+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ckh | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of IspE from Klebsiella pneumoniae | ||||||
![]() | 4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2C-METHYL-D-ERYTHRITOL KINASE / IspE / Klebsiella pneumoniae. | ||||||
機能・相同性 | ![]() 4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase / 4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hamid, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of IspE from Klebsiella pneumoniae 著者: Hamid, R. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 276.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 186.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
---|
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30856.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ispE, ipk, B5L96_11675, BN49_3345, FXN67_13605, GNE24_13115, GNG14_12250, NCTC13465_02970, NCTC13635_07143, NCTC5052_02044, NCTC9140_05240, NCTC9601_01067, NCTC9661_03960, SAMEA3499874_ ...遺伝子: ispE, ipk, B5L96_11675, BN49_3345, FXN67_13605, GNE24_13115, GNG14_12250, NCTC13465_02970, NCTC13635_07143, NCTC5052_02044, NCTC9140_05240, NCTC9601_01067, NCTC9661_03960, SAMEA3499874_01580, SAMEA3499901_04677, SAMEA3538828_04749 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: W9BPL2, 4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.16 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM HEPES pH7.0 1 M Sodium citrate / PH範囲: 7.0-7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0007 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→44.58 Å / Num. obs: 46367 / % possible obs: 98.53 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 26.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.8 Å / Num. unique obs: 4526 / Rrim(I) all: 0.695 / % possible all: 97.41 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.45 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.58 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 39.1260751016 Å / Origin y: 24.3356078802 Å / Origin z: 73.5618338654 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |