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- PDB-8cjv: Structure of bovine CD46 ectodomain (SCR 1-4) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cjv
タイトルStructure of bovine CD46 ectodomain (SCR 1-4)
要素Membrane cofactor proteinCD46
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Host cell receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


inner acrosomal membrane / negative regulation of complement activation, classical pathway / T cell mediated immunity / single fertilization / complement activation, classical pathway / 自然免疫系 / 細胞膜 / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Membrane cofactor protein CD46 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Aitkenhead, H. / Stuart, D.I. / El Omari, K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M011224/1 英国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2023
タイトル: Structure of Bovine CD46 Ectodomain.
著者: Aitkenhead, H. / Stuart, D.I. / El Omari, K.
履歴
登録2023年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane cofactor protein
B: Membrane cofactor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5017
ポリマ－63,3952
非ポリマー1,1065
水0
1
A: Membrane cofactor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1403
ポリマ－31,6971
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Membrane cofactor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3614
ポリマ－31,6971
非ポリマー6643
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)129.731, 129.731, 120.193
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Membrane cofactor protein / CD46


分子量: 31697.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CD46, MCP / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6VE48
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 10.5mg/ml in 0.1M sodium cacodylate tetrahydrate pH 6.4, 14% PEG smear broad, 0.2M CaCl2, 5% glycerol .

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→91.73 Å / Num. obs: 10884 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 25.6 % / Biso Wilson estimate: 50.37 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.487 / Rpim(I) all: 0.097 / Rrim(I) all: 0.497 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.84→3.24 Å / 冗長度: 20.5 % / Rmerge(I) obs: 2.225 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 544 / CC1/2: 0.63 / Rpim(I) all: 0.473 / Rrim(I) all: 2.278

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.84→88.17 Å / SU ML: 0.4001 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.3918
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2855 528 4.86 %
Rwork0.2527 10343 -
obs0.2543 10871 43.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 87.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→88.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3435 0 70 0 3505
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01493597
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.84014913
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0985542
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0133648
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.05591329
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.84-3.130.4328170.3067309X-RAY DIFFRACTION5.39
3.13-3.580.3192390.32181015X-RAY DIFFRACTION17.27
3.58-4.510.29511550.24622966X-RAY DIFFRACTION50.9
4.51-88.170.27623170.24816053X-RAY DIFFRACTION99.04
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5896619523440.4188634880270.6784780783610.3641453271190.4176204185110.867994891960.0123294060306-0.4125982963160.5756868177290.568862222111-0.02994605173331.45479315707-0.64308354985-1.071780308542.650759934870.7257582576890.6113324698340.3959093934240.8687097459160.03673442552290.954902992287-86.940771755612.1575671994-7.48469328806
20.475587083567-0.067213621911-0.07973727095170.155797059175-0.05748173367440.4373281981340.1760159332190.1530351313990.168603148169-0.0885651254567-0.0762906633042-0.0642548971629-0.1238296931760.07214362771310.141358055573-0.008980222832420.0420423131380.1881885390680.07026724767830.0179321294755-0.223050890854-56.000237828-1.37974437251-17.5864603753
31.548147307360.1481372300820.249675695920.1597661551980.09997739051270.07949945744710.08046819230960.4373252523830.388064805823-0.264967218712-0.300359049171-1.105309508670.2417455100550.6335347246040.1250837033680.5923398385070.55361698124-0.02188031019231.06738242509-0.04102763534761.12592484106-23.6449499599-22.817552877-16.4753188406
40.957695029477-0.0568494857553-0.1076522151032.1659081676-0.3690693976142.650211026260.182860856889-0.2236695082230.8182128402150.552879753441-0.0793664551483-1.43280244002-0.5865283560421.178646109591.911778030640.304650599196-0.23608392838-0.160144569430.942009171974-0.1054249811220.765365144555-40.65234695527.337264214336.69659909777
51.417815992870.808455487584-0.01695904977961.13011824466-0.1097959433921.231501825230.1703973340890.187913107597-0.272956334977-0.09556989505690.00416150892415-0.06700015268220.421546927224-0.0504546220253-0.3342102720990.19674461882-0.0485694844423-0.1036906992230.366140428873-0.001662166157280.0605762126-72.0888803675-5.44875311024-2.36931362302
6-0.0003607557490330.00193872031479-0.000887741012710.00113548677361-0.000959638130816-0.0009947851587290.195655546678-0.389186252355-0.7984720785140.478950523135-0.04944724468851.086369176660.129953798819-1.213577148650.2908205654760.7187134726620.1498535134590.2543909298522.223742118520.1789395194332.48516247497-109.670549532-13.78410339850.632806095491
70.482847164689-0.06573462935850.4146208269090.0268764130392-0.1508742384622.83106080045-0.0460347767134-0.19617102708-0.613287832531-0.01576402561250.4287006343790.02555015477540.9167283146160.255094896170.2243805990160.6138947645360.33432308403-0.0238283345680.642881390571-0.1166987747270.795323805834-22.5509935162-52.2874461443-3.43441641244
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 41 through 104 )AA41 - 1041 - 64
22chain 'A' and (resid 105 through 168 )AA105 - 16865 - 128
33chain 'A' and (resid 169 through 235 )AA169 - 235129 - 195
44chain 'B' and (resid 41 through 104 )BD41 - 1041 - 64
55chain 'B' and (resid 105 through 168 )BD105 - 16865 - 128
66chain 'B' and (resid 169 through 234 )BD169 - 234129 - 194
77chain 'A' and (resid 236 through 294 )AA236 - 294196 - 254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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