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- PDB-8cip: Crystal structure of transketolase from Geobacillus stearothermophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cip
タイトルCrystal structure of transketolase from Geobacillus stearothermophilus
要素Transketolase
キーワードTRANSFERASE / Carboligase / ThDP-dependent / Thermostable / Transketolase
機能・相同性
機能・相同性情報


transketolase / transketolase activity / pentose-phosphate shunt / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transketolase, bacterial-like / Transketolase family / Transketolase-like TK C-terminal domain / : / Transketolase signature 1. / Transketolase, N-terminal / Transketolase, thiamine diphosphate binding domain / Transketolase binding site / Transketolase signature 2. / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain ...Transketolase, bacterial-like / Transketolase family / Transketolase-like TK C-terminal domain / : / Transketolase signature 1. / Transketolase, N-terminal / Transketolase, thiamine diphosphate binding domain / Transketolase binding site / Transketolase signature 2. / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamin diphosphate-binding fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / THIAMINE DIPHOSPHATE / Transketolase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Leogrande, C. / Rabe von Pappenheim, F. / Tittmann, K.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission956631European Union
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of transketolase from Geobacillus stearothermophilus
著者: Leogrande, C. / Rabe von Pappenheim, F. / Tittman, K.
#1: ジャーナル: Adv.Synth.Catal. / 年: 2012
タイトル: Thermostable Transketolase from Geobacillus stearothermophilus: Characterization and Catalytic Properties
著者: Abdoul-Zabar, J. / Sorel, I. / Helaine, V. / Charmantray, F. / Devamani, T. / Yi, D. / de Berardinis, V. / Philippe Marliere, D.L. / Fessner, W.-D. / Hecquet, L.
履歴
登録2023年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transketolase
B: Transketolase
C: Transketolase
D: Transketolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)297,36139
ポリマ－294,0294
非ポリマー3,33235
水10,809600
1
A: Transketolase
B: Transketolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,73521
ポリマ－147,0142
非ポリマー1,72119
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12710 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area40250 Å2
手法PISA
2
C: Transketolase
D: Transketolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,62618
ポリマ－147,0142
非ポリマー1,61116
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12470 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area40480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.440, 82.710, 106.140
Angle α, β, γ (deg.)80.89, 68.34, 69.99
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Transketolase / TK


分子量: 73507.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Mutations respect to Uniprot accession code (L397F, D399G and H479Q) were made to introduce new restriction sites for cassette mutagenesis purposes. See the cited paper: Abdoul-Zabar, J. et ...詳細: Mutations respect to Uniprot accession code (L397F, D399G and H479Q) were made to introduce new restriction sites for cassette mutagenesis purposes. See the cited paper: Abdoul-Zabar, J. et al., (2013), Thermostable Transketolase from Geobacillus stearothermophilus: Characterization and Catalytic Properties. Adv. Synth. Catal., 355: 116-128.
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: tkt / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0I9QGZ2, transketolase

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非ポリマー , 6種, 635分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)


分子量: 425.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 600 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1:1 mix of protein drop and reservoir drop. Protein drop: glycine 0.05 M pH 7.9, thiamine diphosphate 2 mM, magnesium chloride 10 mM, protein 8 mg/ml. Reserviur drops: PEG 3350 23.4%, Bis- ...詳細: 1:1 mix of protein drop and reservoir drop. Protein drop: glycine 0.05 M pH 7.9, thiamine diphosphate 2 mM, magnesium chloride 10 mM, protein 8 mg/ml. Reserviur drops: PEG 3350 23.4%, Bis-Tris 0.1 M pH 6.5, ammonium acetate 0.2 M.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.6888 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6888 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→77.67 Å / Num. obs: 126234 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 3.83 % / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 7.66
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible allRmerge(I) obs
2.1-2.153.8493250.4461.41191.4
2.15-2.2191470.5281.1621
2.21-2.2887640.6030.9790.842
2.28-2.3585240.670.8460.728
2.35-2.4282290.7560.6830.588
2.42-2.5179630.8130.5790.499
2.51-2.676180.8550.490.422
2.6-2.7173810.8980.4020.345
2.71-2.8370760.9260.340.291
2.83-2.9770030.9510.2760.238
2.97-3.1366730.970.2140.184
3.13-3.3263100.9810.1640.141
3.32-3.5558590.9910.1160.1
3.55-3.8354170.9940.0920.079
3.83-4.249800.9960.0690.059
4.2-4.744700.9970.0550.047
4.7-5.4239460.9980.0510.044
5.42-6.6435060.9980.050.043
6.64-9.3926470.9980.0390.033
9.39-77.6713960.9980.0380.032

