PDB-8cjf: AetF, a single-component flavin-dependent tryptophan halogenase, ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cjf

タイトル

AetF, a single-component flavin-dependent tryptophan halogenase, in complex with 5-bromo-L-tryptophan

要素

AetF

キーワード

FLAVOPROTEIN / single-component flavin-dependent halogenase / Aetokthonotoxin / single-component monooxygenase / tryptophan halogenase

機能・相同性

FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / metal ion binding / 5-bromo-L-tryptophan / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / AetF

機能・相同性情報

生物種

Aetokthonos hydrillicola Thurmond2011 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Gafe, S. / Niemann, H.H.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Structural basis of regioselective tryptophan dibromination by the single-component flavin-dependent halogenase AetF.
著者: Gafe, S. / Niemann, H.H.

履歴

登録	2023年2月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8cjf_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cjf_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8cjf_validation.xml.gz	51.1 KB	表示
CIF形式データ	8cjf_validation.cif.gz	73.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/8cjf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/8cjf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8cjdSC 8cjeC 8cjgC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15151/ESRF-DC-1089719643 / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AetF

B: AetF

ヘテロ分子

157 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AetF

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elution volume corresponds to the monomeric protein
78.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: AetF

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elution volume corresponds to the monomeric protein
78.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	122.700, 122.700, 87.418
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃
Space group name Hall	P4cw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z+3/4 #3: y,-x,z+1/4 #4: -x,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 1 through 17 or resid 19...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 1 through 17 or resid 19...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	MET	MET	VAL	VAL	A	A	1 - 17	9 - 25
d_1	2	GLU	GLU	PHE	PHE	A	A	19 - 55	27 - 63
d_1	3	THR	THR	ASP	ASP	A	A	57 - 197	65 - 205
d_1	4	LEU	LEU	SER	SER	A	A	199 - 248	207 - 256
d_1	5	PRO	PRO	ARG	ARG	A	A	250 - 318	258 - 326
d_1	6	PHE	PHE	TYR	TYR	A	A	320 - 346	328 - 354
d_1	7	TYR	TYR	THR	THR	A	A	348 - 369	356 - 377
d_1	8	PRO	PRO	ALA	ALA	A	A	371 - 495	379 - 503
d_1	9	VAL	VAL	SER	SER	A	A	497 - 655	505 - 663
d_1	10	FAD	FAD	FAD	FAD	A	C	701
d_1	11	64X	64X	64X	64X	A	D	702
d_1	12	PEG	PEG	PEG	PEG	A	E	703
d_1	13	PEG	PEG	PEG	PEG	A	F	704
d_2	1	MET	MET	VAL	VAL	B	B	1 - 17	9 - 25
d_2	2	GLU	GLU	PHE	PHE	B	B	19 - 55	27 - 63
d_2	3	THR	THR	ASP	ASP	B	B	57 - 197	65 - 205
d_2	4	LEU	LEU	SER	SER	B	B	199 - 248	207 - 256
d_2	5	PRO	PRO	ARG	ARG	B	B	250 - 318	258 - 326
d_2	6	PHE	PHE	TYR	TYR	B	B	320 - 346	328 - 354
d_2	7	TYR	TYR	THR	THR	B	B	348 - 369	356 - 377
d_2	8	PRO	PRO	ALA	ALA	B	B	371 - 495	379 - 503
d_2	9	VAL	VAL	LEU	LEU	B	B	497 - 609	505 - 617
d_2	10	CYS	CYS	SER	SER	B	B	628 - 655	636 - 663
d_2	11	FAD	FAD	FAD	FAD	B	H	701
d_2	12	64X	64X	64X	64X	B	I	702
d_2	13	PEG	PEG	PEG	PEG	B	J	703
d_2	14	PEG	PEG	PEG	PEG	B	K	704

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.0439606717348, 0.998703812021, 0.0256545355659), (0.99898403924, 0.0436890986214, 0.0110522398507), (0.0099170905358, 0.0261143354525, -0.99960977026)ベクター: ...

