[日本語] English
万見
- PDB-8cif: Bovine naive ultralong antibody AbD08 collected at 293K -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cif
タイトルBovine naive ultralong antibody AbD08 collected at 293K
要素
  • Heavy chain
  • Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / ultralong / immunoglobulin / naive
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Clarke, J.D. / Mikolajek, H. / Stuart, D.I. / Owens, R.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M011224/1 英国
引用
ジャーナル: Iucrj / 年: 2023
タイトル: Protein-to-structure pipeline for ambient-temperature in situ crystallography at VMXi.
著者: Mikolajek, H. / Sanchez-Weatherby, J. / Sandy, J. / Gildea, R.J. / Campeotto, I. / Cheruvara, H. / Clarke, J.D. / Foster, T. / Fujii, S. / Paulsen, I.T. / Shah, B.S. / Hough, M.A.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: The impact of chain-exchange on bovine ultralong immunoglobulins.
著者: Clarke, J.D. / Douangamath, A. / Mikolajek, H. / Nyagwange, J. / Mwangi, W. / Placido, M.B.D. / Owens, R.J. / Stuart, D.I. / Hammond, J.
履歴
登録2023年2月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年7月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: Heavy chain
L: Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8892
ポリマ－57,8892
非ポリマー00
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.228, 71.585, 100.233
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: 抗体 Heavy chain


分子量: 32569.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 組織: PBMC / Cell: B lymphocyte / プラスミド: pOPINBOVH / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Light chain


分子量: 25319.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 組織: PBMC / Cell: B lymphocyte / プラスミド: pOPINBOVL / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
11.9938.29
21.9938.29
31.9938.29
41.9938.29
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, シッティングドロップ法8.50.1M Tris (base) 0.1M Bicine 12% (v/v) PEG 500 MME 6% (v/v) PEG 20000 0.15M Sodium chloride 0.09M Sodium fluoride 0.09M Sodium iodide 0.09M Sodium bromide
2932蒸気拡散法, シッティングドロップ法8.50.1M Tris (base) 0.1M Bicine 12% (v/v) PEG 500 MME 6% (v/v) PEG 20000 0.15M Sodium chloride 0.09M Sodium nitrate 0.09M Sodium phosphate dibasic 0.09M Ammonium sulphate
2933蒸気拡散法, シッティングドロップ法8.50.1M Tris (base) 0.1M Bicine 12% (v/v) PEG 500 MME 6% (v/v) PEG 20000 0.15M Sodium chloride 0.09M Sodium nitrate 0.09M Sodium phosphate dibasic 0.09M Ammonium sulphate
2934蒸気拡散法, シッティングドロップ法8.50.1M Tris (base) 0.1M Bicine 12% (v/v) PEG 500 MME 6% (v/v) PEG 20000 0.15M Sodium chloride 0.1M Sodium formate 0.1M Ammonium Acetate 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 0.1M Potassium sodium tartrate tetrahydrate 0.1M Sodium oxamate

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
12931N
22932N
32933N
42934N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond VMXi10.9795
シンクロトロンDiamond VMXi20.9795
シンクロトロンDiamond VMXi30.9795
シンクロトロンDiamond VMXi40.9795
検出器
タイプID検出器日付詳細
DECTRIS EIGER2 X 4M1PIXEL2019年12月2日130x80 microrad aperture, horizontally and vertically focusing mirrors, 4xslits, variable microfocus beam
DECTRIS EIGER2 X 4M2PIXEL2019年12月2日130x80 microrad aperture, horizontally and vertically focusing mirrors, 4xslits, variable microfocus beam
DECTRIS EIGER2 X 4M3PIXEL2019年12月2日130x80 microrad aperture, horizontally and vertically focusing mirrors, 4xslits, variable microfocus beam
DECTRIS EIGER2 X 4M4PIXEL2019年12月2日130x80 microrad aperture, horizontally and vertically focusing mirrors, 4xslits, variable microfocus beam
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double multilayer, double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double multilayer, double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3Double multilayer, double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray3
4Double multilayer, double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray4
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
21
31
41
反射

Entry-ID: 8CIF / CC1/2: 1

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
2.43-47.71478782.42.20.19713.5
2.07-58.2721940761.90.10326
2.17-58.232249146.51.80.11745.1
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-ID
2.43-2.471.2270.47580.31
2.07-2.110.8310.56190.52
2.17-2.211.4050.57570.34

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
DIALS3.6.0-2-g5baae39f5-releaseデータスケーリング
DIALS3.6.0-2-g5baae39f5-releaseデータ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→58.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 6.338 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.207
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22786 1127 4.9 %RANDOM
Rwork0.17713 ---
obs0.17963 21885 95.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å2-0 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→58.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3415 0 0 52 3467
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0133543
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0143123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5221.6424855
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.31.5677264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2955479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.73223.462130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.89815526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5891511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024038
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02744
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0593.7961891
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0473.7931890
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6915.6582357
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.695.662358
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5644.1871652
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5554.1871652
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.466.1172492
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.67144.2833519
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.66544.293519
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 77 -
Rwork0.262 1494 -
obs--90.34 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る