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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ch9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of arsenite oxidase from Alcaligenes faecalis (Af Aio) bound to arsenic oxyanion | ||||||
![]() | (Arsenite oxidase subunit ...) x 3 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Engrola, F. / Correia, M.A.S. / Romao, M.J. / Santos-Silva, T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of arsenite oxidase from Alcaligenes faecalis (Af Aio) bound to arsenic oxyanion 著者: Engrola, F. / Correia, M.A.S. / Romao, M.J. / Santos-Silva, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 880.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 697.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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要素
-Arsenite oxidase subunit ... , 3種, 8分子 ACEBDFHG
#1: タンパク質 | 分子量: 92129.836 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: aioA, aoxB, asoA / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q7SIF4, ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 14303.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: aioB, aoxA, asoB / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q7SIF3, ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 92115.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: aioA, aoxB, asoA / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q7SIF4, ![]() |
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-非ポリマー , 10種, 3859分子 ![](data/chem/img/MGD.gif)
![](data/chem/img/F3S.gif)
![](data/chem/img/FC6.gif)
![](data/chem/img/4MO.gif)
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![](data/chem/img/F3S.gif)
![](data/chem/img/FC6.gif)
![](data/chem/img/4MO.gif)
![](data/chem/img/ART.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-MGD / #5: 化合物 | ChemComp-F3S / ![]() #6: 化合物 | ChemComp-FC6 / #7: 化合物 | ChemComp-4MO / #8: 化合物 | ChemComp-ART / ![]() #9: 化合物 | ChemComp-GOL / ![]() #10: 化合物 | ChemComp-EDO / ![]() #11: 化合物 | ChemComp-FES / ![]() #12: 化合物 | ![]() #13: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.35 % |
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結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% v/v PEG 6000, 0.01 M magnesium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.43→65.474 Å / Num. obs: 594307 / % possible obs: 75 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.43→1.56 Å / Num. unique obs: 29716 / CC1/2: 0.589 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.157 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.43→65.47 Å
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拘束条件 |
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