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	AetF 分子量: 77098.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aetokthonos hydrillicola Thurmond2011 (バクテリア) 遺伝子: aetF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A861B9Z9

-
非ポリマー , 5種, 641分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-64X / 5-bromo-L-tryptophan / 5-ブロモ-L-トリプトファン分子量: 283.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₁BrN₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 631 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.54 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Condition A6, Morpheus Green Screen (Molecular Dimensions), 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2, 0.1 M HEPES/MOPS pH 7.5, 20 % (v/v) ethylene glycol, 10 % (w/v) PEG 8000, 6 mg/mL AetF (50 mM HEPES pH 7. ...詳細: Condition A6, Morpheus Green Screen (Molecular Dimensions), 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2, 0.1 M HEPES/MOPS pH 7.5, 20 % (v/v) ethylene glycol, 10 % (w/v) PEG 8000, 6 mg/mL AetF (50 mM HEPES pH 7.0, 100 mM NaCl, 1 mM DTT), drop with 300 nL protein + 300 nL reservoir, 300 nL saturated 5-bromo-L-tryptophan dried up on plate prior to adding protein and reservoir

結晶

マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.54 %

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Condition A6, Morpheus Green Screen (Molecular Dimensions), 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2, 0.1 M HEPES/MOPS pH 7.5, 20 % (v/v) ethylene glycol, 10 % (w/v) PEG 8000, 6 mg/mL AetF (50 mM HEPES pH 7. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 201422 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.91 % / B_iso Wilson estimate: 38.8 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_rim(I) all: 0.193 / Net I/σ(I): 6.55
反射シェル	解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 7.07 % / Mean I/σ(I) obs: 0.43 / Num. unique obs: 32268 / CC_1/2: 0.191 / R_rim(I) all: 2.616 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
MxCuBE	MXCuBE3	データ収集
XDS	BUILT=20220110	データ削減
XDS	BUILT=20220110	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
Coot	0.9.4.1 EL	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 8CJD

8cjd

解像度: 1.9→46.48 Å / SU ML: 0.2808 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.8095
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2075	9993	5 %
R_work	0.1831	189995	-
obs	0.1843	199988	99.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10563	0	168	631	11362

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	11130
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5785	15103
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0432	1588
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0046	1944
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.8674	4093

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.589949660448 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.3996	296	0.3774	5866	X-RAY DIFFRACTION	91.74
1.92-1.94	0.3847	320	0.3635	6169	X-RAY DIFFRACTION	96.2
1.94-1.97	0.3346	331	0.3485	6269	X-RAY DIFFRACTION	99.35
1.97-1.99	0.3445	334	0.332	6343	X-RAY DIFFRACTION	99.63
1.99-2.02	0.312	341	0.322	6457	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.02-2.05	0.3519	329	0.314	6267	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.05-2.08	0.3293	330	0.3016	6325	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.08-2.11	0.3277	336	0.2884	6391	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.11-2.14	0.3016	338	0.2827	6380	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.14-2.17	0.2778	328	0.2765	6279	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.18-2.21	0.2665	337	0.2637	6431	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.21-2.25	0.2877	335	0.2528	6355	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.25-2.3	0.2571	333	0.2406	6333	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.34	0.2621	335	0.2293	6355	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.34-2.39	0.2413	339	0.2227	6369	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.39-2.45	0.2385	337	0.2099	6352	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.51	0.2141	337	0.2007	6388	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.58	0.2486	334	0.2046	6343	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.58-2.65	0.2265	334	0.1959	6365	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.65-2.74	0.2235	337	0.1896	6410	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.84	0.2111	334	0.1828	6336	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.95	0.2291	337	0.1835	6364	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.09	0.2169	336	0.1869	6360	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.09-3.25	0.1903	336	0.1806	6335	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.25-3.45	0.2082	334	0.1703	6351	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.72	0.2097	340	0.1612	6371	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.72-4.09	0.1678	334	0.1338	6357	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-4.68	0.1345	334	0.1201	6372	X-RAY DIFFRACTION	100
4.68-5.9	0.1342	337	0.135	6368	X-RAY DIFFRACTION	99.99
5.9-46.48	0.1736	330	0.1534	6334	X-RAY DIFFRACTION	99.54

