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- PDB-8chd: NtUGT1 in two conformations -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8chd
タイトルNtUGT1 in two conformations
要素Glycosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Enzyme / GT-B / GT1
機能・相同性UDP-glycosyltransferase activity / UDP-glycosyltransferase family, conserved site / UDP-glycosyltransferases signature. / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / nucleotide binding / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Glycosyltransferase
機能・相同性情報
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Fredslund, F. / Teze, D. / Adams, P.D. / Welner, D.H.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF20CC0035580 デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NtUGT1 in two conformations
著者: Fredslund, F. / Adams, P.D. / Welner, D.H.
履歴
登録2023年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyltransferase
B: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,2658
ポリマ－107,1192
非ポリマー1,1476
水3,765209
1
A: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3026
ポリマ－53,5591
非ポリマー7435
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9642
ポリマ－53,5591
非ポリマー4041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.310, 86.850, 100.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.170, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 12 through 349 or resid 351 through 475))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 12 through 349 or resid 351 through 475))
d_1ens_2chain "LA"
d_2ens_2chain "LB"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASNASNA2 - 335
d_12ens_1ALAVALA337 - 461
d_21ens_1ASNASNF1 - 334
d_22ens_1ALAVALF336 - 460
d_11ens_2UDPUDPH
d_21ens_2UDPUDPI

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.471034201992, 0.226147663128, 0.852633576054), (0.262378036848, -0.958750088974, 0.109343644863), (0.842190326668, 0.172207727335, -0.510940262959)ベクター: -25. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.471034201992, 0.226147663128, 0.852633576054), (0.262378036848, -0.958750088974, 0.109343644863), (0.842190326668, 0.172207727335, -0.510940262959)
ベクター: -25.2713039258, 81.3538406893, 22.1722159905)

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要素

#1: タンパク質 Glycosyltransferase


分子量: 53559.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: LOC107795311 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1S4A9U5, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.47 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M magnesium chloride 25% PEG 3350 0.1 M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→50.41 Å / Num. obs: 37833 / % possible obs: 98.58 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 35.89 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 10.02
反射 シェル解像度: 2.34→2.42 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique obs: 3374 / CC1/2: 0.43 / CC star: 0.776 / % possible all: 88.34

