PDB-8cg0: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cg0

タイトル

Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. aeruginosa in complex with F2X-Entry library fragment H11

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / Fragment screening / protein-ligand complex / drug discovery / SAM-DEPENDENT METHYLATION REACTIONS / SAHase / AHCY

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Malecki, P.H. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. aeruginosa in complex with fragment F2X-Entry H11
著者: Malecki, P.H. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K.

履歴

登録	2023年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cg0.cif.gz	759.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cg0.ent.gz	628.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cg0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8cg0_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cg0_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	8cg0_validation.xml.gz	81.4 KB	表示
CIF形式データ	8cg0_validation.cif.gz	121.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/8cg0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/8cg0	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

213 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.910, 133.040, 98.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.21, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase 分子量: 51735.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 8種, 1600分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン分子量: 135.127 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-REG / 1-cyclopentyl-3-[[(2~{S})-oxolan-2-yl]methyl]urea 分子量: 212.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₀N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1563 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.65 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 50 mM KH2PO4, 20% (w/v) PEG8000, 20% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月27日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→48.52 Å / Num. obs: 243622 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.57 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_rim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 10.56

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.6-1.69	1.682	37810	0.398	1.912	1
1.69-1.81	1.059	36979	0.666	1.192	1
1.81-1.96	0.59	34581	0.874	0.661	1
1.96-2.14	0.294	31859	0.958	0.331	1
2.14-2.39	0.153	28903	0.985	0.173	1
2.39-2.76	0.091	25599	0.994	0.103	1
2.76-3.38	0.053	21727	0.998	0.059	1
3.38-4.77	0.032	16807	0.998	0.036	1
4.77-48.52	0.028	9357	0.999	0.032	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→32.35 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1863	2556	1.05 %
R_work	0.157	-	-
obs	0.1573	243496	98.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→32.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14228	0	370	1563	16161

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	15031
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.979	20391
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.994	5614
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	2272
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2693

