PDB-8cjd: AetF, a single-component flavin-dependent tryptophan halogenase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cjd

タイトル

AetF, a single-component flavin-dependent tryptophan halogenase

要素

AetF

キーワード

FLAVOPROTEIN / single-component flavin-dependent halogenase / Aetokthonotoxin / single-component monooxygenase / tryptophan halogenase

機能・相同性

FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / metal ion binding / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / AetF

機能・相同性情報

生物種

Aetokthonos hydrillicola Thurmond2011 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Gafe, S. / Niemann, H.H.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Structural basis of regioselective tryptophan dibromination by the single-component flavin-dependent halogenase AetF.
著者: Gafe, S. / Niemann, H.H.

履歴

登録	2023年2月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年6月19日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8cjd.ent.gz	661.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8cjd_validation.pdf.gz	982.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cjd_full_validation.pdf.gz	992.5 KB	表示
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CIF形式データ	8cjd_validation.cif.gz	84.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/8cjd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/8cjd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8cjeC 8cjfC 8cjgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AetF

B: AetF

ヘテロ分子

156 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AetF

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elution volume corresponds to the monomeric protein
78.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: AetF

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elution volume corresponds to the monomeric protein
78.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	123.790, 123.790, 88.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃
Space group name Hall	P4cw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z+3/4 #3: y,-x,z+1/4 #4: -x,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 1 through 17 or resid 19...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 1 through 17 or resid 19...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	MET	MET	VAL	VAL	A	A	1 - 17	9 - 25
d_1	2	GLU	GLU	PHE	PHE	A	A	19 - 55	27 - 63
d_1	3	THR	THR	ASP	ASP	A	A	57 - 142	65 - 150
d_1	4	HIS	HIS	ASP	ASP	A	A	144 - 197	152 - 205
d_1	5	LEU	LEU	SER	SER	A	A	199 - 248	207 - 256
d_1	6	PRO	PRO	GLU	GLU	A	A	250 - 274	258 - 282
d_1	7	TYR	TYR	PRO	PRO	A	A	276 - 299	284 - 307
d_1	8	ASP	ASP	ARG	ARG	A	A	301 - 318	309 - 326
d_1	9	PHE	PHE	TYR	TYR	A	A	320 - 346	328 - 354
d_1	10	TYR	TYR	THR	THR	A	A	348 - 392	356 - 400
d_1	11	PRO	PRO	ALA	ALA	A	A	394 - 513	402 - 521
d_1	12	TRP	TRP	SER	SER	A	A	515 - 655	523 - 663
d_1	13	FAD	FAD	FAD	FAD	A	C	701
d_1	14	EDO	EDO	EDO	EDO	A	D	702
d_1	15	PEG	PEG	PEG	PEG	A	E	703
d_2	1	MET	MET	VAL	VAL	B	B	1 - 17	9 - 25
d_2	2	GLU	GLU	PHE	PHE	B	B	19 - 55	27 - 63
d_2	3	THR	THR	ASP	ASP	B	B	57 - 142	65 - 150
d_2	4	HIS	HIS	ASP	ASP	B	B	144 - 197	152 - 205
d_2	5	LEU	LEU	SER	SER	B	B	199 - 248	207 - 256
d_2	6	PRO	PRO	GLU	GLU	B	B	250 - 274	258 - 282
d_2	7	TYR	TYR	PRO	PRO	B	B	276 - 299	284 - 307
d_2	8	ASP	ASP	ARG	ARG	B	B	301 - 318	309 - 326
d_2	9	PHE	PHE	TYR	TYR	B	B	320 - 346	328 - 354
d_2	10	TYR	TYR	THR	THR	B	B	348 - 392	356 - 400
d_2	11	PRO	PRO	ALA	ALA	B	B	394 - 513	402 - 521
d_2	12	TRP	TRP	SER	SER	B	B	515 - 608	523 - 616
d_2	13	LYS	LYS	SER	SER	B	B	629 - 655	637 - 663
d_2	14	FAD	FAD	FAD	FAD	B	G	701
d_2	15	EDO	EDO	EDO	EDO	B	H	702
d_2	16	PEG	PEG	PEG	PEG	B	I	703

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.0409663182138, 0.998858796239, 0.024553328655), (0.999120299695, 0.0407317851308, 0.00997739533304), (0.00896590818494, 0.0249404662364, -0.999648731122)ベクター: ...

