ソフトウェア 名称 バージョン 分類 PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化 Aimlessデータスケーリング iMOSFLMデータ削減 PHASER位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 1.6→29.61 Å / SU ML : 0.13 / 交差検証法 : FREE R-VALUE / σ(F) : 1.36 / 位相誤差 : 16.91 / 立体化学のターゲット値 : MLRfactor 反射数 %反射 Rfree 0.1874 2473 4.98 % Rwork 0.1569 - - obs 0.1584 49628 99.8 %
溶媒の処理 減衰半径 : 0.9 Å / VDWプローブ半径 : 1.1 Å / 溶媒モデル : FLAT BULK SOLVENT MODEL精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.6→29.61 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2830 0 47 423 3300
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 X-RAY DIFFRACTION f_bond_d0.006 2983 X-RAY DIFFRACTION f_angle_d0.829 4081 X-RAY DIFFRACTION f_dihedral_angle_d12.779 1091 X-RAY DIFFRACTION f_chiral_restr0.05 438 X-RAY DIFFRACTION f_plane_restr0.008 553
LS精密化 シェル 大きな表を表示 (7 x 18) 大きな表を隠す 解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Refine-ID % reflection obs (%)1.6-1.63 0.1976 132 0.1665 2567 X-RAY DIFFRACTION 100 1.63-1.66 0.2007 149 0.1596 2561 X-RAY DIFFRACTION 100 1.66-1.7 0.2084 131 0.1625 2620 X-RAY DIFFRACTION 100 1.7-1.74 0.1857 141 0.1562 2545 X-RAY DIFFRACTION 99 1.74-1.78 0.2036 123 0.1652 2609 X-RAY DIFFRACTION 100 1.78-1.83 0.2167 147 0.1617 2581 X-RAY DIFFRACTION 100 1.83-1.89 0.2042 145 0.1559 2619 X-RAY DIFFRACTION 100 1.89-1.95 0.1791 133 0.151 2618 X-RAY DIFFRACTION 100 1.95-2.02 0.1765 121 0.155 2594 X-RAY DIFFRACTION 100 2.02-2.1 0.1936 146 0.154 2600 X-RAY DIFFRACTION 100 2.1-2.19 0.1576 145 0.1565 2605 X-RAY DIFFRACTION 99 2.19-2.31 0.1982 143 0.1577 2603 X-RAY DIFFRACTION 100 2.31-2.45 0.2065 145 0.1585 2610 X-RAY DIFFRACTION 100 2.45-2.64 0.1756 134 0.1629 2650 X-RAY DIFFRACTION 100 2.64-2.91 0.198 118 0.1692 2653 X-RAY DIFFRACTION 100 2.91-3.33 0.1915 124 0.1642 2672 X-RAY DIFFRACTION 100 3.33-4.19 0.1681 162 0.141 2653 X-RAY DIFFRACTION 100 4.19-29.61 0.1902 134 0.1551 2795 X-RAY DIFFRACTION 100
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 13) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.0974 0.0878 0.1278 0.0713 0.119 0.1623 0.0507 0.065 -0.1459 -0.0819 -0.0397 -0.0742 0.4299 0.0062 -0.0037 0.3535 0.0289 0.0134 0.1548 0.0081 0.2234 0.1356 2.8995 -22.0577 2 0.2284 0.0993 -0.006 0.0525 0.0409 0.1383 -0.0507 0.0122 0.0551 -0.0006 0.0351 0.0106 -0.0017 -0.0186 -0.0082 0.1177 0.0291 0.0029 0.0724 0.006 0.1175 -3.8409 24.2246 -16.9219 3 0.1024 -0.0355 0.093 0.1359 -0.1034 0.1582 0.0059 -0.05 0.0114 0.0916 -0.1509 0.0776 0.1783 -0.2128 -0.0064 0.1383 -0.013 0.0153 0.0965 -0.0141 0.1491 -13.0176 20.7648 -10.8603 4 0.2081 -0.15 -0.0475 0.1579 -0.0985 0.2762 -0.044 -0.0419 0.0003 0.0264 0.0394 0.0379 0.0363 -0.0085 -0.0014 0.0862 0.0097 -0.0011 0.0872 -0.0031 0.1081 -4.9142 20.6067 -13.3465 5 0.2256 -0.0649 -0.0411 0.1234 0.0162 0.1293 -0.0348 0.0726 0.0818 -0.0836 -0.0017 -0.002 -0.0504 -0.007 -0.0221 0.1117 0.0034 0.0012 0.0646 0.0182 0.121 6.0317 29.166 -19.0137 6 0.1048 0.027 0.1169 0.0548 0.024 0.1211 -0.0417 0.0654 0.0525 -0.1272 -0.0125 0.0517 -0.0125 -0.0743 -0 0.1218 0.0179 -0.0173 0.1106 0.0061 0.1359 -7.8398 23.8744 -23.2295 7 0.1887 0.0004 0.0723 0.0274 0.0667 0.1416 -0.0736 -0.0456 -0.2555 -0.0405 0.133 0.0311 0.1051 0.0039 0.0138 0.1485 0.0232 0.011 0.1295 0.0582 0.1737 13.4143 8.975 -22.4006 8 0.2944 0.0999 0.0131 0.1509 0.099 0.0713 -0.0558 -0.1418 0.032 0.0246 -0.0437 -0.0297 0.061 0.1356 -0.0259 0.0912 0.0223 0.0116 0.1214 0.037 0.0812 7.1218 22.1357 -6.9243 9 0.2655 0.2066 0.0509 0.2608 0.1917 0.2121 -0.0287 0.2562 -0.0869 -0.0951 0.0744 -0.03 0.0305 0.156 0.0078 0.1063 -0.0056 0.0151 0.1859 0.004 0.0991 26.3939 14.966 -30.4894 10 0.0562 -0.0477 0.0223 0.0268 -0.0125 0.0859 -0.0564 -0.1352 0.0908 0.0417 0.0499 -0.0334 -0.0433 0.2223 -0.0016 0.0733 0.0011 0.0033 0.1756 0.0034 0.0832 33.759 18.1794 -19.8977 11 0.2469 0.0609 -0.0557 0.1291 0.1398 0.1721 -0.1038 0.0917 0.0232 -0.0803 0.0431 0.0055 -0.1729 0.1146 -0.0088 0.1431 -0.026 -0.0173 0.1187 0.048 0.0984 11.3157 23.8764 -26.2175 12 0.1121 -0.0401 -0.0881 0.1026 0.0387 0.0675 -0.043 -0.0855 0.0773 0.0304 0.0473 0.0219 -0.093 0.0491 0.0179 0.0943 -0.0094 0.0025 0.1179 0.0203 0.0972 17.1239 24.4507 -15.2967 13 0.2897 0.0846 0.2201 0.1639 0.1889 0.2629 0.021 -0.058 0.1028 0.021 0.0005 0.0257 0.0042 -0.0434 -0.024 0.0879 -0.0007 0.0171 0.0847 0.0352 0.0812 3.5371 23.4884 -12.7328
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details 1 X-RAY DIFFRACTION 1 chain 'A' and (resid 18 through 36 )2 X-RAY DIFFRACTION 2 chain 'A' and (resid 37 through 61 )3 X-RAY DIFFRACTION 3 chain 'A' and (resid 62 through 86 )4 X-RAY DIFFRACTION 4 chain 'A' and (resid 87 through 126 )5 X-RAY DIFFRACTION 5 chain 'A' and (resid 127 through 154 )6 X-RAY DIFFRACTION 6 chain 'A' and (resid 155 through 182 )7 X-RAY DIFFRACTION 7 chain 'A' and (resid 183 through 220 )8 X-RAY DIFFRACTION 8 chain 'A' and (resid 221 through 246 )9 X-RAY DIFFRACTION 9 chain 'A' and (resid 247 through 283 )10 X-RAY DIFFRACTION 10 chain 'A' and (resid 284 through 308 )11 X-RAY DIFFRACTION 11 chain 'A' and (resid 309 through 332 )12 X-RAY DIFFRACTION 12 chain 'A' and (resid 333 through 360 )13 X-RAY DIFFRACTION 13 chain 'A' and (resid 361 through 391 )