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.63	0.3431	126	0.3526	11949	X-RAY DIFFRACTION	88
1.63-1.66	0.3342	141	0.3304	13349	X-RAY DIFFRACTION	98
1.66-1.7	0.3591	141	0.3107	13288	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7-1.74	0.3167	142	0.2873	13343	X-RAY DIFFRACTION	98
1.74-1.78	0.3215	142	0.2669	13349	X-RAY DIFFRACTION	99
1.78-1.83	0.2825	142	0.246	13373	X-RAY DIFFRACTION	98
1.83-1.88	0.275	142	0.2233	13421	X-RAY DIFFRACTION	99
1.88-1.94	0.2331	143	0.2002	13403	X-RAY DIFFRACTION	99
1.94-2.01	0.2114	142	0.1751	13465	X-RAY DIFFRACTION	99
2.01-2.09	0.2459	143	0.1625	13469	X-RAY DIFFRACTION	99
2.09-2.19	0.1977	143	0.1527	13473	X-RAY DIFFRACTION	99
2.19-2.3	0.1918	144	0.1453	13498	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3-2.45	0.2107	143	0.1421	13510	X-RAY DIFFRACTION	99
2.45-2.64	0.175	144	0.1416	13568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.9	0.166	144	0.138	13561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-3.32	0.1656	144	0.1337	13604	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-4.18	0.128	145	0.1216	13617	X-RAY DIFFRACTION	100
4.18-32.35	0.1602	145	0.1411	13700	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4116	-0.1454	-0.2187	0.8143	0.878	0.9987	0.0626	0.0147	0.2194	-0.191	-0.0255	-0.0721	-0.2897	-0.0368	-0.0628	0.3783	0.0025	-0.041	0.1807	0.023	0.295	-4.1404	62.9178	-16.6806
2	1.551	0.0791	-0.1693	0.8991	0.5717	1.7389	-0.0016	0.0126	0.224	-0.1032	-0.031	0.072	-0.2165	-0.1101	0.0502	0.3013	0.0203	-0.0414	0.1711	-0.0197	0.2675	-12.7511	61.0826	-17.5661
3	2.2723	-2.0182	1.0704	3.8203	-2.1138	6.2453	-0.1108	-0.1678	0.1322	0.1564	0.1065	0.5224	-0.4619	-0.7795	0.0009	0.2982	0.0659	-0.0517	0.3139	-0.0893	0.3722	-25.3686	63.135	-13.6693
4	4.681	-0.5537	-1.2135	2.8825	0.5448	3.6125	0.041	0.0629	0.084	-0.0905	-0.1549	0.414	0.0222	-0.6409	0.1165	0.3346	0.0255	-0.0935	0.3682	-0.0679	0.3177	-26.5174	58.3186	-24.2842
5	0.79	-0.5653	0.6565	1.0197	-0.4657	1.6555	-0.0169	0.0416	-0.01	-0.2138	-0.0432	0.2009	-0.0529	-0.2389	0.0619	0.3023	-0.0037	-0.0361	0.2325	-0.0284	0.2681	-15.6483	44.7857	-25.3237
6	0.7346	0.1702	0.4342	0.8662	0.4875	1.7137	0.028	-0.135	-0.0271	0.0487	-0.0443	0.1767	-0.0015	-0.2681	0.0161	0.1896	0.0064	0.0062	0.214	-0.0005	0.2259	-15.6584	28.9391	-13.9855
7	2.1204	0.9019	-0.3302	3.8374	-1.6724	3.5719	0.0564	-0.3386	-0.0681	0.3295	-0.1019	0.1893	-0.0894	-0.3722	-0.003	0.1889	-0.0022	0.0116	0.2506	-0.0279	0.189	-14.7059	35.6908	-2.6912
8	1.5465	0.2776	-1.1733	2.5987	0.7951	1.3878	0.0056	0.6132	0.1464	-0.5304	-0.1456	0.4462	-0.3026	-0.436	0.1175	0.4738	0.051	-0.0936	0.3602	0.0018	0.2865	-18.5722	58.5641	-34.7906
9	1.4625	-0.0483	0.0302	1.3613	0.3741	1.1001	0.0507	0.2736	0.2122	-0.302	-0.073	-0.0454	-0.376	0.0928	0.0195	0.4106	-0.0098	-0.0015	0.2568	0.0575	0.2116	-1.3995	47.1525	-44.5012
10	4.5205	2.0843	3.5349	8.333	6.1502	6.0283	-0.9666	0.4019	0.6761	-0.0819	0.4803	1.5728	-0.4958	0.5045	0.4914	0.3524	0.0114	-0.021	0.1922	0.0247	0.2593	-9.6846	49.5022	-19.054
11	0.8598	-0.3022	0.3912	0.6833	-0.085	1.0314	-0.1149	-0.1577	0.0981	0.1453	0.099	-0.0704	-0.0699	0.0176	0.0179	0.2554	0.0177	-0.0163	0.2274	-0.0217	0.1915	12.7698	34.3035	9.6357
12	0.865	-0.4875	-0.011	1.2702	0.3671	0.737	-0.0321	0.0795	0.1965	-0.1058	0.0602	-0.2367	-0.1876	0.1925	-0.0358	0.241	-0.0765	0.0189	0.251	0.0081	0.2481	19.1194	43.8681	-16.7696
13	2.1054	0.2744	-0.8731	3.8513	-1.7364	2.6098	0.0428	0.0856	0.4164	0.1855	0.0582	-0.2639	-0.4924	0.1064	-0.0758	0.2798	-0.0482	0.0046	0.2027	-0.0078	0.2695	12.692	53.3727	-10.2426
14	1.3758	0.6049	0.7865	0.3274	0.6326	2.1209	0.0527	-0.0412	-0.2527	0.1631	0.1095	-0.1431	0.3162	0.2494	-0.1793	0.3131	0.0569	-0.0332	0.2095	-0.0162	0.2147	20.0019	20.8978	11.3565
15	2.1369	0.0699	0.2739	1.8333	-0.0956	1.6043	0.0825	-0.1558	-0.2478	0.1373	-0.0103	-0.0242	0.2855	0.0653	-0.0687	0.2606	0.0019	-0.0191	0.1907	0.0296	0.2155	10.8089	8.356	-5.3737
16	3.7514	-3.7555	-3.0983	5.6097	2.3196	2.8893	-0.2621	-0.4152	-0.4571	-0.2231	-0.0329	0.3136	-0.5275	0.3686	0.2815	0.3396	-0.001	0.0123	0.2356	0.004	0.2067	9.3924	34.5183	0.6576
17	1.7603	0.2026	0.0111	0.8921	-0.4553	1.2801	0.0588	0.302	-0.2349	-0.1639	0.0554	-0.1851	0.2442	0.2131	-0.1212	0.306	0.0623	0.0136	0.3934	-0.1139	0.3356	31.0623	7.0189	-38.3063
18	2.8124	0.1148	1.1075	2.2058	0.5278	2.5883	0.1674	0.1341	-0.8267	-0.0492	-0.0159	-0.0938	0.6481	0.092	-0.1632	0.5585	0.1016	-0.0909	0.3683	-0.0808	0.576	31.4403	-7.2486	-29.9002
19	1.5029	-0.1007	0.5692	0.6567	-0.0149	1.5538	0.1235	-0.1067	-0.2931	0.106	-0.0019	-0.1565	0.2314	0.2085	-0.1048	0.2996	0.0371	-0.0193	0.2809	-0.0165	0.316	25.1064	5.4339	-21.6756
20	0.7463	0.0361	0.2306	0.6596	0.3345	2.1837	0.0984	0.0662	-0.2538	-0.0096	-0.0226	0.0274	0.3822	-0.0367	-0.0755	0.2657	0.0154	-0.0356	0.1633	-0.0072	0.2687	2.036	4.5914	-24.3696
21	1.1134	-0.5008	-0.179	1.6935	1.2365	1.7699	0.0077	-0.0372	-0.0655	0.1919	0.1742	-0.4007	0.2177	0.4476	-0.1446	0.2018	0.0095	-0.0186	0.371	-0.043	0.306	34.7339	19.1817	-17.8308