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	AetF 分子量: 77098.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aetokthonos hydrillicola Thurmond2011 (バクテリア) 遺伝子: aetF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A861B9Z9

-
非ポリマー , 6種, 1168分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.92 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Condition A6, Morpheus Green Screen (Molecular Dimensions), 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2, 0.1 M HEPES/MOPS pH 7.5, 20 % (v/v) ethylene glycol, 10 % (w/v) PEG 8000, 6 mg/mL AetF (50 mM HEPES pH 7. ...詳細: Condition A6, Morpheus Green Screen (Molecular Dimensions), 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2, 0.1 M HEPES/MOPS pH 7.5, 20 % (v/v) ethylene glycol, 10 % (w/v) PEG 8000, 6 mg/mL AetF (50 mM HEPES pH 7.0, 100 mM NaCl, 1 mM DTT), drop with 300 nL protein + 300 nL reservoir

結晶

マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.92 %

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Condition A6, Morpheus Green Screen (Molecular Dimensions), 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2, 0.1 M HEPES/MOPS pH 7.5, 20 % (v/v) ethylene glycol, 10 % (w/v) PEG 8000, 6 mg/mL AetF (50 mM HEPES pH 7. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 145683 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.03 % / B_iso Wilson estimate: 31.4 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 16.19
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 13.57 % / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / Num. unique obs: 23109 / CC_1/2: 0.692 / R_rim(I) all: 1.322 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
MxCuBE	MXCuBE3	データ収集
XDS	BUILT=20220110	データ削減
XDS	BUILT=20220110	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
Coot	0.9.4.1 EL	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: ALPHAFOLD2 MODEL LOCAL INSTALLATION

解像度: 1.7→46.86 Å / SU ML: 0.2304 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.8238
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1846	7215	4.96 %
R_work	0.159	138236	-
obs	0.1602	145451	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10543	0	131	1159	11833

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0077	11055
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8447	15002
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0555	1582
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	1932
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4411	4074

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.25299424801 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.72	0.3988	250	0.3695	4523	X-RAY DIFFRACTION	97.79
1.72-1.74	0.3442	252	0.3277	4462	X-RAY DIFFRACTION	98.43
1.74-1.76	0.3331	209	0.3076	4581	X-RAY DIFFRACTION	98.14
1.76-1.78	0.2939	225	0.2671	4565	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.81	0.281	245	0.2407	4611	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.81-1.83	0.2601	258	0.2154	4575	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.83-1.86	0.2541	260	0.2022	4566	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.86-1.89	0.22	244	0.1964	4573	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.89-1.91	0.2343	241	0.1898	4564	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.91-1.95	0.2065	203	0.1887	4687	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-1.98	0.201	254	0.1909	4569	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.98-2.02	0.2334	265	0.1934	4582	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.02-2.05	0.2601	234	0.1977	4644	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.05-2.1	0.2059	205	0.1736	4612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.14	0.2097	260	0.167	4598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.19	0.1984	245	0.1599	4579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.25	0.1877	281	0.156	4602	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.25-2.31	0.1839	237	0.1561	4631	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.31-2.38	0.2207	231	0.1549	4610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.45	0.213	235	0.1578	4603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.54	0.1863	257	0.1564	4612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.64	0.1955	208	0.1617	4634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.76	0.1824	276	0.1582	4626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.91	0.2027	216	0.1585	4605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.09	0.1948	247	0.1641	4630	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.33	0.1839	240	0.1628	4637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.66	0.1666	221	0.1461	4664	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.66-4.19	0.1579	254	0.1277	4644	X-RAY DIFFRACTION	100
4.19-5.28	0.1367	240	0.1192	4678	X-RAY DIFFRACTION	100
5.28-46.86	0.1553	222	0.1697	4769	X-RAY DIFFRACTION	99.72

