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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cia | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the kelch domain of human KLHL20 | ||||||
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![]() | LIGASE / Kelch / E3 Ligase / KLHL20 | ||||||
機能・相同性 | ![]() type II interferon binding / protein K33-linked ubiquitination / response to interferon-alpha / Golgi to endosome transport / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / cytoskeleton organization / trans-Golgi network / PML body / ubiquitin-protein transferase activity / protein transport ...type II interferon binding / protein K33-linked ubiquitination / response to interferon-alpha / Golgi to endosome transport / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / cytoskeleton organization / trans-Golgi network / PML body / ubiquitin-protein transferase activity / protein transport / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / actin cytoskeleton / Neddylation / actin binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / axon / dendrite / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sweeney, M.N. / Bradshaw, W.J. / Chen, Z. / Bullock, A.N. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the kelch domain of human KLHL20 著者: Sweeney, M.N. / Bradshaw, W.J. / Chen, Z. / Bullock, A.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 337.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 220.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 466.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 496.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 51.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 69.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33321.414 Da / 分子数: 3 / 変異: C316A, C327A, C402A, C426A, C604A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 33321.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 33322.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 20% PEG2000MME, 0.2M Trimethylamine N-Oxide, 0.1M Tris pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.72→132.44 Å / Num. obs: 27259 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 20.4 % / Biso Wilson estimate: 79.84 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 3.72→3.78 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1405 / CC1/2: 0.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 85.57 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.72→71.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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