22	2.0008	1.9972	1.994	2.0041	2.003	2.0079	-0.4654	-1.378	-0.2735	-0.4891	-0.0235	0.0581	1.1225	1.836	0.5198	0.3111	0.0749	-0.0381	0.439	-0.1222	0.4007	21.6818	9.5978	-31.3424
23	1.6733	-0.7013	-1.2033	1.3311	-0.9562	4.1508	0.0644	0.1979	-0.2386	-0.1863	-0.1293	-0.0666	0.3883	0.0438	0.061	0.3549	0.0613	-0.0979	0.2799	-0.1048	0.3242	-3.7663	3.605	-53.0555
24	2.2258	0.1294	0.3629	0.9142	-0.6162	2.3613	0.0754	0.0328	-0.1905	-0.1474	0.004	0.1258	0.1743	-0.1109	-0.0794	0.2826	0.0469	-0.0613	0.2435	-0.0757	0.2757	-17.363	13.3881	-50.7672
25	0.8087	-0.351	-0.1881	0.6703	-0.0841	0.5927	0.1085	0.2102	-0.1904	-0.1574	-0.0331	-0.0117	0.1194	0.1082	-0.068	0.3446	0.0844	-0.06	0.3127	-0.0853	0.255	-5.504	11.7828	-56.3312
26	3.115	-0.8143	0.6601	1.3788	-0.068	2.0411	0.1567	0.5253	-0.1229	-0.3327	-0.1217	-0.1538	0.0718	0.3053	-0.0442	0.4016	0.0912	-0.0257	0.3965	-0.0582	0.2164	-7.498	20.1767	-66.9151
27	2.4636	-0.1206	0.8559	1.488	-0.4741	2.3636	0.0648	0.1911	0.1492	-0.2525	-0.1126	0.0399	-0.102	0.1286	0.0294	0.3556	0.0503	-0.0304	0.3275	-0.0326	0.2401	-13.1005	30.1539	-61.8145
28	0.9029	-0.1226	0.2913	0.6179	0.0634	0.8512	0.0348	0.1164	0.0335	-0.1108	-0.0266	-0.0101	-0.1306	0.0941	-0.0045	0.2524	-0.0054	0.0147	0.2143	0.0014	0.1522	3.5347	32.8505	-40.6469
29	2.3611	-0.045	1.4029	1.8	0.5527	1.0503	-0.0332	0.3823	0.2552	-0.2108	-0.0091	-0.2049	-0.2958	0.3921	0.0489	0.3324	-0.0479	0.0707	0.38	0.038	0.2284	14.7143	38.3301	-46.223
30	1.7663	-0.4093	-0.2805	1.4691	0.1567	0.9445	0.0989	0.4439	0.0416	-0.4243	-0.0673	-0.1562	-0.1138	0.2708	-0.0307	0.3715	-0.003	0.0774	0.4517	0.0093	0.2379	17.4193	28.8108	-52.6863
31	2.3667	0.4089	0.1234	2.1993	-0.1116	1.5158	0.0611	0.547	0.0038	-0.4017	-0.0355	-0.4262	-0.1149	0.3829	-0.0178	0.3227	0.0338	0.0709	0.4228	-0.0098	0.262	18.2348	23.9551	-50.728
32	0.6906	-0.0222	0.7921	0.4197	-0.4157	2.5749	-0.0706	0.0405	0.0009	-0.0469	0.0149	0.1996	-0.2977	-0.2151	0.0725	0.2948	0.0605	-0.0516	0.2895	-0.0631	0.2603	-21.2025	25.5956	-54.21
33	1.9735	0.3496	0.1259	1.6761	-0.2917	1.6276	0.05	0.0106	0.0619	-0.0411	-0.07	0.2812	-0.0781	-0.3181	0.0304	0.2141	0.0126	-0.0298	0.2658	-0.0388	0.231	-22.6191	27.9555	-31.7764
34	5.8223	4.0387	2.872	7.8796	-2.9224	6.1739	-0.3224	-0.2516	0.0789	-0.3593	0.1155	0.8295	0.1006	0.6736	0.1709	0.2721	0.0244	-0.0004	0.3104	-0.0336	0.2447	-3.0797	19.2173	-47.8624

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 45 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 46 through 112 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 113 through 134 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 135 through 165 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 166 through 215 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 216 through 350 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 351 through 383 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 384 through 424 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 425 through 469 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 502 through 502 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 9 through 215 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 216 through 350 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 351 through 383 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 384 through 424 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 425 through 469 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 503 through 503 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 10 through 112 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 113 through 150 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 151 through 215 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 216 through 383 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 384 through 469 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 502 through 502 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 8 through 34 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 35 through 63 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 64 through 112 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 113 through 150 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 151 through 178 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 179 through 279 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 280 through 305 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 306 through 350 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 351 through 383 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 384 through 424 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 425 through 469 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 502 through 502 )

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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