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万見
- PDB-8ch5: Cryo-EM structure of the fd bacteriophage capsid major coat prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ch5
タイトルCryo-EM structure of the fd bacteriophage capsid major coat protein pVIII
要素Major capsid protein pVIII
キーワードVIRUS / Bacteriophage / fd / inovirus / ff / helical / phage / filamentous
機能・相同性Phage major coat protein, Gp8 / Bacteriophage M13, G8P, capsid domain superfamily / Capsid protein G8P / helical viral capsid / host cell membrane / membrane / Capsid protein G8P
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Boehning, J. / Bharat, T.A.M.
資金援助 英国, フランス, 米国, European Union, 7件
組織認可番号国
UK Research and Innovation (UKRI)MC_UP_1201/31 英国
Human Frontier Science Program (HFSP)RGY0074/2021 フランス
The Vallee Foundation Inc.Vallee Scholarship 米国
Leverhulme TrustPhilip Leverhulme Prize 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)EMBO YIPEuropean Union
The Lister Institute of Preventive MedicineLister Prize 英国
UK Research and Innovation (UKRI)MR/V022385/1 英国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Biophysical basis of filamentous phage tactoid-mediated antibiotic tolerance in P. aeruginosa.
著者: Jan Böhning / Miles Graham / Suzanne C Letham / Luke K Davis / Ulrike Schulze / Phillip J Stansfeld / Robin A Corey / Philip Pearce / Abul K Tarafder / Tanmay A M Bharat /
要旨: Inoviruses are filamentous phages infecting numerous prokaryotic phyla. Inoviruses can self-assemble into mesoscale structures with liquid-crystalline order, termed tactoids, which protect bacterial ...Inoviruses are filamentous phages infecting numerous prokaryotic phyla. Inoviruses can self-assemble into mesoscale structures with liquid-crystalline order, termed tactoids, which protect bacterial cells in Pseudomonas aeruginosa biofilms from antibiotics. Here, we investigate the structural, biophysical, and protective properties of tactoids formed by the P. aeruginosa phage Pf4 and Escherichia coli phage fd. A cryo-EM structure of the capsid from fd revealed distinct biochemical properties compared to Pf4. Fd and Pf4 formed tactoids with different morphologies that arise from differing phage geometries and packing densities, which in turn gave rise to different tactoid emergent properties. Finally, we showed that tactoids formed by either phage protect rod-shaped bacteria from antibiotic treatment, and that direct association with a tactoid is required for protection, demonstrating the formation of a diffusion barrier by the tactoid. This study provides insights into how filamentous molecules protect bacteria from extraneous substances in biofilms and in host-associated infections.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Biophysical basis of phage liquid crystalline droplet-mediated antibiotic tolerance in pathogenic bacteria
著者: Bohning, J. / Graham, M. / Letham, S. / Davis, L. / Schulze, U. / Stansfeld, P. / Corey, R. / Pearce, P. / Tarafder, A. / Bharat, T.
履歴
登録2023年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / em_author_list
Item: _audit_author.name / _citation.journal_volume ..._audit_author.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_author_list.author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein pVIII


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2441
ポリマ－5,2441
非ポリマー00
水00
1
A: Major capsid protein pVIII
x 50


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)262,20050
ポリマ－262,20050
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
point symmetry operation49

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Major capsid protein pVIII / Coat protein B / Gene 8 protein / G8P / Major coat protein


分子量: 5244.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69539

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Enterobacteria phage fd / タイプ: VIRUS
詳細: Purified by PEG precipitation from the supernatant of infected E. coli cells.
Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage fd (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Escherichia coli
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: Phosphate-buffered saline
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: fd phage in PBS
試料支持詳細: 15 mA / グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 53.9 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU2.9画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.9モデルフィッティング
9PHENIX1.2モデル精密化
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正詳細: Performed in RELION 3.1 / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -35.46 ° / 軸方向距離/サブユニット: 16.62 Å / らせん対称軸の対称性: C5
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 84458 / 詳細: Relion 3.1 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築B value: 79.94 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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