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.34→50.41 Å / SU ML: 0.3065 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.1017
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2345 2171 5.74 %
Rwork0.1885 35660 -
obs0.1912 37831 98.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→50.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7145 0 72 209 7426
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00367398
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.725910061
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04611144
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01221285
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.44552733
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS3.81705118962
ens_2d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.964250484288
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.34-2.390.3781890.29961917X-RAY DIFFRACTION83.93
2.39-2.440.34621270.28212156X-RAY DIFFRACTION97.31
2.44-2.50.3071410.25442253X-RAY DIFFRACTION99.75
2.5-2.570.32161490.26372216X-RAY DIFFRACTION99.33
2.57-2.650.27431280.23722262X-RAY DIFFRACTION99.5
2.65-2.730.29111420.22442232X-RAY DIFFRACTION99.79
2.73-2.830.26351330.22152265X-RAY DIFFRACTION99.83
2.83-2.940.27141430.21182231X-RAY DIFFRACTION99.87
2.94-3.080.24821430.20912283X-RAY DIFFRACTION99.84
3.08-3.240.25381370.1962235X-RAY DIFFRACTION99.79
3.24-3.440.24211410.18782225X-RAY DIFFRACTION99.71
3.44-3.710.22881320.17042277X-RAY DIFFRACTION99.71
3.71-4.080.21051420.15612240X-RAY DIFFRACTION99.71
4.08-4.670.16541360.14012287X-RAY DIFFRACTION99.67
4.67-5.880.19521430.16132267X-RAY DIFFRACTION99.75
5.88-50.410.21131450.17412314X-RAY DIFFRACTION99.76
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.650528054211.534759830222.710236353091.681192215452.090997599283.09519005683-0.1262824187170.2357999455160.177151150856-0.0225769513891-0.05426588546-0.1374306492340.08930295184610.1963432983840.2287196515540.2932164274770.01927049037780.00228652423590.2191262129640.04827336707070.32630911167310.852509576725.99991877948.34754124352
21.465152175570.180691505913-0.1164897029352.27722541361-0.3086812019751.199557953760.02189272157670.06621330143590.02271603347680.0599481223281-0.009784688434230.08086910203110.000810369961237-0.0386554969014-0.01408626093440.1830724450350.0244688846077-0.006959241855280.197084921957-0.02675021916560.2094268267494.3127880727640.2096870455.57617869838
31.291541053310.0677567559735-0.2461209170310.8960497343240.1529579607844.18279452202-0.01392281718440.204032777073-0.0342895634339-0.132333581412-0.0230216729469-0.05414876976520.1209034150770.1022277071780.03390656708210.1647581445780.0272134529351-0.01769150758080.1952475711780.001438116369480.28495782038423.096684179138.4037229508-8.99704971599
41.99997112085-3.267850954282.233084969072.00005926753-1.410847176931.9999685921-0.3872814480031.567628393271.05155060629-1.00930832055-1.42643036947-2.58138101298-5.368496122853.18856007181.820826111090.6447522903350.07839315159710.017695801230.7244208523060.4459712227780.80819208408810.156647027224.84402411528.451804795
55.381902173291.93929086146-0.9468990136525.29883933798-1.055555447525.602872928990.310129277233-0.2544627161960.3531068424420.446331189767-0.251551407021-0.134805017683-0.470863957412-0.200021530527-0.1012829434120.341193347967-0.003715976282220.02885990328190.242982320859-0.04011901045940.270912780498-5.8751713872559.359856908134.1911498155
64.009053426581.5690214391-0.518608117344.82254876454-1.109517550873.152735707360.2487124177230.3424095994850.1651111310.230881835019-0.111400420750.53821508853-0.373019777605-1.13183134323-0.09036477882560.3857749520530.112672343580.02710936693940.659994674072-0.03317922530520.341324774976-16.436180337655.358774722427.347704516
73.20419899485-0.0774463423569-0.821560383052.21770045535-1.652561429616.169187184320.0823603819780.540894291177-0.0449698843719-0.1787781610510.1358583896050.0632296966773-0.161914116786-0.680638755931-0.1992089836820.314973232450.02264461578490.05548224030540.342308517503-0.03285290436130.312136940038-3.980517709151.347027261625.4978846742
82.774274501420.726834757763-0.6434773453043.497352034410.6753155670081.88391547895-0.4980378901430.000220697012063-0.834769957380.2876318399-0.00892940700018-0.01215626788190.898834491556-0.5508507066720.3489777745510.584092395991-0.09888213903380.1869605156730.339719292648-0.0742232810990.552005940615-6.9671982197632.234036492736.3869153347
92.60109214558-1.33064398508-1.511240269833.911339427152.140882000947.76752753632-0.00279958821419-0.360866584090.002104502260940.2117614145820.321984805095-0.5869135854680.2855624467330.783401544619-0.3797237243770.245021265449-0.00492477584788-0.04957968042890.3601740001250.01219864300520.3390124064.8938333694546.443537500639.0024301348
103.34828420612-1.27363326053-1.017140021042.223554400151.065376287584.6525838756-0.0583382035184-0.286594126011.139415883360.3983055771860.36381444576-0.53223191293-1.22201342295-0.048570435732-0.3365123111360.8309567449240.1485614842890.0191664864850.561793866772-0.1353826251140.591564702015-17.06025601262.09217580158.0335620839
114.61474498044-0.0131165905976-2.119999655432.11451080901-0.3759594560123.20225191155-0.314293351247-0.106139046233-0.07630915462830.3297343733460.2490019860660.307096071039-0.160250278965-0.4592357308480.06052412319960.459510013230.0837040776930.0544160421850.4311212507540.02336548736620.25199699259-20.197137871947.287050813655.2128426187
123.0200188380.493620950877-1.705328341893.00520326785-1.782736911296.920949876950.0516798380621-0.6844430189060.1874519643970.487404762639-0.199422454163-0.378001402235-0.7991396285091.096638339680.182077659920.356436932183-0.0402538849568-0.0939080944570.391397549676-0.06533464457710.4145715204393.8810327059755.099519531848.1699803238
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 11 through 55 )AA11 - 551 - 45
22chain 'A' and (resid 56 through 211 )AA56 - 21146 - 201
33chain 'A' and (resid 212 through 474 )AA212 - 474202 - 460
44chain 'A' and (resid 475 through 475 )AA475461
55chain 'B' and (resid 12 through 40 )BF12 - 401 - 29
66chain 'B' and (resid 41 through 113 )BF41 - 11330 - 102
77chain 'B' and (resid 114 through 146 )BF114 - 146103 - 135
88chain 'B' and (resid 147 through 211 )BF147 - 211136 - 200
99chain 'B' and (resid 212 through 248 )BF212 - 248201 - 237
1010chain 'B' and (resid 249 through 276 )BF249 - 276238 - 261
1111chain 'B' and (resid 277 through 433 )BF277 - 433262 - 418
1212chain 'B' and (resid 434 through 475 )BF434 - 475419 - 460

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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