PDB-8cje: AetF, a single-component flavin-dependent tryptophan halogenase, ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cje

タイトル

AetF, a single-component flavin-dependent tryptophan halogenase, in complex with L-tryptophan

要素

AetF

キーワード

FLAVOPROTEIN / single-component flavin-dependent halogenase / Aetokthonotoxin / single-component monooxygenase / tryptophan halogenase

機能・相同性

FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / metal ion binding / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / TRYPTOPHAN / AetF

機能・相同性情報

生物種

Aetokthonos hydrillicola Thurmond2011 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Gafe, S. / Niemann, H.H.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Structural basis of regioselective tryptophan dibromination by the single-component flavin-dependent halogenase AetF.
著者: Gafe, S. / Niemann, H.H.

履歴

登録	2023年2月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8cje_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cje_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	8cje_validation.xml.gz	98.8 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/8cje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/8cje	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8cjdSC 8cjfC 8cjgC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15151/ESRF-DC-1089735712 / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AetF

B: AetF

C: AetF

D: AetF

ヘテロ分子

312 kDa, 4 ポリマー
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1

A: AetF

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elution volume corresponds to the monomeric protein
78.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: AetF

ヘテロ分子

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3

C: AetF

ヘテロ分子

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4

D: AetF

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	87.265, 173.718, 173.961
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 1 through 248 or resid 250 through 607 or resid 632 through 702))
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 1 through 248 or resid 250 through 607 or resid 632 through 702))
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 1 through 248 or resid 250 through 607 or resid 632 through 702))
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 1 through 248 or resid 250 through 607 or resid 632 through 702))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	MET	MET	SER	SER	A	A	1 - 248	9 - 256
d_1	2	PRO	PRO	SER	SER	A	A	250 - 607	258 - 615
d_1	3	ALA	ALA	SER	SER	A	A	632 - 655	640 - 663
d_1	4	FAD	FAD	FAD	FAD	A	E	701
d_1	5	TRP	TRP	TRP	TRP	A	F	702
d_2	1	MET	MET	SER	SER	B	B	1 - 248	9 - 256
d_2	2	PRO	PRO	SER	SER	B	B	250 - 607	258 - 615
d_2	3	ALA	ALA	SER	SER	B	B	632 - 655	640 - 663
d_2	4	FAD	FAD	FAD	FAD	B	G	701
d_2	5	TRP	TRP	TRP	TRP	B	H	702
d_3	1	MET	MET	SER	SER	C	C	1 - 248	9 - 256
d_3	2	PRO	PRO	SER	SER	C	C	250 - 607	258 - 615
d_3	3	ALA	ALA	SER	SER	C	C	632 - 655	640 - 663
d_3	4	FAD	FAD	FAD	FAD	C	I	701
d_3	5	TRP	TRP	TRP	TRP	C	J	702
d_4	1	MET	MET	SER	SER	D	D	1 - 248	9 - 256
d_4	2	PRO	PRO	SER	SER	D	D	250 - 607	258 - 615
d_4	3	ALA	ALA	SER	SER	D	D	632 - 655	640 - 663
d_4	4	FAD	FAD	FAD	FAD	D	K	701
d_4	5	TRP	TRP	TRP	TRP	D	L	702

#1: タンパク質	AetF 分子量: 77098.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aetokthonos hydrillicola Thurmond2011 (バクテリア) 遺伝子: aetF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A861B9Z9
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.64 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Condition A6, Morpheus Green Screen (Molecular Dimensions), 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2, 0.1 M HEPES/MOPS pH 7.5, 20 % (v/v) ethylene glycol, 10 % (w/v) PEG 8000, 6 mg/mL AetF (50 mM HEPES pH 7. ...詳細: Condition A6, Morpheus Green Screen (Molecular Dimensions), 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2, 0.1 M HEPES/MOPS pH 7.5, 20 % (v/v) ethylene glycol, 10 % (w/v) PEG 8000, 6 mg/mL AetF (50 mM HEPES pH 7.0, 100 mM NaCl, 1 mM DTT), drop with 300 nL protein + 300 nL reservoir, crystals soaked with 250 nL L-Trp solution (37.5 mM L-Trp, 25 % (v/v) ethylene glycol)

