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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cib | |||||||||
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タイトル | Structural and functional analysis of the Pseudomonas aeruginosa PA1677 protein | |||||||||
要素 | Cysteine hydrolase | |||||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / carbon catabolite repression / Crc antagonist | |||||||||
機能・相同性 | streptothricin hydrolase / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase family / 加水分解酵素 / hydrolase activity / 酢酸塩 / リシン / Cysteine hydrolase 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å | |||||||||
データ登録者 | Sonnleitner, E. / Brear, P. / Luisi, B.F. / Blasi, U. | |||||||||
資金援助 | 英国, オーストリア, 2件
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引用 | ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2023 タイトル: Catabolite repression control protein antagonist, a novel player in Pseudomonas aeruginosa carbon catabolite repression control. 著者: Sonnleitner, E. / Bassani, F. / Cianciulli Sesso, A. / Brear, P. / Lilic, B. / Davidovski, L. / Resch, A. / Luisi, B.F. / Moll, I. / Blasi, U. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cib.cif.gz | 251.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cib.ent.gz | 199.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8cib.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/8cib ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/8cib | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22388.492 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: yddQ1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A072ZIR4 #2: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #3: 化合物 | ChemComp-ACT / | #4: 化合物 | ChemComp-LYS / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.95 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Sodium HEPES; MOPS (acid) 25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350 0.2M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.2M DL Alanine; 0.2M Glycine; 0.2M DL-Lysine monohydrochloride; 0.2M DL-Serine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→122.63 Å / Num. obs: 120918 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.263 / Rpim(I) all: 0.107 / Rrim(I) all: 0.285 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 845570 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.88 Å / % possible obs: 73.9 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 1.302 / Num. measured all: 58756 / Num. unique obs: 13457 / CC1/2: 0.416 / Rpim(I) all: 0.643 / Rrim(I) all: 1.462 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I) obs: 1.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.78→122.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.277 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.632 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.78→122.63 Å
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拘束条件 |
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