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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ch4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the ring cleaving dioxygenase 5-nitrosalicylate 1,2-dioxygenase from Bradyrhizobium sp. | ||||||
要素 | 5-nitrosalicylic acid 1,2-dioxygenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / oxidase / cupin fold / beta-barrel | ||||||
機能・相同性 | 5-nitrosalicylate dioxygenase / : / Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / dioxygenase activity / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / : / 5-nitrosalicylic acid 1,2-dioxygenase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bradyrhizobium sp. JS329 (根粒菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Ferraroni, M. / Stolz, A. / Eppinger, E. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023 タイトル: Crystal structure of the monocupin ring-cleaving dioxygenase 5-nitrosalicylate 1,2-dioxygenase from Bradyrhizobium sp. 著者: Eppinger, E. / Stolz, A. / Ferraroni, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ch4.cif.gz | 155.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ch4.ent.gz | 123.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ch4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ch4_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ch4_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ch4_validation.xml.gz | 30 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ch4_validation.cif.gz | 40.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/8ch4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/8ch4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23816.018 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium sp. JS329 (根粒菌) / 遺伝子: naaB / プラスミド: pJS804 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3WZ86, 5-nitrosalicylate dioxygenase #2: 化合物 | ChemComp-FE / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.42 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 30% MPD, 5% PEG 400, 100 mM TRIS-HCl pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月8日 / 詳細: LN2 closed loop cooling | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Manochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→48.14 Å / Num. obs: 46889 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rrim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 9.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 13.09 / SU ML: 0.287 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.508 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.1→40 Å
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拘束条件 |
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