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- PDB-8cgw: Insulin-regulated aminopeptidase (IRAP) in complex with an allost... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cgw
タイトルInsulin-regulated aminopeptidase (IRAP) in complex with an allosteric benzopyran-based inhibitor
要素Leucyl-cystinyl aminopeptidase, pregnancy serum form
キーワードHYDROLASE / insulin-regulated aminopeptidase / allosteric inhibitor / benzopyran scaffold / antigen presentation / HFI-419
機能・相同性
機能・相同性情報


cystinyl aminopeptidase / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-independent / negative regulation of cold-induced thermogenesis / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / early endosome lumen / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / female pregnancy / Endosomal/Vacuolar pathway ...cystinyl aminopeptidase / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-independent / negative regulation of cold-induced thermogenesis / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / early endosome lumen / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / female pregnancy / Endosomal/Vacuolar pathway / peptide binding / protein catabolic process / cytoplasmic vesicle membrane / regulation of blood pressure / protein polyubiquitination / metallopeptidase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cell-cell signaling / lysosomal membrane / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / ERAP1-like C-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-UJX / Leucyl-cystinyl aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Mpakali, A. / Stratikos, E. / Giastas, P.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)European Union
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Mechanisms of Allosteric Inhibition of Insulin-Regulated Aminopeptidase.
著者: Mpakali, A. / Barla, I. / Lu, L. / Ramesh, K.M. / Thomaidis, N. / Stern, L.J. / Giastas, P. / Stratikos, E.
履歴
登録2023年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucyl-cystinyl aminopeptidase, pregnancy serum form
B: Leucyl-cystinyl aminopeptidase, pregnancy serum form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,44635
ポリマ－200,7962
非ポリマー10,65033
水1,29772
1
A: Leucyl-cystinyl aminopeptidase, pregnancy serum form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,89420
ポリマ－100,3981
非ポリマー6,49519
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Leucyl-cystinyl aminopeptidase, pregnancy serum form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,55215
ポリマ－100,3981
非ポリマー4,15414
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.377, 257.679, 73.494
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.444, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Leucyl-cystinyl aminopeptidase, pregnancy serum form


分子量: 100398.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LNPEP, OTASE / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UIQ6, cystinyl aminopeptidase

-
糖 , 5種, 23分子

#2: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 82分子

#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-UJX / ethyl 2-acetamido-7-hydroxy-4-(pyridin-3-yl)-4H-chromene-3-carboxylate / ethyl (4S)-2-acetamido-7-oxidanyl-4-pyridin-3-yl-4H-chromene-3-carboxylate / ethyl 2-(acetylamino)-7-hydroxy-4-pyridin-3-yl-4H-chromene-3-carboxylate


分子量: 354.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H18N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#10: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#11: 化合物
ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.15 %
結晶化温度: 278.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1M MMT (Malic acid, MES, Tris) 25% w/v PEG 1500 20% EG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.03→51.36 Å / Num. obs: 42729 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 78.87 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.04135 / Rpim(I) all: 0.04135 / Net I/σ(I): 13.17
反射 シェル解像度: 3.03→3.138 Å / Rmerge(I) obs: 0.3287 / Num. unique obs: 3519 / CC1/2: 0.703 / Rpim(I) all: 0.3287

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.03→51.36 Å / SU ML: 0.4509 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.8097
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2419 2063 4.83 %
Rwork0.2031 40656 -
obs0.205 42719 92.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 84.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.03→51.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14411 0 35 72 14518
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006814792
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.021520077
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05732388
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00682446
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.52162183
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.03-3.10.37771060.29992171X-RAY DIFFRACTION74.07
3.1-3.180.3331130.26792459X-RAY DIFFRACTION84.58
3.18-3.260.31681510.24982800X-RAY DIFFRACTION95.59
3.26-3.360.30511560.24592895X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.470.27991060.2452379X-RAY DIFFRACTION81.1
3.47-3.590.30131500.23722893X-RAY DIFFRACTION99.9
3.59-3.740.30631140.23092495X-RAY DIFFRACTION85.21
3.74-3.910.2491120.20742250X-RAY DIFFRACTION76.27
3.91-4.110.25421360.19212902X-RAY DIFFRACTION99.35
4.11-4.370.22331490.17882909X-RAY DIFFRACTION99.61
4.37-4.710.18971290.17052910X-RAY DIFFRACTION99.18
4.71-5.180.18121620.16762890X-RAY DIFFRACTION99.19
5.18-5.930.2271660.19972875X-RAY DIFFRACTION99.31
5.93-7.460.26551640.22342911X-RAY DIFFRACTION99.13
7.47-51.360.21941490.18532917X-RAY DIFFRACTION98.59
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 35.6175495224 Å / Origin y: 0.782597267956 Å / Origin z: 13.3996187796 Å
111213212223313233
T0.25333787201 Å2-0.0575067174704 Å20.0374146663138 Å2-0.30776485036 Å2-0.0173283269367 Å2--0.149584963279 Å2
L0.638799442239 °2-0.348963336563 °20.172996463945 °2-1.39726462429 °2-0.328133986355 °2--0.377281180151 °2
S-0.0297418124703 Å °-0.0292379324893 Å °0.0980771367413 Å °0.146374142617 Å °0.0325040985177 Å °-0.0685633582931 Å °0.105952999612 Å °-0.0339620803352 Å °0.00235803334462 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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