFRACTION96.32
2.04-2.170.17711430.16383507X-RAY DIFFRACTION97.2
2.17-2.340.17771430.15223542X-RAY DIFFRACTION97.51
2.34-2.570.17611450.15943566X-RAY DIFFRACTION97.68
2.57-2.940.19581460.16013562X-RAY DIFFRACTION98.15
2.95-3.710.19451460.15543587X-RAY DIFFRACTION98.78
3.71-37.830.17571450.16273552X-RAY DIFFRACTION97.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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