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- PDB-8ci7: Apo-crystal structure of a wild-type South African HIV-1 subtype ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ci7
タイトルApo-crystal structure of a wild-type South African HIV-1 subtype C protease at 2.4 angstrom
要素Truncated pol polyprotein
キーワードHYDROLASE / AIDS / HIV / Protease / subtype C protease / South African
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) ...: / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Truncated pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Dlamini, N.P. / Pandian, R. / Onisuru, O. / Achilonu, I.A. / Sayed, Y.
資金援助 南アフリカ, 英国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation in South AfricaNEP Grant No 129920 南アフリカ
Science and Technology Funding CouncilST/R002754/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Biophysical and biochemical characterization of a wild-type South African HIV-1 subtype C protease
著者: Dlamini, N.P. / Pandian, R. / Onisuru, O. / Achilonu, I.A. / Sayed, Y.
履歴
登録2023年2月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Truncated pol polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7671
ポリマ－10,7671
非ポリマー00
水1,31573
1
A: Truncated pol polyprotein

A: Truncated pol polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5342
ポリマ－21,5342
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10590 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)46.600, 46.600, 102.144
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-114-

HOH

21A-152-

HOH

31A-172-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Truncated pol polyprotein


分子量: 10766.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Escherichia coli pLysS / 参照: UniProt: Q994Q3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.1 % / 解説: bipyramidal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 5 mg/mL of wild-type South African HIV-1 subtype C protease in 10 mM of sodium acetate at pH 5 with the crystallization condition consisting of 0.1 M of bis-Tris at pH 6.5 and 3.0 M of NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER IMUS 3.0 MICROFOCUS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月26日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→22.39 Å / Num. obs: 4659 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 36.62 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.106 / Rrim(I) all: 0.175 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 433 / CC1/2: 0.462

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PHENIX1.15.2_3472精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→22.39 Å / SU ML: 0.3605 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.9822
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 241 5.18 %
Rwork0.2033 4408 -
obs0.2059 4649 96.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→22.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数755 0 0 75 830
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026767
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5631037
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0486124
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035129
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.5913465
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-3.020.34361170.27772103X-RAY DIFFRACTION95.12
3.02-22.390.22061240.17642305X-RAY DIFFRACTION97.63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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