PDB-8ci0: Maize Transketolase in complex with TPP and hydrolyzed (+)-Cornexistin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ci0

タイトル

Maize Transketolase in complex with TPP and hydrolyzed (+)-Cornexistin

要素

Transketolase, chloroplastic

キーワード

TRANSFERASE / Herbicide

機能・相同性

機能・相同性情報

transketolase / transketolase activity / reductive pentose-phosphate cycle / pentose-phosphate shunt / cobalt ion binding / chloroplast thylakoid membrane / manganese ion binding / calcium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Zea mays (トウモロコシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.902 Å

データ登録者

Freigang, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2023
タイトル: Investigations into Simplified Analogues of the Herbicidal Natural Product (+)-Cornexistin.
著者: Steinborn, C. / Tancredi, A. / Habiger, C. / Diederich, C. / Kramer, J. / Reingruber, A.M. / Laber, B. / Freigang, J. / Lange, G. / Schmutzler, D. / Machettira, A. / Besong, G. / Magauer, T. / Barber, D.M.

履歴

登録	2023年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月26日	Group: Database references / Refinement description カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID ..._citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ci0.cif.gz	450.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ci0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ci0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/8ci0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/8ci0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (2) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (6) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4)

登録構造単位

AAA: Transketolase, chloroplastic

BBB: Transketolase, chloroplastic

CCC: Transketolase, chloroplastic

ヘテロ分子

226 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.309, 135.309, 201.439
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	CCC-1167- HOH
2	1	CCC-1392- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	BBB
6	3	CCC

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 10 - 675 / Label seq-ID: 23 - 688

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	1	AAA	A
2	2	1	BBB	B
3	3	2	AAA	A
4	4	2	CCC	C
5	5	3	BBB	B
6	6	3	CCC	C

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

-
タンパク質 , 1種, 3分子 AAABBBCCC

#1: タンパク質	Transketolase, chloroplastic / TK 分子量: 74830.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SIC9, transketolase

-
非ポリマー , 5種, 2021分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略) 分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-UP0 / (1~{Z},3~{R},4~{S},7~{S},8~{Z})-8-ethylidene-4,7-bis(oxidanyl)-5-oxidanylidene-3-propyl-cyclononene-1,2-dicarboxylic acid 分子量: 326.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₂O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-8EL / 2-[3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-2H-1,3-thiazol-5-yl]ethyl phosphono hydrogen phosphate 分子量: 426.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₀N₄O₇P₂S
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2014 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 28 % PEG 3350, 250 mM ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION NOVA / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→23.83 Å / Num. obs: 157602 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 6.01 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / R_merge(I) obs: 0.175 / Num. unique obs: 18870

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
CrysalisPro		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.902→23.727 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 2.494 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.123 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1836	7754	4.921 %
R_work	0.1532	149805	-
all	0.155	-	-
obs	-	157559	94.208 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.924 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.127 Å²	0.064 Å²	0 Å²
2-	-	0.127 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.414 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.902→23.727 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15246	0	104	2014	17364

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	15611
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	14432
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.544	1.641	21215
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.488	1.578	33253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.691	5	1995
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.725	22.591	745
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.957	15	2434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.559	15	75
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	2041
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	17956
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3488
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	3586
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	14362
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	7786
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	6917
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.027	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.009	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.255	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.212	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.245	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.919	1.105	7989
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.915	1.104	7988
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.346	1.651	9981
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.347	1.651	9982
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.71	1.266	7622
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.711	1.266	7615
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.638	1.835	11234
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.638	1.835	11235
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.267	14.492	18703
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.903	13.93	18201
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.052	0.05	22111
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.049	0.05	22224
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.043	0.05	22239

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05243	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05243	0.05009
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04912	0.05009
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04912	0.05009
3	5	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04347	0.05009
3	6	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04347	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.902-1.951	0.249	472	0.192	8307	X-RAY DIFFRACTION	71.6185
1.951-2.004	0.221	447	0.179	9635	X-RAY DIFFRACTION	84.3823
2.004-2.063	0.195	483	0.163	9724	X-RAY DIFFRACTION	87.9459
2.063-2.126	0.199	486	0.153	9722	X-RAY DIFFRACTION	90.2325
2.126-2.196	0.191	516	0.144	9619	X-RAY DIFFRACTION	92.5994
2.196-2.273	0.176	479	0.137	9610	X-RAY DIFFRACTION	95.1075
2.273-2.358	0.159	554	0.131	9426	X-RAY DIFFRACTION	97.2804
2.358-2.455	0.179	481	0.132	9313	X-RAY DIFFRACTION	99.1195
2.455-2.564	0.188	423	0.134	9039	X-RAY DIFFRACTION	99.9683
2.564-2.689	0.17	442	0.136	8619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.689-2.834	0.179	394	0.144	8265	X-RAY DIFFRACTION	99.9885
2.834-3.006	0.2	389	0.158	7780	X-RAY DIFFRACTION	99.9755
3.006-3.214	0.19	400	0.159	7299	X-RAY DIFFRACTION	100
3.214-3.471	0.188	403	0.171	6791	X-RAY DIFFRACTION	99.9861
3.471-3.802	0.186	329	0.169	6283	X-RAY DIFFRACTION	99.9849
3.802-4.25	0.156	313	0.146	5710	X-RAY DIFFRACTION	99.9502
4.25-4.906	0.17	259	0.146	5074	X-RAY DIFFRACTION	99.9063
4.906-6.006	0.178	218	0.175	4319	X-RAY DIFFRACTION	99.9559
6.006-8.483	0.178	161	0.162	3416	X-RAY DIFFRACTION	99.9721
8.483-23.727	0.174	105	0.181	1855	X-RAY DIFFRACTION	94.0951

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