+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8cid | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Oryza sativa UAM 2 | ||||||
Components | UDP-arabinopyranose mutase | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Inactive / UAM / RGP | ||||||
Function / homology | Function and homology information UDP-arabinopyranose mutase / UDP-L-arabinose metabolic process / plant-type cell wall biogenesis / intramolecular transferase activity / cell wall organization / Golgi apparatus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Oryza sativa (Asian cultivated rice) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.6 Å | ||||||
Authors | Fredslund, F. / Adams, P.D. / Welner, D.H. | ||||||
Funding support | Denmark, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of Oryza sativa UAM 2 Authors: Fredslund, F. / Adams, P.D. / Welner, D.H. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8cid.cif.gz | 457.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8cid.ent.gz | 323.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8cid.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8cid_validation.pdf.gz | 428.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8cid_full_validation.pdf.gz | 436.6 KB | Display | |
Data in XML | 8cid_validation.xml.gz | 25.1 KB | Display | |
Data in CIF | 8cid_validation.cif.gz | 33.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/8cid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/8cid | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
---|
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.529637293869, 0.848170924305, -0.00950894878039), (0.848213207574, 0.529539993834, -0.01103401227), (-0.00432335970729, -0.0139096403449, -0.999893909606)Vector: -9. ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.529637293869, 0.848170924305, -0.00950894878039), Vector: |
-Components
#1: Protein | Mass: 38952.793 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Oryza sativa (Asian cultivated rice) / Gene: amy, H0112G12.3 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9ZR36, UDP-arabinopyranose mutase |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.29 Å3/Da / Density % sol: 63 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 100 mM HEPES pH 7.5, 25%(v/v) PEG 3350, 200 mM MgCl2 Temp details: Room temperature |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.1 / Wavelength: 0.97741 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 28, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97741 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.6→65.2 Å / Num. obs: 12771 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 82.83 Å2 / Rrim(I) all: 0.197 / Net I/σ(I): 5.3 |
Reflection shell | Resolution: 3.6→3.8 Å / Redundancy: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1256 / Rrim(I) all: 0.831 / % possible all: 99.6 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.6→65.16 Å / SU ML: 0.1686 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.6858 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 91.61 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.6→65.16 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Type: Torsion NCS / Rms dev position: 1.13914283449 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|