結晶

マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.64 %

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Condition A6, Morpheus Green Screen (Molecular Dimensions), 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2, 0.1 M HEPES/MOPS pH 7.5, 20 % (v/v) ethylene glycol, 10 % (w/v) PEG 8000, 6 mg/mL AetF (50 mM HEPES pH 7. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
Reflection twin	タイプ: pseudo-merohedral / Operator: -h,-l,-k / Fraction: 0.45
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 244069 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.29 % / B_iso Wilson estimate: 34.7 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.193 / Net I/σ(I): 10.19
反射シェル	解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 13.62 % / Mean I/σ(I) obs: 0.61 / Num. unique obs: 38986 / CC_1/2: 0.251 / R_rim(I) all: 3.095 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
MxCuBE	MXCuBE3	データ収集
XDS	BUILT=20220110	データ削減
XDS	BUILT=20220110	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
Coot	0.9.4.1 EL	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8CJD

8cjd

解像度: 1.8→48.3 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 397.02 / 位相誤差: 19.3664
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1884	12211	5.01 %
R_work	0.1603	231613	-
obs	0.1808	243824	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20949	0	272	1239	22460

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0088	21796
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9673	29568
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0589	3125
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0075	3790
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.2913	7981

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.722228457718
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.788371629034
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.73991764238

