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- PDB-8ci4: Crystal structure of doubly S-methanethiolated rabbit M-type crea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ci4
タイトルCrystal structure of doubly S-methanethiolated rabbit M-type creatine kinase
要素Creatine kinase M-type
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / anaerobic metabolism / chemically inactivated
機能・相同性
機能・相同性情報


creatine kinase / phosphocreatine biosynthetic process / creatine kinase activity / response to heat / extracellular space / ATP binding
類似検索 - 分子機能
ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain superfamily / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain / Phosphagen kinase N-terminal domain profile. / ATP:guanido phosphotransferase active site / Phosphagen kinase active site signature. / ATP:guanido phosphotransferase / ATP:guanido phosphotransferase, catalytic domain / ATP:guanido phosphotransferase, C-terminal catalytic domain / Phosphagen kinase C-terminal domain profile. / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Creatine kinase M-type
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Joergensen, M.H. / Andersen, D.G. / Andersen, G.R.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF20OC0065238 デンマーク
引用ジャーナル: Adv Mater / 年: 2024
タイトル: Chemical Zymogens and Transmembrane Activation of Transcription in Synthetic Cells.
著者: Andersen, D.G. / Pedersen, A.B. / Jorgensen, M.H. / Montasell, M.C. / Sogaard, A.B. / Chen, G. / Schroeder, A. / Andersen, G.R. / Zelikin, A.N.
履歴
登録2023年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Creatine kinase M-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8414
ポリマ－43,2731
非ポリマー5673
水3,243180
1
A: Creatine kinase M-type
ヘテロ分子

A: Creatine kinase M-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,6818
ポリマ－86,5472
非ポリマー1,1356
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)198.760, 198.760, 71.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

FLC

-
要素

#1: タンパク質 Creatine kinase M-type / Creatine kinase M chain / Creatine phosphokinase M-type / CPK-M / M-CK


分子量: 43273.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: CKM / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P00563, creatine kinase
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.94 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.35 M sodium citrate, 0.1 M HEPES pH 7.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→100 Å / Num. obs: 47490 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 45.17 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.54
反射 シェル解像度: 2.012→2.084 Å / 冗長度: 13.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4616 / CC1/2: 0.435 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.01→62.85 Å / SU ML: 0.3267 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.9544
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2248 1704 3.59 %
Rwork0.2061 45749 -
obs0.2068 47453 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→62.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2956 0 43 180 3179
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01013060
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19374122
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0605434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0097540
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.6326411
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.01-2.070.40981380.40133703X-RAY DIFFRACTION98.26
2.07-2.140.36331390.35053759X-RAY DIFFRACTION99.9
2.14-2.210.30171420.30433756X-RAY DIFFRACTION99.92
2.21-2.30.37371410.29183788X-RAY DIFFRACTION99.92
2.3-2.410.31091400.26033775X-RAY DIFFRACTION99.95
2.41-2.540.29771410.24413781X-RAY DIFFRACTION99.95
2.54-2.690.24711410.22933785X-RAY DIFFRACTION99.7
2.69-2.90.25491410.23393826X-RAY DIFFRACTION99.92
2.9-3.190.25041430.22133813X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.660.21141430.19213840X-RAY DIFFRACTION99.97
3.66-4.610.16731440.15513875X-RAY DIFFRACTION99.98
4.61-62.850.18711510.17974048X-RAY DIFFRACTION99.72
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.20988976147-0.05004084017322.148542833393.598016104330.4140032271822.91956489096-0.0597215753246-0.06110333222070.06947711975230.3171897146090.05517562794330.0154343733190.125687714852-0.20198849453-0.08537719383440.45454336914-0.0009542448698980.01656467614850.4075599170540.07605245679790.42336142724834.7730439834147.59846350446.5248289849
21.211819216240.01321991729070.3726203324890.635980980440.03852551086381.06431503590.05209280451710.152789069219-0.0158160342882-0.05132153173810.03635923685480.08732020031480.0266580638217-0.14939338042-0.08031283100540.364279088940.04104450268530.03101966852750.4397313015570.05007275689410.43031801863226.7655743739153.90038474619.5912496857
34.94486189712-1.80056966399-0.5622978856761.868754420850.4728201623430.9443313650660.1071192830230.05058673353690.083481858474-0.00566019675581-0.06015764062880.249558481178-0.0124848842863-0.281516704527-0.06669814477370.386204128485-0.01372470127360.01178924677470.5774583471810.08382137122780.5815102908582.60234118335152.42897015921.7694239804
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 6 through 42 )6 - 421 - 37
22chain 'A' and (resid 43 through 286 )43 - 28638 - 281
33chain 'A' and (resid 287 through 381 )287 - 381282 - 369

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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