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- PDB-8ckh: Crystal structure of IspE from Klebsiella pneumoniae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ckh
タイトルCrystal structure of IspE from Klebsiella pneumoniae
要素4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase
キーワードPROTEIN BINDING / 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2C-METHYL-D-ERYTHRITOL KINASE / IspE / Klebsiella pneumoniae.
機能・相同性
機能・相同性情報


4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase / 4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / 4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hamid, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Helmholtz Association ドイツ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: IspE kinase as an anti-infective target: Role of a hydrophobic pocket in inhibitor binding.
著者: Hamid, R. / Walsh, D.J. / Diamanti, E. / Aguilar, D. / Lacour, A. / Hamed, M.M. / Hirsch, A.K.H.
履歴
登録2023年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase
B: 4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7254
ポリマ－61,7122
非ポリマー1,0122
水5,332296
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area22150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.870, 76.781, 98.517
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase / CMK / 4-(cytidine-5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase


分子量: 30856.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: ispE, ipk, B5L96_11675, BN49_3345, FXN67_13605, GNE24_13115, GNG14_12250, NCTC13465_02970, NCTC13635_07143, NCTC5052_02044, NCTC9140_05240, NCTC9601_01067, NCTC9661_03960, SAMEA3499874_ ...遺伝子: ispE, ipk, B5L96_11675, BN49_3345, FXN67_13605, GNE24_13115, GNG14_12250, NCTC13465_02970, NCTC13635_07143, NCTC5052_02044, NCTC9140_05240, NCTC9601_01067, NCTC9661_03960, SAMEA3499874_01580, SAMEA3499901_04677, SAMEA3538828_04749
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: W9BPL2, 4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.16 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM HEPES pH7.0 1 M Sodium citrate / PH範囲: 7.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.0007 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0007 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→44.58 Å / Num. obs: 46367 / % possible obs: 98.53 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 26.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.8→1.8 Å / Num. unique obs: 4526 / Rrim(I) all: 0.695 / % possible all: 97.41

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimless1.20.1_4487データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→44.58 Å / SU ML: 0.1856 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.4377
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2267 2000 4.32 %
Rwork0.1884 44336 -
obs0.19 46336 98.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4275 0 62 296 4633
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00484440
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79556069
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0492685
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0098787
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2256613
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.850.28151400.2343108X-RAY DIFFRACTION98.04
1.85-1.890.31111390.233065X-RAY DIFFRACTION97.06
1.89-1.950.2321410.22663140X-RAY DIFFRACTION99.09
1.95-2.010.26831440.20233175X-RAY DIFFRACTION99.37
2.01-2.090.2681410.19843141X-RAY DIFFRACTION99.18
2.09-2.170.2471420.1943137X-RAY DIFFRACTION99.27
2.17-2.270.26821430.20063176X-RAY DIFFRACTION99.37
2.27-2.390.24541440.20193184X-RAY DIFFRACTION99.64
2.39-2.540.23221420.1993157X-RAY DIFFRACTION98.45
2.54-2.730.23461410.19423135X-RAY DIFFRACTION97.36
2.73-3.010.23571440.19423197X-RAY DIFFRACTION99.79
3.01-3.440.21031460.18643225X-RAY DIFFRACTION99.32
3.44-4.340.20821450.16013232X-RAY DIFFRACTION98.63
4.34-44.580.20041480.1833264X-RAY DIFFRACTION95.31
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 39.1260751016 Å / Origin y: 24.3356078802 Å / Origin z: 73.5618338654 Å
111213212223313233
T0.193084758536 Å20.00247546626507 Å2-0.00734482685061 Å2-0.139104989724 Å2-0.0139812774181 Å2--0.184170407087 Å2
L1.06721199807 °2-0.0774683028385 °20.210332521432 °2-0.19572742965 °2-0.0143925032354 °2--0.496196905122 °2
S0.0486505709904 Å °0.0289453578892 Å °-0.0254863002552 Å °0.0303558812964 Å °-0.0843066222218 Å °0.00591774292799 Å °-0.00579103890087 Å °-0.00273582505241 Å °-0.00229461070272 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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