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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ckb | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Asymmetric reconstruction of the crAss001 virion | ||||||||||||
 要素 |
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 キーワード | VIRUS / crassvirus / crassphage / bacteriophage / phage / podovirus | ||||||||||||
| 機能・相同性 |  機能・相同性情報viral capsid, decoration / virus tail / biological process involved in interaction with host / host cell membrane / viral life cycle / virion component / viral capsid / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
| 生物種 |  Bacteroides phage crAss001 (ファージ) | ||||||||||||
| 手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.39 Å | ||||||||||||
 データ登録者 | Bayfield, O.W. / Shkoporov, A.N. / Yutin, N. / Khokhlova, E.V. / Smith, J.L.R. / Hawkins, D.E.D.P. / Koonin, E.V. / Hill, C. / Antson, A.A. | ||||||||||||
| 資金援助 |  英国, 1件
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 引用 | ジャーナル: Nature タイトル: Structural atlas of the most abundant human gut virus 著者: Bayfield, O.W. / Shkoporov, A.N. / Yutin, N. / Khokhlova, E.V. / Smith, J.L.R. / Hawkins, D.E.D.P. / Koonin, E.V. / Hill, C. / Antson, A.A. | ||||||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
-ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 8ckb.cif.gz | 80.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb8ckb.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
| PDBx/mmJSON形式 | 8ckb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 |  その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 8ckb_validation.pdf.gz | 294 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 8ckb_full_validation.pdf.gz | 292 KB | 表示 | |
| XML形式データ | 8ckb_validation.xml.gz | 4.4 MB | 表示 | |
| CIF形式データ | 8ckb_validation.cif.gz | 7.3 MB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/8ckbftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/8ckb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 関連構造データ | M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
|---|---|
| 類似構造データ |
-リンク
PDBj-
集合体
| 登録構造単位 | 
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|---|---|
| 1 |
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-要素
-タンパク質 , 8種, 1232分子 A001A002A003A004A005A006A007A008A009A010A011A012A013A014A015A016A017A018A019A020A021A022A023A024A025A026A027A028A029A030...
| #1: タンパク質 | 分子量: 36154.094 Da / 分子数: 534 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacteroides phage crAss001 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A385DVS7#4: タンパク質 | 分子量: 10294.763 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacteroides phage crAss001 (ファージ)#6: タンパク質 | 分子量: 57098.598 Da / 分子数: 535 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacteroides phage crAss001 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A385DVU6#7: タンパク質 | 分子量: 156459.312 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacteroides phage crAss001 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A385DVD6#8: タンパク質 | 分子量: 90913.836 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacteroides phage crAss001 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A385DV85#9: タンパク質 | 分子量: 93122.211 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacteroides phage crAss001 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A385DT68#10: タンパク質 | 分子量: 11327.080 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacteroides phage crAss001 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A385DTA3#15: タンパク質 | 分子量: 92401.672 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacteroides phage crAss001 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A385DVT1 |
|---|
-Head fiber dimer protein ... , 2種, 111分子 A511B001B002B003B004B005B006B007B008B009B010B011B012B013B014B015B016B017B018B019B020B021B022B023B024B025B026B027B028B029...
| #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2531.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacteroides phage crAss001 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A385DVL5 |
|---|---|
| #3: タンパク質 | 分子量: 13110.960 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacteroides phage crAss001 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A385DTC5 |
-Ring protein ... , 4種, 60分子 J001J002J003J004J005J006J007J008J009J010J011J012K001K002K003K004K005K006K007K008K009K010K011K012L001L002L003L004L005L006...
| #11: タンパク質 | 分子量: 27479.625 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacteroides phage crAss001 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A385DT91#12: タンパク質 | 分子量: 26216.832 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacteroides phage crAss001 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A385DT87#13: タンパク質 | 分子量: 26076.506 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacteroides phage crAss001 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A385DV73#14: タンパク質 | 分子量: 26680.965 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacteroides phage crAss001 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A385DVC3 |
|---|
-Tail hub protein ... , 2種, 36分子 P001P002P003P004P005P006P007P008P009P010P011P012P013P014P015P016P017P018P019P020P021P022P023P024Q001Q002Q003Q004Q005Q006...
| #16: タンパク質 | 分子量: 24813.201 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacteroides phage crAss001 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A385DTH1#17: タンパク質 | 分子量: 13411.116 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacteroides phage crAss001 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A385DVM6 |
|---|
-タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 88分子 D001D002D003D004D005D006
| #18: 化合物 | ChemComp-MG /  分子量: 24.305 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg#5: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1209.482 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacteroides phage crAss001 (ファージ) |
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-詳細
| 研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
|---|---|
| EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
| 構成要素 | 名称: Bacteroides phage crAss001 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#3, #5-#17 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 分子量 | 値: 61 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
| 由来(天然) | 生物種: Bacteroides phage crAss001 (ファージ) | ||||||||||||||||||||
| ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||
| 天然宿主 | 生物種: Bacteroides intestinalis | ||||||||||||||||||||
| ウイルス殻 | 名称: Capsid / 直径: 880 nm / 三角数 (T数): 9 | ||||||||||||||||||||
| 緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
| 緩衝液成分 |
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| 試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
| 試料支持 | グリッドの材料: COPPER | ||||||||||||||||||||
| 急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
| 実験機器 |  モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
|---|---|
| 顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
| 電子銃 | 電子線源:  FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
| 電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 300 nm |
| 撮影 | 電子線照射量: 51 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
| ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.3/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package |
|---|---|
| EMソフトウェア | 名称: EPU / カテゴリ: 画像取得 |
| CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
| 3次元再構成 | 解像度: 4.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27445 / 対称性のタイプ: POINT |
