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- PDB-8cjg: AetF, a single-component flavin-dependent tryptophan halogenase, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cjg
タイトルAetF, a single-component flavin-dependent tryptophan halogenase, in complex with 7-bromo-L-tryptophan
要素AetF
キーワードFLAVOPROTEIN / single-component flavin-dependent halogenase / Aetokthonotoxin / single-component monooxygenase / tryptophan halogenase
機能・相同性FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / metal ion binding / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / 7-bromo-L-tryptophan / AetF
機能・相同性情報
生物種Aetokthonos hydrillicola Thurmond2011 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gafe, S. / Niemann, H.H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Not funded ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Structural basis of regioselective tryptophan dibromination by the single-component flavin-dependent halogenase AetF.
著者: Gafe, S. / Niemann, H.H.
履歴
登録2023年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AetF
B: AetF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,22016
ポリマ－154,1972
非ポリマー3,02214
水11,710650
1
A: AetF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,6289
ポリマ－77,0991
非ポリマー1,5298
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AetF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,5927
ポリマ－77,0991
非ポリマー1,4936
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)122.326, 122.326, 87.163
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Space group name HallP4cw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: -x,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 17 or resid 19...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 17 or resid 19...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11METMETVALVALAA1 - 179 - 25
d_12GLUGLUPHEPHEAA19 - 4927 - 57
d_13LEULEUVALVALAA51 - 6559 - 73
d_14ASPASPSERSERAA67 - 24875 - 256
d_15PROPROTYRTYRAA250 - 346258 - 354
d_16TYRTYRTHRTHRAA348 - 369356 - 377
d_17PROPROPROPROAA371 - 394379 - 402
d_18PHEPHEGLYGLYAA396 - 473404 - 481
d_19TYRTYRASPASPAA475 - 603483 - 611
d_110ASPASPILEILEAA605 - 606613 - 614
d_111PHEPHESERSERAA630 - 655638 - 663
d_112FADFADFADFADAC701
d_113UV3UV3UV3UV3AD702
d_114EDOEDOEDOEDOAF704
d_21METMETVALVALBB1 - 179 - 25
d_22GLUGLUPHEPHEBB19 - 4927 - 57
d_23LEULEUVALVALBB51 - 6559 - 73
d_24ASPASPSERSERBB67 - 24875 - 256
d_25PROPROTYRTYRBB250 - 346258 - 354
d_26TYRTYRTHRTHRBB348 - 369356 - 377
d_27PROPROPROPROBB371 - 394379 - 402
d_28PHEPHEGLYGLYBB396 - 473404 - 481
d_29TYRTYRASPASPBB475 - 603483 - 611
d_210ASPASPSERSERBB605 - 655613 - 663
d_211FADFADFADFADBK701
d_212UV3UV3UV3UV3BL702
d_213EDOEDOEDOEDOBN704

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.0401453097468, 0.999138787317, 0.0104898896304), (0.998828121331, 0.039844381749, 0.0274737926398), (0.0270321686942, 0.011580540668, -0.999567482931)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.0401453097468, 0.999138787317, 0.0104898896304), (0.998828121331, 0.039844381749, 0.0274737926398), (0.0270321686942, 0.011580540668, -0.999567482931)
ベクター: 61.4674688211, -60.5367853124, -42.5349758819)

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 AetF


分子量: 77098.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aetokthonos hydrillicola Thurmond2011 (バクテリア)
遺伝子: aetF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A861B9Z9

-
非ポリマー , 6種, 664分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-UV3 / 7-bromo-L-tryptophan / 7-ブロモ-L-トリプトファン


分子量: 283.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H11BrN2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 650 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.02 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Condition A6, Morpheus Green Screen (Molecular Dimensions), 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2, 0.1 M HEPES/MOPS pH 7.5, 20 % (v/v) ethylene glycol, 10 % (w/v) PEG 8000, 6 mg/mL AetF (50 mM HEPES pH 7. ...詳細: Condition A6, Morpheus Green Screen (Molecular Dimensions), 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2, 0.1 M HEPES/MOPS pH 7.5, 20 % (v/v) ethylene glycol, 10 % (w/v) PEG 8000, 6 mg/mL AetF (50 mM HEPES pH 7.0, 100 mM NaCl, 1 mM DTT), drop with 300 nL protein + 300 nL reservoir, crystals soaked with 150 nL 7-bromo-L-tryptophan solution (sat. 7-bromo-L-tryptophan, 25 % (v/v) ethylene glycol)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
Reflection twinタイプ: merohedral / Operator: -k,-h,-l / Fraction: 0.2
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 112302 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.09 % / Biso Wilson estimate: 45.8 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rrim(I) all: 0.248 / Net I/σ(I): 7.97
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 6.71 % / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique obs: 18128 / CC1/2: 0.524 / Rrim(I) all: 1.206