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.85340525776	1.02369920846	-1.27650351817	2.2637551449	0.192877682501	1.61306573579	0.00517814011039	-0.116268288585	-0.138792032737	0.234349299655	-0.0890657262374	-0.0336512153868	0.151097044292	0.0115256746435	0.0836904404017	0.267605295988	0.0269978748744	-0.0349578344254	0.248571182255	0.0049632828956	0.17727003477	48.8995240176	-43.0620304083	14.0881973313
2	6.56407672879	3.80049434201	1.31554731907	3.38533516961	0.701029069204	2.8229550401	0.102671024525	-0.407157279008	-0.254125963131	0.321472466779	-0.271675510392	0.0708111261623	0.374756895002	-0.323200379933	0.180751278355	0.318155662686	0.0153338630794	0.063880602085	0.21397062247	-0.0623543226079	0.239750090505	41.7538768376	-52.1728691348	14.3252673928
3	7.56724970633	0.954537081402	-2.73196030921	0.0912463564771	-0.306456340928	1.18322722557	0.0607051377316	0.104199253054	-0.0848262020725	0.0857675163341	-0.142462306919	-0.0712231476889	0.137321742484	-0.0784670730269	0.0924616212353	0.338313978702	0.00297480985866	0.0194054431578	0.300016164422	-0.0292420573349	0.340669523501	50.6405180398	-54.1927947644	2.67822840017
4	0.846067192428	-0.0978713382416	-0.197825071243	0.658111601847	0.230510351919	0.646621980202	0.00146498008871	0.0487685447914	0.0457056958536	0.00447111618117	-0.0490720523055	-0.00355362450373	-0.0103903167718	-0.0218579350673	0.0501529702398	0.244810085944	-0.00580609347192	-0.0132571837814	0.266032178543	0.0136080841564	0.250134580097	59.8803794745	-35.9196345347	-9.5931803782
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10	4.37005969963	2.28740058341	1.16273913577	7.081171857	1.4583464119	2.67298859705	-0.0852307344849	0.28455806327	0.986183947277	-0.474724383793	-0.0405287536495	0.475127149711	-0.571678126925	-0.136045066307	0.123406449424	0.374716430021	0.106138848845	0.017552234572	0.2981202597	-0.0373110999271	0.470659658337	38.8406101478	-10.1233211449	2.63509937076
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15	1.93378428494	-0.0487388553471	-0.720179220958	1.60396790944	0.929181001716	1.38265585243	0.0333726165735	-0.101244656591	0.0772130185682	-0.00229922857595	0.423154784269	-0.872283989122	-0.0217114944129	0.476969191198	-0.509565937545	0.296588265532	0.0118019942991	-0.0816175503492	0.397422514692	-0.0747621516074	0.47584295498	51.1769602046	-8.8698184989	-38.9836134162

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 75 )	A	A	1 - 75	1 - 75
2	2	chain 'A' and (resid 76 through 113 )	A	A	76 - 113	76 - 113
3	3	chain 'A' and (resid 114 through 148 )	A	A	114 - 148	114 - 148
4	4	chain 'A' and (resid 149 through 334 )	A	A	149 - 334	149 - 334
5	5	chain 'A' and (resid 335 through 375 )	A	A	335 - 375	335 - 375
6	6	chain 'A' and (resid 376 through 479 )	A	A	376 - 479	376 - 479
7	7	chain 'A' and (resid 480 through 530 )	A	A	480 - 530	480 - 530
8	8	chain 'A' and (resid 531 through 568 )	A	A	531 - 568	531 - 568
9	9	chain 'A' and (resid 569 through 601 )	A	A	569 - 601	569 - 601
10	10	chain 'A' and (resid 602 through 655 )	A	A	602 - 655	602 - 635
11	11	chain 'B' and (resid 1 through 113 )	B	E	1 - 113	1 - 113
12	12	chain 'B' and (resid 114 through 347 )	B	E	114 - 347	114 - 347
13	13	chain 'B' and (resid 348 through 516 )	B	E	348 - 516	348 - 516
14	14	chain 'B' and (resid 517 through 568 )	B	E	517 - 568	517 - 568
15	15	chain 'B' and (resid 569 through 655 )	B	E	569 - 655	569 - 637

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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