[日本語] English
万見
- PDB-8ci3: Structure of bovine CD46 ectodomain (SCR 1-2) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ci3
タイトルStructure of bovine CD46 ectodomain (SCR 1-2)
要素Membrane cofactor protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Host cell receptor type one transmembrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


inner acrosomal membrane / negative regulation of complement activation, classical pathway / T cell mediated immunity / single fertilization / complement activation, classical pathway / innate immune response / cell surface / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Membrane cofactor protein CD46 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane cofactor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Aitkenhead, H. / David I Stuart, D.I. / El Omari, K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M011224/1 英国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2023
タイトル: Structure of Bovine CD46 Ectodomain.
著者: Aitkenhead, H. / Stuart, D.I. / El Omari, K.
履歴
登録2023年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Membrane cofactor protein
B: Membrane cofactor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6598
ポリマ－29,9312
非ポリマー1,7276
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area15790 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)91.090, 91.090, 121.123
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Membrane cofactor protein


分子量: 14965.661 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CD46, MCP / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6VE48

-
糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 64分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris pH8.5, 20% PEG 8000, 0.2M MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→72.8 Å / Num. obs: 22417 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 25.4 % / Biso Wilson estimate: 52.05 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.2336 / Rpim(I) all: 0.04699 / Rrim(I) all: 0.2383 / Net I/σ(I): 10.19
反射 シェル解像度: 2.33→2.413 Å / 冗長度: 25.8 % / Rmerge(I) obs: 3.599 / Mean I/σ(I) obs: 1.12 / Num. unique obs: 2168 / CC1/2: 0.736 / Rpim(I) all: 0.7181 / Rrim(I) all: 3.671 / % possible all: 99.45

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER1.18.2_3874位相決定
PHENIX1.18.2_3874精密化
DIALSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.33→72.8 Å / SU ML: 0.3274 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.7773
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2557 1123 5.04 %
Rwork0.2268 21178 -
obs0.2283 22301 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 79.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→72.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1956 0 111 62 2129
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092113
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.892884
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052340
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007371
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1723786
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.33-2.440.38141420.34872542X-RAY DIFFRACTION98.5
2.44-2.560.3261480.32882582X-RAY DIFFRACTION99.02
2.56-2.720.32611500.28272575X-RAY DIFFRACTION98.62
2.72-2.930.30121440.27152620X-RAY DIFFRACTION99.68
2.93-3.230.28511170.23592644X-RAY DIFFRACTION99.39
3.23-3.70.25461320.22972677X-RAY DIFFRACTION100
3.7-4.660.2181400.18512700X-RAY DIFFRACTION99.89
4.66-72.80.22921500.20942838X-RAY DIFFRACTION99.47
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.419991589781.74719541008-0.8489693047371.6653800774-1.043508389320.822021520142-0.247998467797-0.0252340361844-0.253667869438-0.0969266236424-0.0917720218242-0.7294933416960.002507141066530.3102922028520.3425808238290.710389157459-0.1832333974390.05357481574160.8106999130360.1560204534020.8014493861166.643138551814.70305711580.796213081703
23.295614981590.0463914104974-0.4348945950761.754215140060.3548218678132.521203098620.05117114281120.03427190099190.03963482854340.118428228475-0.1520100584410.1645141496920.0773738745396-0.2130635740090.1008218553790.530236567659-0.0569533627016-0.002778090470460.507917092076-0.01272748702360.44805512038937.5979400276-1.9939049782811.6065724224
30.609361190197-0.4576624973041.025421728291.32582926164-0.2599470729931.98543750249-0.2584727628941.483118305530.799590157185-0.4779659070160.3017043242041.21932045564-0.751076935459-0.830332266948-0.05660645816340.7916405356070.0731789974187-0.2904082376221.53352504560.321548446351.1859868107620.06093902414.69843606898-13.8922943664
42.6233853255-0.160785984681-0.2851294070882.54096680457-0.6918449695072.6423297167-0.0303075414501-0.142536248823-0.1660916650760.0835323664338-0.097743561063-0.167965217970.3288476891780.2081672593420.05035839591720.4971718057140.0395962832799-0.02107311522680.55035628147-0.001234927058050.47950689669752.5495003617-4.43243868115-3.58933908811
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 41 through 101 )AA41 - 1011 - 61
22chain 'A' and (resid 102 through 169 )AA102 - 16962 - 129
33chain 'B' and (resid 41 through 101 )BF41 - 1011 - 61
44chain 'B' and (resid 102 through 169 )BF102 - 16962 - 129

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る