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
MxCuBEMXCuBE3データ収集
XDSBUILT=20220110データ削減
XDSBUILT=20220110データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.4.1 ELモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→46.34 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 788.09 / 位相誤差: 25.3136
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1903 5606 4.99 %
Rwork0.1532 106642 -
obs0.1547 112248 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10521 0 196 650 11367
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002411139
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.529115104
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04231584
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00381944
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.18294102
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.59536875832 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.340.39562810.33575375X-RAY DIFFRACTION95.03
2.34-2.380.36942820.3015311X-RAY DIFFRACTION94.92
2.38-2.430.36692760.25645314X-RAY DIFFRACTION95.06
2.43-2.480.29392800.23585342X-RAY DIFFRACTION95.02
2.48-2.530.26712820.22085329X-RAY DIFFRACTION94.97
2.53-2.590.24252790.19865356X-RAY DIFFRACTION95.03
2.59-2.660.21712820.18475326X-RAY DIFFRACTION94.97
2.66-2.730.2092800.17495357X-RAY DIFFRACTION95.03
2.73-2.810.21862780.16755280X-RAY DIFFRACTION95
2.81-2.90.20472810.16265353X-RAY DIFFRACTION95.01
2.9-30.18252820.16175337X-RAY DIFFRACTION94.98
3-3.120.19552830.15545361X-RAY DIFFRACTION94.99
3.12-3.260.21232760.15365281X-RAY DIFFRACTION95.03
3.26-3.440.20432820.13925304X-RAY DIFFRACTION94.93
3.44-3.650.16822830.13025364X-RAY DIFFRACTION94.97
3.65-3.930.14182820.11735352X-RAY DIFFRACTION94.99
3.93-4.330.13012830.10455304X-RAY DIFFRACTION94.93
4.33-4.950.13092760.09745326X-RAY DIFFRACTION95.07
4.95-6.240.15912810.13165364X-RAY DIFFRACTION95.02
6.24-46.340.15492760.14455307X-RAY DIFFRACTION95.02
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.747846194140.637005938233-0.3747655540571.70316725408-0.05641004951571.113336301320.007546408542080.2819278597530.0419536196107-0.152923611378-0.01584691588940.141258544499-0.0285463782435-0.3411860558280.01266867767570.1974780396580.0270274020014-0.01492718954920.268970290174-0.00765775620510.1569048476316.8457396319-14.1574771354-56.5467013901
20.477351036985-0.0224813041876-0.1804477633240.7188104037280.4586361117680.6614586466280.05941417842930.02966717621470.0196804516680.0170033224254-0.0240490234070.0300631152771-0.0272317021682-0.0512987286401-0.03167618700910.1849668499550.00484845355980.001602138022370.1690825865980.002503991567230.17167429719423.3072230059-2.51045680443-34.5854260431
31.23435764930.138505753182-0.1122950750690.9399430601910.3102164757850.881820503191-0.0100871573352-0.0426998972676-0.1099225456610.008064649517330.00701384813812-0.08529657818720.115925198367-0.0382002115936-0.004702954362160.1563278560910.01027348240440.009720698280170.132694576155-0.01773616786450.18056659130632.9073299157-21.0569013798-46.5871486705
40.41019752779-0.172079518053-0.6905096868371.232823410811.050879535371.994865204140.0912720195072-0.1844450316480.20706175944-0.06746488849670.101174945073-0.215779111758-0.2268399349720.115046266797-0.2050672741640.26490133227-0.05712805735990.02742024679250.14463392648-0.007470966282080.24352037346333.617528755110.2105685743-31.76136712
54.190883767780.221849180591-0.6348289769211.32302165059-0.2616110199441.25926246975-0.244717208367-0.0734888705524-0.3480578243030.01501902006480.361910193003-0.7237824780610.03434309184390.330926089082-0.107490328480.2686463905730.0766559546440.04316285322410.342826543364-0.131691515280.47205899180253.4394162345-19.9582059247-44.3771806895
63.392462950950.76316676439-1.115912908061.45588942790.262208502791.46599610553-0.0427102720916-0.027556969313-0.252858715240.162033448963-0.0256349498518-0.04227117526070.16525718349-0.002141567838450.07148114331240.1792782735060.0114131483936-0.02093705522150.1673619049850.0221117215990.15845845479148.2565862709-42.684442435414.3795312814
73.902725020742.039952120810.8143585960512.891079290520.2083379996842.22073983729-0.0531900850164-0.281742066067-0.169391014240.284705228996-0.112928890553-0.01041795351870.248802786519-0.2468334693430.1504468743350.2307618225940.01854366502920.05132204787110.167016411464-0.0524078264930.17426340539141.2123609383-51.634429196414.4046934424
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 113 )AA1 - 1131 - 113
22chain 'A' and (resid 114 through 334 )AA114 - 334114 - 334
33chain 'A' and (resid 335 through 516 )AA335 - 516335 - 516
44chain 'A' and (resid 517 through 601 )AA517 - 601517 - 601
55chain 'A' and (resid 602 through 655 )AA602 - 655602 - 637
66chain 'B' and (resid 1 through 75 )BJ1 - 751 - 75
77chain 'B' and (resid 76 through 113 )BJ76 - 11376 - 113
88chain 'B' and (resid 114 through 148 )BJ114 - 148114 - 148
99chain 'B' and (resid 149 through 334 )BJ149 - 334149 - 334
1010chain 'B' and (resid 335 through 375 )BJ335 - 375335 - 375
1111chain 'B' and (resid 376 through 479 )BJ376 - 479376 - 479
1212chain 'B' and (resid 480 through 530 )BJ480 - 530480 - 530
1313chain 'B' and (resid 531 through 655 )BJ531 - 655531 - 632

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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