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- PDB-8ch1: PBP AccA from A. vitis S4 in complex with Agrocinopine A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ch1
タイトルPBP AccA from A. vitis S4 in complex with Agrocinopine A
要素Agrocinopine utilization periplasmic binding protein AccA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / periplasmic binding protein / solute binding protein
機能・相同性: / : / 2-O-phosphono-alpha-L-arabinopyranose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 2-O-phosphono-beta-L-arabinopyranose
機能・相同性情報
生物種Agrobacterium vitis S4 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.496 Å
データ登録者Morera, S. / Vigouroux, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2024
タイトル: A highly conserved ligand-binding site for AccA transporters of antibiotic and quorum-sensing regulator in Agrobacterium leads to a different specificity.
著者: Morera, S. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Ahmar, M. / Meyer, T. / El Sahili, A. / Deicsics, G. / Gonzalez-Mula, A. / Li, S. / Dore, J. / Sirigu, S. / Legrand, P. / Penot, C. / Andre, ...著者: Morera, S. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Ahmar, M. / Meyer, T. / El Sahili, A. / Deicsics, G. / Gonzalez-Mula, A. / Li, S. / Dore, J. / Sirigu, S. / Legrand, P. / Penot, C. / Andre, F. / Faure, D. / Soulere, L. / Queneau, Y. / Vial, L.
履歴
登録2023年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agrocinopine utilization periplasmic binding protein AccA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0909
ポリマ－56,6521
非ポリマー1,4378
水8,125451
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint16 kcal/mol
Surface area20240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.1, 60.61, 151.28
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Agrocinopine utilization periplasmic binding protein AccA


分子量: 56652.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium vitis S4 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

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糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: phosphodiester of sucrose and L-arabinose / 参照: BIRD: PRD_002473
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
#3: 糖 ChemComp-VDF / 2-O-phosphono-beta-L-arabinopyranose / 2-O-phosphono-beta-L-arabinose / 2-O-phosphono-L-arabinose / 2-O-phosphono-arabinose / [(2S,3R,4S,5S)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] dihydrogen phosphate


タイプ: L-saccharide, beta linking, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11O8P / 詳細: phosphodiester of sucrose and L-arabinose / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / 参照: BIRD: PRD_002473
#4: 糖 ChemComp-LAO / 2-O-phosphono-alpha-L-arabinopyranose / 2-O-phosphono-alpha-L-arabinose / 2-O-phosphono-L-arabinose / 2-O-phosphono-arabinose


タイプ: L-saccharide, alpha linking, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11O8P / 詳細: phosphodiester of sucrose and L-arabinose / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / 参照: BIRD: PRD_002470

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非ポリマー , 3種, 455分子

#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細A member of the class of agrocinopines that consists of sucrose and L-arabinose units joined via a ...A member of the class of agrocinopines that consists of sucrose and L-arabinose units joined via a phosphodiester linkage between position 4F of sucrose and position 2 of arabinose.
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.46 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 8000, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.496→47.3 Å / Num. obs: 70531 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.496→1.59 Å / Rmerge(I) obs: 1.303 / Num. unique obs: 10968 / CC1/2: 0.97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.496→47.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU R Cruickshank DPI: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.079 / SU Rfree Blow DPI: 0.078 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.075
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2019 3527 -RANDOM
Rwork0.1741 ---
obs0.1755 70531 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.5583 Å20 Å20 Å2
2--4.1401 Å20 Å2
3----1.5819 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.496→47.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3809 0 56 451 4316
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017822HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.114135HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2287SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1191HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7822HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion518SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7721SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.9
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.56
LS精密化 シェル解像度: 1.496→1.51 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3854 71 -
Rwork0.3514 --
obs0.3532 1411 80.93 %
精密化 TLSOrigin x: 17.6356 Å / Origin y: -1.327 Å / Origin z: -19.1469 Å
111213212223313233
T-0.0433 Å20.0246 Å20.0013 Å2--0.03 Å2-0.0129 Å2---0.0921 Å2
L0.3732 °20.0523 °20.0612 °2-0.9952 °2-0.1153 °2--0.3466 °2
S-0.0203 Å °0.2951 Å °-0.0415 Å °0.2951 Å °0.0272 Å °-0.0072 Å °-0.0415 Å °-0.0072 Å °-0.0068 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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