PDB-8cil: Crystal structure of Coxiella burnetii Fic protein 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cil

タイトル

Crystal structure of Coxiella burnetii Fic protein 2

要素

Fic family protein

キーワード

LIGASE / Post-translational modification / AMPylation / Fic enzyme / bacterial infection

機能・相同性

Domain of unknown function DUF4172 / Domain of unknown function (DUF4172) / Fido domain-containing protein / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / ATP binding / Fic family protein

機能・相同性情報

生物種

Coxiella burnetii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Hoepfner, D. / Itzen, A. / Pogenberg, V.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: The DNA-binding induced (de)AMPylation activity of a Coxiella burnetii Fic enzyme targets Histone H3.
著者: Hopfner, D. / Cichy, A. / Pogenberg, V. / Krisp, C. / Mezouar, S. / Bach, N.C. / Grotheer, J. / Zarza, S.M. / Martinez, E. / Bonazzi, M. / Feige, M.J. / Sieber, S.A. / Schluter, H. / Itzen, A.

履歴

登録	2023年2月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cil.cif.gz	324.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cil.ent.gz	251.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cil.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8cil_validation.pdf.gz	432.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cil_full_validation.pdf.gz	441.2 KB	表示
XML形式データ	8cil_validation.xml.gz	27.8 KB	表示
CIF形式データ	8cil_validation.cif.gz	39.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/8cil ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/8cil	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4rglS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fic family protein

B: Fic family protein

88 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.621, 124.378, 71.636
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.134, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	SER	SER	(chain 'A' and (resid 4 or resid 6 through 46...	A	A	4	4
1	2	TRP	TRP	GLN	GLN	(chain 'A' and (resid 4 or resid 6 through 46...	A	A	6 - 46	6 - 46
1	3	THR	THR	ASN	ASN	(chain 'A' and (resid 4 or resid 6 through 46...	A	A	48 - 53	48 - 53
1	4	VAL	VAL	LEU	LEU	(chain 'A' and (resid 4 or resid 6 through 46...	A	A	56 - 87	56 - 87
1	5	LYS	LYS	ARG	ARG	(chain 'A' and (resid 4 or resid 6 through 46...	A	A	94 - 98	94 - 98
1	6	ILE	ILE	PRO	PRO	(chain 'A' and (resid 4 or resid 6 through 46...	A	A	100 - 151	100 - 151
