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- PDB-8cgs: Crystal structure of arsenite oxidase from Alcaligenes faecalis (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cgs
タイトルCrystal structure of arsenite oxidase from Alcaligenes faecalis (Af Aio) bound to antimony oxyanion
要素
  • AioB
  • Arsenite oxidase subunit AioA
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / arsenite oxidase / molybdenum cofactor / MGD / arsenic oxyanion / antimony oxyanion
機能・相同性
機能・相同性情報


ヒ酸レダクターゼ (アズリン) / arsenate reductase (azurin) activity / oxidoreductase complex / 細胞呼吸 / molybdopterin cofactor binding / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arsenite oxidase subunit AioA/Iodate reductase subunit IdrA, large subunit / Arsenite oxidase subunit AioA/Iodate reductase subunit IdrA, 3Fe-4S cluster / Rieske 3Fe-4S / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase
類似検索 - ドメイン・相同性
MOLYBDENUM(IV) ION / 酢酸塩 / FE3-S4 CLUSTER / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Chem-MGD / 酸素 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / リン酸塩 / tetrakis(oxidanyl)antimony / Arsenite oxidase subunit AioA
類似検索 - 構成要素
生物種Alcaligenes faecalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Engrola, F. / Correia, M.A.S. / Romao, M.J. / Santos-Silva, T.
資金援助 ポルトガル, 1件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia ポルトガル
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Arsenite oxidase in complex with antimonite and arsenite oxyanions: Insights into the catalytic mechanism.
著者: Engrola, F. / Correia, M.A.S. / Watson, C. / Romao, C.C. / Veiros, L.F. / Romao, M.J. / Santos-Silva, T. / Santini, J.M.
履歴
登録2023年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年8月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arsenite oxidase subunit AioA
B: AioB
C: Arsenite oxidase subunit AioA
D: AioB
E: Arsenite oxidase subunit AioA
F: AioB
G: Arsenite oxidase subunit AioA
H: AioB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)436,50768
ポリマ－424,8918
非ポリマー11,61660
水59,8463322
1
A: Arsenite oxidase subunit AioA
B: AioB
C: Arsenite oxidase subunit AioA
D: AioB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,40935
ポリマ－212,4464
非ポリマー5,96331
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25710 Å2
ΔGint-204 kcal/mol
Surface area55980 Å2
手法PISA
2
E: Arsenite oxidase subunit AioA
F: AioB
ヘテロ分子

G: Arsenite oxidase subunit AioA
H: AioB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,09833
ポリマ－212,4464
非ポリマー5,65229
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_654x+1,y,z-11
Buried area25010 Å2
ΔGint-234 kcal/mol
Surface area55940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.378, 109.210, 117.342
Angle α, β, γ (deg.)97.71, 90.06, 96.28
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Arsenite oxidase subunit AioA / AOI / Arsenite oxidase Mo-pterin subunit


分子量: 92032.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcaligenes faecalis (バクテリア)
遺伝子: aioA, aoxB, asoA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7SIF4, ヒ酸レダクターゼ (アズリン)
#2: タンパク質
AioB


分子量: 14190.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcaligenes faecalis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 16種, 3382分子

#3: 化合物
ChemComp-MGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDOPTERIN GUANOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 740.557 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N10O13P2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-O / OXYGEN ATOM / 水 / 酸素


分子量: 15.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#5: 化合物
ChemComp-4MO / MOLYBDENUM(IV) ION


分子量: 95.940 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 295.795 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#10: 化合物
ChemComp-UJI / tetrakis(oxidanyl)antimony / antimony oxyanion


分子量: 189.789 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O4Sb / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#12: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#13: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#14: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#15: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#16: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#17: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#18: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15% v/v PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 5.5 and 0.2 M ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→48.47 Å / Num. obs: 365490 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 1.84→1.87 Å / Num. unique obs: 17998 / CC1/2: 0.848

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.84→116.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 3.471 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18891 18174 5 %RANDOM
Rwork0.15362 ---
obs0.15536 347274 95.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.392 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å20.42 Å20.04 Å2
2--1.49 Å2-0.47 Å2
3----0.98 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.84→116.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29836 0 603 3322 33761
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.01931340
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0228836
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9541.96342609
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.043366336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.82953864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.70524.1111474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.217155018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.57515206
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.24482
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02135937
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.027465
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3571.82615334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3571.82615331
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9162.72919159
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9162.72919160
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3582.06116006
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3542.0616002
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5632.99123388
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.48316.09739343
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.48316.09739344
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.888 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 1391 -
Rwork0.252 25571 -
obs--94.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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