PDB-8cik: Altai wapiti (Cervus elaphus sibiricus) chymosin at 2.2 A resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cik

タイトル

Altai wapiti (Cervus elaphus sibiricus) chymosin at 2.2 A resolution

要素

Chymosin

キーワード

HYDROLASE / gastric aspartic protein

機能・相同性

機能・相同性情報

chymosin / digestion / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cervus canadensis sibiricus (キジリジカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Diusenova, S.E. / Shevtsov, M.B. / Borshchevskiy, V.I. / Belenkaya, S.V. / Kolybalov, D.S. / Arkhipov, S.G. / Volosnikova, E.A. / Elchaninov, V.V. / Shcherbakov, D.N.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Altai wapiti (Cervus elaphus sibiricus) chymosin at 2.2 A resolution
著者: Belenkaya, S.V. / Diusenova, S.E. / Shevtsov, M.B. / Borshchevskiy, V.I. / Arkhipov, S.G. / Kolybalov, D.S. / Volosnikova, E.A. / Elchaninov, V.V. / Shcherbakov, D.N.

履歴

登録	2023年2月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cik.cif.gz	163 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cik.ent.gz	110.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cik.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cik_validation.pdf.gz	431.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cik_full_validation.pdf.gz	432.6 KB	表示
XML形式データ	8cik_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	8cik_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/8cik ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/8cik	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Chymosin

ヘテロ分子

35.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	142.390, 41.630, 54.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.310, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-501- HOH

#1: タンパク質	Chymosin 分子量: 35691.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cervus canadensis sibiricus (キジリジカ) 遺伝子: CYM / 発現宿主: Kluyveromyces lactis (酵母) / 株 (発現宿主): SVB-1 / 参照: UniProt: A0A7D3Q7Y7, chymosin
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 6000, tris, calcium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.22→50 Å / Num. obs: 15426 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 50.95 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_rim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 7.58
反射シェル	解像度: 2.22→2.35 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 1.661 / Mean I/σ(I) obs: 0.78 / Num. unique obs: 2365 / CC_1/2: 0.516 / R_rim(I) all: 1.972 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.22→46.19 Å / SU ML: 0.4652 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.5975
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	1076	7 %
R_work	0.1981	14299	-
obs	0.2012	15375	96.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.22→46.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2469	0	6	83	2558

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0021	2586
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5058	3533
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0457	390
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0038	466
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.45	899

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.22-2.32	0.4982	127	0.4613	1676	X-RAY DIFFRACTION	91.9
2.32-2.44	0.4062	133	0.3564	1797	X-RAY DIFFRACTION	98.07
2.44-2.6	0.3324	137	0.2801	1806	X-RAY DIFFRACTION	97.69
2.6-2.8	0.3185	134	0.264	1782	X-RAY DIFFRACTION	98.21
2.8-3.08	0.2671	135	0.2205	1805	X-RAY DIFFRACTION	97.73
3.08-3.53	0.1998	129	0.1809	1697	X-RAY DIFFRACTION	91.53
3.53-4.44	0.2078	137	0.1568	1829	X-RAY DIFFRACTION	98.94
4.44-46.19	0.2087	144	0.1617	1907	X-RAY DIFFRACTION	98.94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.579825460046	0.296280002726	-1.23448748397	2.94550955953	-0.00811546353725	4.80591920206	0.0950919745127	-0.234004092861	-0.0820182254402	0.153702410828	-0.204217556081	0.101036412189	0.221098199841	-0.347269903701	0.0934828111194	0.371075526988	-0.0330955233809	-0.0910316312246	0.715320062891	0.0017425198161	0.628250733765	49.1813985898	21.3793648495	45.1063290975
2	3.77286285523	-1.27984084283	0.0412161397798	3.6731964383	-1.32933954319	5.61416518007	0.141659834705	0.0268398648007	-0.201952762058	0.069872330126	-0.0484434087671	-0.0197359451869	-0.0358526078656	0.306228577809	-0.126797953455	0.246273268999	-0.00296035098258	-0.0328538560733	0.439339495833	-0.0214796070022	0.482446438773	56.2242209046	24.4497102335	24.8701159073
3	2.52883551023	1.5174000877	-0.651778669827	3.54898016369	0.761196778492	2.09611099912	-0.162254394012	0.0827707928103	-0.0798279273042	-0.235886164335	0.173975263962	0.232224740825	-0.0314785331444	-0.379000208509	-0.00199254188349	0.343087043859	0.0699757184584	-0.0587234124241	0.614474934558	0.0609707488322	0.543733756145	39.2754816507	19.5478452517	17.713542385

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 150 )	1 - 150	1 - 150
2	2	chain 'A' and (resid 151 through 186 or resid 299 through 323)	151 - 323	151 - 323
3	3	chain 'A' and (resid 187 through 298 )	187 - 298	187 - 298

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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