PDB-8cid: Crystal structure of Oryza sativa UAM 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cid

タイトル

Crystal structure of Oryza sativa UAM 2

要素

UDP-arabinopyranose mutase

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Inactive / UAM / RGP

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-arabinopyranose mutase / UDP-L-arabinose metabolic process / plant-type cell wall biogenesis / intramolecular transferase activity / cell wall organization / Golgi apparatus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryza sativa (イネ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

Fredslund, F. / Adams, P.D. / Welner, D.H.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Oryza sativa UAM 2
著者: Fredslund, F. / Adams, P.D. / Welner, D.H.

履歴

登録	2023年2月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cid.cif.gz	457.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cid.ent.gz	323.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cid.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/8cid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/8cid	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-arabinopyranose mutase

B: UDP-arabinopyranose mutase

77.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.390, 115.390, 157.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	chain "A"
d_2	ens_1	chain "B"

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	GLU	ALA	A	1 - 344
d_2	1	ens_1	GLU	ALA	B	1 - 344

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.529637293869, 0.848170924305, -0.00950894878039), (0.848213207574, 0.529539993834, -0.01103401227), (-0.00432335970729, -0.0139096403449, -0.999893909606) ...

#1: タンパク質	UDP-arabinopyranose mutase 分子量: 38952.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ) / 遺伝子: amy, H0112G12.3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZR36, UDP-arabinopyranose mutase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 25%(v/v) PEG 3350, 200 mM MgCl2 Temp details: Room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.6→65.2 Å / Num. obs: 12771 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 1.8 % / B_iso Wilson estimate: 82.83 Å² / R_rim(I) all: 0.197 / Net I/σ(I): 5.3
反射シェル	解像度: 3.6→3.8 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1256 / R_rim(I) all: 0.831 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
MOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.6→65.16 Å / SU ML: 0.1686 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.6858
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2725	1272	9.96 %
R_work	0.2437	11494	-
obs	0.2469	12766	98.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 91.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.6→65.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5424	0	0	0	5424

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0057	5556
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9648	7534
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0556	834
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0111	964
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.5044	2030

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.13914283449 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.6-3.74	0.3128	138	0.3239	1251	X-RAY DIFFRACTION	99.57
3.74-3.91	0.3294	141	0.2874	1253	X-RAY DIFFRACTION	99.29
3.91-4.12	0.2966	140	0.2821	1253	X-RAY DIFFRACTION	99.08
4.12-4.38	0.2825	137	0.253	1245	X-RAY DIFFRACTION	98.78
4.38-4.72	0.2714	136	0.2329	1256	X-RAY DIFFRACTION	98.86
4.72-5.19	0.255	143	0.2309	1274	X-RAY DIFFRACTION	98.88
5.19-5.94	0.2764	144	0.236	1294	X-RAY DIFFRACTION	99.1
5.94-7.48	0.293	141	0.2443	1288	X-RAY DIFFRACTION	98.15
7.49-65.16	0.2167	152	0.1978	1380	X-RAY DIFFRACTION	97.89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.944055038173	0.174796912645	0.129045741612	1.0812957806	-1.07736036316	1.1353906711	-0.207388443779	-0.636201139094	-0.184504550947	0.00808697319978	-0.0307207809873	-0.685181559967	0.0874546785631	0.746094074212	-0.000123591856625	0.776873341637	-0.000829636537823	-0.0412596276536	1.02190570285	0.0227230222472	1.15643265013	76.1723249881	90.0063680951	71.2198676001
2	2.2800233285	0.0669543473716	0.0114938198251	2.86161324918	-0.209441081578	2.77844946985	-0.0183625470174	0.0419267805272	0.0503483918995	-0.00762136689693	-0.0564720645047	-0.284497362586	-0.0085363986121	0.297850760675	1.83141785865E-5	0.714561467307	-0.0226979706006	-0.0903959252637	0.668041284031	-0.0306662201778	0.708845270966	58.8470748576	94.9551144977	64.1209115448
3	1.38163057303	0.430893453208	0.216517629718	0.459988671076	-0.707955332926	1.16098016787	-0.0445150292997	-0.379585689106	-0.361997048362	-0.0352055592894	0.136612658507	-0.0547567392292	0.734061468788	-0.142101905839	-0.000412320114547	1.05726154027	-0.0854023862279	-0.00846395868799	0.971117703638	-0.0750071946934	1.15451523846	59.3916641367	76.122529339	60.6548471844
4	0.411286572848	0.653156117548	-0.0907978436322	0.999092299886	-0.310672613871	0.926018593144	0.26714870226	0.599710054647	0.109814415695	-0.20547451751	-0.167180832816	0.418455416873	-0.616273512745	-1.21262605704	0.000844716111893	1.25397774677	0.420725270752	-0.185059262443	1.85727053629	0.13989355522	1.21457101241	25.9607045992	117.566999214	48.9785553383
5	1.68749218299	-1.42189883636	-0.775333069778	1.97297435622	-0.164066345119	1.45811553095	0.0950137196434	0.432028469763	-0.0157183282963	-0.059327679561	-0.196416356018	0.340323534284	-0.237290860087	-0.836930167088	0.000103108170267	0.892576023669	0.0804119367264	-0.151924044152	1.08415495257	-0.0411538571121	0.86688987714	39.4572395588	105.646505311	56.0255710016
6	0.87367135745	0.351855904944	0.828114493566	0.589833951587	0.367688010432	0.988579274968	0.0525553131095	0.444766172759	-0.372479467184	-0.455975174893	-0.299940135198	0.484066417426	-0.0602577732553	-1.28670578767	-0.00278634540626	1.15445586032	0.0626198200479	-0.013998457508	1.7749934704	-0.169118078549	1.30253341207	22.9805189321	96.2067675425	59.7952157094

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 4 through 87 )	A	A	4 - 87	1 - 84
2	2	chain 'A' and (resid 88 through 269 )	A	A	88 - 269	85 - 266
3	3	chain 'A' and (resid 270 through 346 )	A	A	270 - 346	267 - 343
4	4	chain 'B' and (resid 4 through 87 )	B	B	4 - 87	1 - 84
5	5	chain 'B' and (resid 88 through 269 )	B	B	88 - 269	85 - 266
6	6	chain 'B' and (resid 270 through 346 )	B	B	270 - 346	267 - 343

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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