1	7	TYR	TYR	LYS	LYS	(chain 'A' and (resid 4 or resid 6 through 46...	A	A	166 - 172	166 - 172
1	8	VAL	VAL	MET	MET	(chain 'A' and (resid 4 or resid 6 through 46...	A	A	174 - 178	174 - 178
1	9	ILE	ILE	ARG	ARG	(chain 'A' and (resid 4 or resid 6 through 46...	A	A	180 - 246	180 - 246
1	10	ASN	ASN	LEU	LEU	(chain 'A' and (resid 4 or resid 6 through 46...	A	A	248 - 253	248 - 253
1	11	GLY	GLY	ASN	ASN	(chain 'A' and (resid 4 or resid 6 through 46...	A	A	259 - 312	259 - 312
1	12	LEU	LEU	THR	THR	(chain 'A' and (resid 4 or resid 6 through 46...	A	A	314 - 328	314 - 328
1	13	LYS	LYS	SER	SER	(chain 'A' and (resid 4 or resid 6 through 46...	A	A	330 - 338	330 - 338
1	14	THR	THR	THR	THR	(chain 'A' and (resid 4 or resid 6 through 46...	A	A	341	341
1	15	GLU	GLU	THR	THR	(chain 'A' and (resid 4 or resid 6 through 46...	A	A	345 - 359	345 - 359
1	16	SER	SER	ASN	ASN	(chain 'A' and (resid 4 or resid 6 through 46...	A	A	364 - 373	364 - 373
2	17	SER	SER	SER	SER	(chain 'B' and (resid 4 or resid 6 through 46...	B	B	4	4
2	18	TRP	TRP	GLN	GLN	(chain 'B' and (resid 4 or resid 6 through 46...	B	B	6 - 46	6 - 46
2	19	THR	THR	ASN	ASN	(chain 'B' and (resid 4 or resid 6 through 46...	B	B	48 - 53	48 - 53
2	20	VAL	VAL	LEU	LEU	(chain 'B' and (resid 4 or resid 6 through 46...	B	B	56 - 87	56 - 87
2	21	LYS	LYS	ARG	ARG	(chain 'B' and (resid 4 or resid 6 through 46...	B	B	94 - 98	94 - 98
2	22	ILE	ILE	PRO	PRO	(chain 'B' and (resid 4 or resid 6 through 46...	B	B	100 - 151	100 - 151
2	23	TYR	TYR	LYS	LYS	(chain 'B' and (resid 4 or resid 6 through 46...	B	B	166 - 172	166 - 172
2	24	VAL	VAL	MET	MET	(chain 'B' and (resid 4 or resid 6 through 46...	B	B	174 - 178	174 - 178
2	25	ILE	ILE	ARG	ARG	(chain 'B' and (resid 4 or resid 6 through 46...	B	B	180 - 246	180 - 246
2	26	ASN	ASN	LEU	LEU	(chain 'B' and (resid 4 or resid 6 through 46...	B	B	248 - 253	248 - 253
2	27	GLY	GLY	ASN	ASN	(chain 'B' and (resid 4 or resid 6 through 46...	B	B	259 - 312	259 - 312
2	28	LEU	LEU	THR	THR	(chain 'B' and (resid 4 or resid 6 through 46...	B	B	314 - 328	314 - 328
2	29	LYS	LYS	SER	SER	(chain 'B' and (resid 4 or resid 6 through 46...	B	B	330 - 338	330 - 338
2	30	THR	THR	THR	THR	(chain 'B' and (resid 4 or resid 6 through 46...	B	B	341	341
2	31	GLU	GLU	THR	THR	(chain 'B' and (resid 4 or resid 6 through 46...	B	B	345 - 359	345 - 359
2	32	SER	SER	ASN	ASN	(chain 'B' and (resid 4 or resid 6 through 46...	B	B	364 - 373	364 - 373

