+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cjj | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of human tryptophan hydroxylase 1 in complex with inhibitor KM-06-057 | ||||||
要素 | Tryptophan 5-hydroxylase 1トリプトファンヒドロキシラーゼ | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / catalytic domain of human tryptophan hydroxylase 1 (TPH1) / inhibitor complex (酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of hemostasis / トリプトファンヒドロキシラーゼ / tryptophan 5-monooxygenase activity / Serotonin and melatonin biosynthesis / serotonin biosynthetic process / aromatic amino acid metabolic process / platelet degranulation / bone remodeling / NGF-stimulated transcription / negative regulation of ossification ...regulation of hemostasis / トリプトファンヒドロキシラーゼ / tryptophan 5-monooxygenase activity / Serotonin and melatonin biosynthesis / serotonin biosynthetic process / aromatic amino acid metabolic process / platelet degranulation / bone remodeling / NGF-stimulated transcription / negative regulation of ossification / response to immobilization stress / mammary gland alveolus development / positive regulation of fat cell differentiation / 概日リズム / neuron projection / iron ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66415657298 Å | ||||||
データ登録者 | Schuetz, A. / Mallow, K. / Nazare, M. / Specker, E. / Heinemann, U. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Structure-Based Design of Xanthine-Imidazopyridines and -Imidazothiazoles as Highly Potent and In Vivo Efficacious Tryptophan Hydroxylase Inhibitors. 著者: Specker, E. / Wesolowski, R. / Schutz, A. / Matthes, S. / Mallow, K. / Wasinska-Kalwa, M. / Winkler, L. / Oder, A. / Alenina, N. / Pleimes, D. / von Kries, J.P. / Heinemann, U. / Bader, M. / Nazare, M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cjj.cif.gz | 167 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8cjj.ent.gz | 107 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8cjj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/8cjj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/8cjj | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37424.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPH1, TPH, TPRH, TRPH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P17752, トリプトファンヒドロキシラーゼ |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
#3: 化合物 | ChemComp-UVF / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.65 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 5000 MME, 0.2 M lithium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.664→46.55 Å / Num. obs: 37060 / % possible obs: 99.46 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 18.9051202558 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.07553 / Net I/σ(I): 13.12 |
反射 シェル | 解像度: 1.664→1.724 Å / Rmerge(I) obs: 0.8066 / Mean I/σ(I) obs: 1.69 / Num. unique obs: 3585 / CC1/2: 0.692 / % possible all: 97.02 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.66415657298→46.55 Å / SU ML: 0.173840688813 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36534139867 / 位相誤差: 20.1080123554
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.3932631618 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.66415657298→46.55 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|