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.20.1-4487精密化
XDSv10 Jan 2022 BUILT= 0220220データ削減
XSCALEv10 Jan 2022 BUILT= 0220220データスケーリング
PHENIXv1.20.1-4487位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→49.29 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2281 6311 5 %Random selection
Rwork0.1679 ---
obs0.1709 126209 91.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20292 0 97 600 20989
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.123
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8157495
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0553064
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0123687
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.120.33852110.25914011X-RAY DIFFRACTION91
2.12-2.150.30392080.25173960X-RAY DIFFRACTION92
2.15-2.170.32472120.24234027X-RAY DIFFRACTION91
2.17-2.20.29162080.24583934X-RAY DIFFRACTION91
2.2-2.230.29092080.23823953X-RAY DIFFRACTION91
2.23-2.260.31052110.23494020X-RAY DIFFRACTION91
2.26-2.290.30012090.22743961X-RAY DIFFRACTION91
2.29-2.330.28982100.22723998X-RAY DIFFRACTION91
2.33-2.370.29452060.21473904X-RAY DIFFRACTION91
2.37-2.40.27222080.20143955X-RAY DIFFRACTION91
2.4-2.450.27212080.19173947X-RAY DIFFRACTION90
2.45-2.490.24012080.18873956X-RAY DIFFRACTION91
2.49-2.540.28952070.19253947X-RAY DIFFRACTION91
2.54-2.590.27472070.193933X-RAY DIFFRACTION90
2.59-2.650.26552040.18113872X-RAY DIFFRACTION89
2.65-2.710.27092100.18093975X-RAY DIFFRACTION91
2.71-2.770.2742080.17733957X-RAY DIFFRACTION91
2.77-2.850.26692080.17523961X-RAY DIFFRACTION91
2.85-2.930.2462150.17284085X-RAY DIFFRACTION94
2.93-3.030.22462170.17254117X-RAY DIFFRACTION94
3.03-3.140.22242140.16734060X-RAY DIFFRACTION93
3.14-3.260.23042120.15964030X-RAY DIFFRACTION93
3.26-3.410.24322150.16774083X-RAY DIFFRACTION93
3.41-3.590.22352140.1564071X-RAY DIFFRACTION93
3.59-3.820.20912120.14844023X-RAY DIFFRACTION92
3.82-4.110.19122110.13824009X-RAY DIFFRACTION92
4.11-4.520.17092080.12593957X-RAY DIFFRACTION91
4.52-5.180.17372100.12933982X-RAY DIFFRACTION91
5.18-6.520.19562180.15694143X-RAY DIFFRACTION95
6.52-49.290.18442140.14744067X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.2743 Å / Origin y: -57.3088 Å / Origin z: -6.4167 Å
111213212223313233
T0.2459 Å2-0.0251 Å20.045 Å2-0.2086 Å2-0.0146 Å2--0.2592 Å2
L0.1348 °2-0.1243 °20.1626 °2-0.3136 °2-0.2482 °2--0.4195 °2
S-0.002 Å °-0.0175 Å °-0.0062 Å °0.0128 Å °0.0167 Å °0.0341 Å °-0.0657 Å °-0.0086 Å °-0.0184 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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