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- PDB-8cgq: Crystal structure of UGT708A6 with UDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cgq
タイトルCrystal structure of UGT708A6 with UDP
要素UDP-glycosyltransferase 708A6
キーワードTRANSFERASE / Enzyme GT-B GT1
機能・相同性
機能・相同性情報


flavanone 7-O-beta-glucosyltransferase activity / UDP-glucosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
類似検索 - 分子機能
: / UDP-glycosyltransferase family, conserved site / UDP-glycosyltransferases signature. / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-glycosyltransferase 708A6
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Fredslund, F. / Bidart, G.N. / Welner, D.H.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号
Novo Nordisk FoundationNNF20CC0035580 デンマーク
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of UGT708A6 with UDP
著者: Fredslund, F. / Bidart, G.N. / Welner, D.H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
: 2012

タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
: 2019

タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix
履歴
登録2023年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-glycosyltransferase 708A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1603
ポリマ-50,7211
非ポリマー4402
2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area17790 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)51.431, 72.593, 57.018
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.694, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 UDP-glycosyltransferase 708A6


分子量: 50720.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: UGT708A6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A096SRM5, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.15 % / 解説: Long rods, with crevice in the middle
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 3350 20% w/v, BIS-TRIS propane 100mM,

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→44.26 Å / Num. obs: 25283 / % possible obs: 96.73 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 36.73 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1077 / Rpim(I) all: 0.04557 / Rrim(I) all: 0.1171 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.04→2.12 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.9246 / Mean I/σ(I) obs: 1.22 / Num. unique obs: 2028 / CC1/2: 0.603 / CC star: 0.867 / Rpim(I) all: 0.51 / Rrim(I) all: 1.063 / % possible all: 77.62

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.04→44.26 Å / SU ML: 0.2785 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.596
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2271 1262 5 %
Rwork0.1778 23989 -
obs0.1802 25251 96.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→44.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3464 0 1 143 3608
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01463565
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09914861
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0619545
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008636
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.79571255
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.04-2.130.37121140.32232165X-RAY DIFFRACTION78.61
2.13-2.220.35021350.27432559X-RAY DIFFRACTION93.38
2.22-2.340.27281430.23122717X-RAY DIFFRACTION99.31
2.34-2.490.24871440.20662730X-RAY DIFFRACTION99.93
2.49-2.680.24981440.18662736X-RAY DIFFRACTION99.86
2.68-2.950.26991440.19232744X-RAY DIFFRACTION99.86
2.95-3.370.21831440.18232759X-RAY DIFFRACTION99.93
3.37-4.250.18851460.15372769X-RAY DIFFRACTION99.9
4.25-44.260.20051480.14592810X-RAY DIFFRACTION99.83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.262047393702-0.04050960179590.1596371666630.399094268766-0.1308473511270.963654101308-0.00832119548171-0.167852139659-0.0745169677174-0.04781039821470.01336639833250.04420976156480.0801051176581-0.02305451453342.91607512488E-60.340278496998-0.00239977208640.0004421517854090.439628905811-0.009623149010860.40152156205810.716749244433.551374338117.1571094496
20.916009784346-0.5455584151360.02372945128610.3870225042050.112157504030.420744789551-0.353053194676-0.187747110783-0.0496374641320.147280606235-0.156880321895-0.0607852068082-0.437685712572-0.436550385945-0.1274609565070.3517545746430.03511849219310.02147429991640.501137152699-0.08296729251520.46485348314311.669168615845.162935937715.8115884353
30.5818983769470.29041447437-0.2126079377350.6533789019420.06720739640081.32012058565-0.01001456740960.05122326752830.0384756020386-0.08909582534920.0205369322137-0.02417192410790.005783787205410.005705470691972.03837779667E-70.360158364319-0.0162727412306-0.006889970188480.324875150962-0.00544620454940.35062316769610.905151276638.4244230426-5.46152276124
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 236 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 237 through 265 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 266 through 474 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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