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.83	0.4095	598	0.3889	11326	X-RAY DIFFRACTION	93.7
1.83-1.86	0.3502	601	0.3455	11441	X-RAY DIFFRACTION	94.73
1.86-1.9	0.3428	604	0.33	11473	X-RAY DIFFRACTION	94.94
1.9-1.94	0.3185	607	0.2953	11526	X-RAY DIFFRACTION	94.99
1.94-1.98	0.293	606	0.2735	11505	X-RAY DIFFRACTION	95
1.98-2.03	0.2917	606	0.2583	11524	X-RAY DIFFRACTION	95
2.03-2.08	0.2698	604	0.2394	11462	X-RAY DIFFRACTION	94.99
2.08-2.13	0.2534	606	0.2203	11521	X-RAY DIFFRACTION	95
2.13-2.2	0.2399	607	0.2136	11527	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2-2.27	0.23	606	0.2024	11517	X-RAY DIFFRACTION	94.99
2.27-2.35	0.217	609	0.1928	11573	X-RAY DIFFRACTION	95
2.35-2.44	0.2221	607	0.1868	11539	X-RAY DIFFRACTION	95
2.44-2.55	0.2093	609	0.1794	11578	X-RAY DIFFRACTION	95
2.55-2.69	0.2013	608	0.1705	11544	X-RAY DIFFRACTION	95
2.69-2.86	0.1951	612	0.166	11632	X-RAY DIFFRACTION	95
2.86-3.08	0.2016	611	0.1689	11610	X-RAY DIFFRACTION	95
3.08-3.39	0.2078	614	0.172	11663	X-RAY DIFFRACTION	94.99
3.39-3.88	0.1957	616	0.1666	11710	X-RAY DIFFRACTION	95
3.88-4.88	0.1701	621	0.1417	11796	X-RAY DIFFRACTION	95
4.88-48.3	0.1709	641	0.1484	12164	X-RAY DIFFRACTION	94.93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.26408113425	-0.54393228221	-0.623069343255	1.17112893764	0.287805406782	1.92427017952	-0.004667306762	0.0539408938781	0.129258360082	-0.0522187888895	-0.0351558302307	-0.0805251825111	-0.0897449839751	0.0786217309062	0.0361818888717	0.240161202675	-0.0272839766666	-0.0208504877135	0.19226456844	0.00194592803575	0.212255193251	57.416995351	-20.2567130183	-39.905611231
2	1.87790670608	0.626799790709	1.09083718034	0.54421150789	0.200499944528	4.02947591473	0.0125294832597	0.217617699416	0.0630002720927	-0.0596294628098	0.0562113968029	-0.125360601083	-0.132691252436	0.280421625755	-0.0734127679129	0.226270718215	0.0267700929084	0.0198025894919	0.201063589665	0.0128014885307	0.248314596265	57.7221768751	-19.0832850006	-51.1599887963
3	0.11291125867	-0.144566490204	-0.100838091277	0.251647540422	0.275168135355	0.390572631464	0.0981687487132	0.0751909633991	0.0933921443203	-0.19147752102	-0.101264487296	0.00516253153591	-0.248503016204	0.0120802080364	-0.00744534881369	0.351616649494	-0.00662969941058	-0.00373189550585	0.258267241206	0.0157504603235	0.249130786886	46.2303958258	-11.9346800252	-46.9228345533
4	0.42928842661	-0.151808899948	0.0643297195082	0.581028973177	0.0711179185886	0.32650636308	-0.0168273884276	0.00197036767954	0.00388026918011	0.0273801885946	0.00806002110467	0.00771119350179	0.0186641827443	-0.0424923152883	0.0091484578509	0.266050796255	0.00138190962913	0.00285971365978	0.211131841068	-0.00110367423541	0.177301631687	33.9647076809	-17.9968770021	-27.0112283282
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2	2	chain 'A' and (resid 76 through 113 )	A	A	76 - 113	76 - 113
3	3	chain 'A' and (resid 114 through 148 )	A	A	114 - 148	114 - 148
4	4	chain 'A' and (resid 149 through 334 )	A	A	149 - 334	149 - 334
5	5	chain 'A' and (resid 335 through 491 )	A	A	335 - 491	335 - 491
6	6	chain 'A' and (resid 492 through 558 )	A	A	492 - 558	492 - 558
7	7	chain 'A' and (resid 559 through 702 )	A	A - C	559 - 702	559 - 634
8	8	chain 'B' and (resid 1 through 113 )	B	D	1 - 113	1 - 113
9	9	chain 'B' and (resid 114 through 148 )	B	D	114 - 148	114 - 148
10	10	chain 'B' and (resid 149 through 334 )	B	D	149 - 334	149 - 334
11	11	chain 'B' and (resid 335 through 504 )	B	D	335 - 504	335 - 504
12	12	chain 'B' and (resid 505 through 702 )	B	D - F	505 - 702	505 - 634
13	13	chain 'C' and (resid 1 through 121 )	C	G	1 - 121	1 - 121
14	14	chain 'C' and (resid 122 through 334 )	C	G	122 - 334	122 - 334
15	15	chain 'C' and (resid 335 through 365 )	C	G	335 - 365	335 - 365
16	16	chain 'C' and (resid 366 through 530 )	C	G	366 - 530	366 - 530
17	17	chain 'C' and (resid 531 through 568 )	C	G	531 - 568	531 - 568
18	18	chain 'C' and (resid 569 through 702 )	C	G - I	569 - 702	569 - 634
19	19	chain 'D' and (resid 1 through 75 )	D	J	1 - 75	1 - 75
20	20	chain 'D' and (resid 76 through 113 )	D	J	76 - 113	76 - 113
21	21	chain 'D' and (resid 114 through 334 )	D	J	114 - 334	114 - 334
22	22	chain 'D' and (resid 335 through 375 )	D	J	335 - 375	335 - 375
23	23	chain 'D' and (resid 376 through 479 )	D	J	376 - 479	376 - 479
24	24	chain 'D' and (resid 480 through 600 )	D	J	480 - 600	480 - 600
25	25	chain 'D' and (resid 601 through 702 )	D	J - L	601 - 702	601 - 634

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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