#1: タンパク質	Fic family protein 分子量: 43978.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 遺伝子: CBU_0822 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83DB6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.76 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M Tris pH8.5 20% PEG 1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976247 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月2日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976247 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→49.02 Å / Num. obs: 83795 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 42.55 Å² / CC_1/2: 0.98 / R_merge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 5.3
反射シェル	解像度: 1.98→2.05 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.894 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4586 / CC_1/2: 0.65 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定
MoRDa	1.5.07	位相決定
Coot	0.9.8.2	モデル構築
PHENIX	1.19.2_4158	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4rgl

4rgl

解像度: 1.98→46.76 Å / SU ML: 0.2596 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.4913
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2077	4044	4.83 %
R_work	0.1869	79657	-
obs	0.1878	83701	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→46.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5838	0	0	225	6063

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0168	5972
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4021	8072
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.3588	885
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0116	1013
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.6701	2193

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.98-2	0.3501	150	0.317	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2-2.03	0.3195	147	0.3076	2730	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.03-2.05	0.3047	137	0.2833	2764	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.05-2.08	0.3242	140	0.2535	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.08-2.11	0.2756	133	0.2475	2802	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.11-2.14	0.2607	132	0.2301	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.14-2.17	0.223	124	0.2129	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.2	0.2884	126	0.2142	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.2-2.24	0.2067	119	0.2144	2772	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.24-2.28	0.2179	123	0.1974	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.28-2.32	0.2368	137	0.1977	2796	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.32-2.37	0.2246	146	0.1978	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.37-2.41	0.207	137	0.1956	2747	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.41-2.47	0.2292	134	0.2018	2755	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.47-2.52	0.2368	132	0.2009	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.52-2.59	0.2277	153	0.2002	2769	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.59-2.66	0.2164	150	0.1927	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.66-2.74	0.2345	164	0.2007	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.74-2.82	0.2233	172	0.1956	2718	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.82-2.92	0.2395	137	0.1926	2755	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.92-3.04	0.2091	136	0.1858	2752	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.04-3.18	0.208	145	0.1995	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.35	0.2245	146	0.1947	2749	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.35-3.56	0.1815	163	0.1741	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.56-3.83	0.1856	148	0.1787	2738	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.83-4.22	0.1943	115	0.1623	2813	X-RAY DIFFRACTION	100
4.22-4.83	0.1757	146	0.1544	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.83-6.08	0.1928	132	0.1926	2773	X-RAY DIFFRACTION	99.62
6.08-46.76	0.1904	120	0.1724	2829	X-RAY DIFFRACTION	99.43

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.09373306868	0.880066855518	0.252259106608	2.99160768486	-0.617774847562	1.0639506164	-0.034293212823	-0.000948061495142	0.0561895845091	0.272277596889	0.0312391593703	-0.0330353603058	-0.122869332255	0.00138100843858	0.0102200075405	0.35793007483	0.0155774981611	0.00621083045785	0.36915512785	0.00219982793347	0.425906533029	47.1484665191	81.3817342005	-7.36637773129
2	7.7395885005	-1.2713568365	-1.34304316297	4.02591556882	0.292210300699	2.84247079371	-0.247957862584	0.634154413944	-0.936964541319	-0.0222999585604	0.213747973316	0.481007025325	0.0367990313737	-0.0276567262682	0.0254549247689	0.346475728519	-0.0962775584796	0.0170145352596	0.604340167772	0.0380083546903	0.814435636219	11.4229014531	69.070676828	-9.24482545089
3	5.89368628408	-1.81494426933	-0.716468212406	5.7349581394	-0.23264590952	3.32240835204	-0.560370654901	-0.306637333171	-1.1927203258	0.560080546066	0.221210346871	0.761318836543	0.342717546992	-0.0294647352227	0.386704995084	0.536248276962	-0.0518880585147	0.174147634962	0.652037872944	0.196277407289	1.10944023585	7.28846770387	64.8742686504	-3.61198065901
4	1.90298054871	0.472845010083	0.883465624883	2.8150419055	0.0921383254748	1.71280215563	-0.0210642562617	0.106753875159	0.0623349445722	-0.268896464212	-0.0467547461153	-0.0905027368017	0.191975046307	-0.0863931089882	0.0592536746101	0.303057923245	-0.0132251843084	0.11771957148	0.315781967747	-0.047391418072	0.334561063872	49.5794430642	46.2680069936	-1.99869128961
5	3.34121623361	-0.374331850543	1.3338704484	4.5878786542	-0.239910541221	4.50984170318	0.0874777294306	-0.00321979162132	-0.2361928429	-0.00557429108829	0.0674100450324	-0.105605898555	0.325028106923	-0.249781959524	-0.152538327917	0.267530791216	-0.0434270314867	0.0416087031652	0.328325941612	-0.00133611107699	0.339846496036	45.3669216137	32.7165449236	7.2771643229
6	3.49158498748	3.6495728099	-1.17655579923	4.10173694058	-1.17585750346	0.510143576818	-0.51689356643	-1.01597868059	-1.69529844874	1.42896564966	1.60452077188	0.191831606971	-0.104035984958	0.514759578776	-0.704530073578	0.837452640669	0.349640594307	-0.0711496917048	0.94287144456	0.0693025307265	1.04062668642	65.2471548084	32.0637015626	4.84205857532
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain B and resid 177:290)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 291:335)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 336:376)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 3:89)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 90:148)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 149:165)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 166:207)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 208:259)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 260:292)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 293:374)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 4:19)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 20:82)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 83:149)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 150:176)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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