[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-8ch4: Crystal structure of the ring cleaving dioxygenase 5-nitrosalicyl... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ch4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the ring cleaving dioxygenase 5-nitrosalicylate 1,2-dioxygenase from Bradyrhizobium sp. | ||||||
![]() | 5-nitrosalicylic acid 1,2-dioxygenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / oxidase / cupin fold / beta-barrel | ||||||
Function / homology | 5-nitrosalicylate dioxygenase / : / Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / dioxygenase activity / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / : / 5-nitrosalicylic acid 1,2-dioxygenase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ferraroni, M. / Stolz, A. / Eppinger, E. | ||||||
Funding support | 1items
| ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of the monocupin ring-cleaving dioxygenase 5-nitrosalicylate 1,2-dioxygenase from Bradyrhizobium sp. Authors: Eppinger, E. / Stolz, A. / Ferraroni, M. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 155.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 123.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.2 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 2.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 40.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
---|
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 23816.018 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-FE / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.42 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: 30% MPD, 5% PEG 400, 100 mM TRIS-HCl pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 8, 2019 / Details: LN2 closed loop cooling | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double Crystal Manochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→48.14 Å / Num. obs: 46889 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 6.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rrim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 9.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.508 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.1→40 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|