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.65684092801	0.337842017331	-1.50144501851	2.68519755657	0.71564935549	1.8410980074	-0.0519089962387	-0.0709327530438	-0.166883089772	0.289087508852	-0.0157171422004	-0.0780088320309	0.265034087512	0.0170689213842	0.062431449479	0.360325136363	0.037206501669	-0.0440500093735	0.328277721793	0.00740388868799	0.247292372373	48.4474932677	-42.7448901491	13.8922101724
2	8.50693220081	4.90772708618	1.44436899894	4.80431061865	1.12061822405	3.3449275026	0.040411788319	-0.544562912667	-0.389021214377	0.423476287242	-0.272049317601	0.0362795465625	0.423099572463	-0.237854280446	0.211722497629	0.445735649552	0.0497798166005	0.0732888760753	0.257880731353	-0.0413150168998	0.292734446601	41.4548012309	-51.8312522312	14.0865072047
3	3.23641725911	0.648741486551	-1.03467965362	-0.00978965747004	-0.164047454159	0.480511165118	0.0734916427936	0.0773945539381	-0.347270596535	0.133822061233	-0.176446174965	-0.0394916231749	0.108744993644	-0.0401238187109	0.0956903875661	0.480141175897	-0.0230356366004	0.0404446051803	0.392468748648	-0.0402918649426	0.489404170356	49.6710034583	-53.8306913571	2.56629978753
4	2.9897435191	-2.84503087657	-1.73372240542	5.32002345068	2.43096156032	2.79017707921	-0.0945823600313	-0.109820784317	0.334120692644	0.242004443355	0.10909512882	-0.315824282006	0.101827923615	0.078927260427	-0.0535418652547	0.313267706539	-0.0450779746599	-0.0109153773992	0.348014765681	0.0181108450202	0.350293207196	62.2871722765	-37.0321539785	-7.39739944471
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 75 )	A	A	1 - 75	1 - 75
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4	4	chain 'A' and (resid 149 through 199 )	A	A	149 - 199	149 - 199
5	5	chain 'A' and (resid 200 through 319 )	A	A	200 - 319	200 - 319
6	6	chain 'A' and (resid 320 through 375 )	A	A	320 - 375	320 - 375
7	7	chain 'A' and (resid 376 through 504 )	A	A	376 - 504	376 - 504
8	8	chain 'A' and (resid 505 through 548 )	A	A	505 - 548	505 - 548
9	9	chain 'A' and (resid 549 through 585 )	A	A	549 - 585	549 - 585
10	10	chain 'A' and (resid 586 through 655 )	A	A	586 - 655	586 - 637
11	11	chain 'B' and (resid 1 through 75 )	B	F	1 - 75	1 - 75
12	12	chain 'B' and (resid 76 through 113 )	B	F	76 - 113	76 - 113
13	13	chain 'B' and (resid 114 through 148 )	B	F	114 - 148	114 - 148
14	14	chain 'B' and (resid 149 through 199 )	B	F	149 - 199	149 - 199
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16	16	chain 'B' and (resid 335 through 479 )	B	F	335 - 479	335 - 479
17	17	chain 'B' and (resid 480 through 530 )	B	F	480 - 530	480 - 530
18	18	chain 'B' and (resid 531 through 568 )	B	F	531 - 568	531 - 568
19	19	chain 'B' and (resid 569 through 601 )	B	F	569 - 601	569 - 601
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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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