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- PDB-8cfz: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cfz
タイトルCrystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. aeruginosa in complex with F2X-Entry library fragment H09
要素Adenosylhomocysteinase
キーワードHYDROLASE / Fragment screening / protein-ligand complex / drug discovery / SAM-DEPENDENT METHYLATION REACTIONS / SAHase / AHCY
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenosylhomocysteinase-like / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, conserved site / Adenosylhomocysteinase-like superfamily / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 1. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 2. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ADENINE / : / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Adenosylhomocysteinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Malecki, P.H. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science CentreSONATA BIS 2018/30/E/NZ1/00729 ポーランド
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. aeruginosa in complex with fragment F2X-Entry H09
著者: Malecki, P.H. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K.
履歴
登録2023年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosylhomocysteinase
B: Adenosylhomocysteinase
C: Adenosylhomocysteinase
D: Adenosylhomocysteinase
H: Adenosylhomocysteinase
I: Adenosylhomocysteinase
J: Adenosylhomocysteinase
K: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)424,70070
ポリマ－413,8808
非ポリマー10,81962
水59,4133298
1
A: Adenosylhomocysteinase
B: Adenosylhomocysteinase
C: Adenosylhomocysteinase
D: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • 212 kDa, 4 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,26134
ポリマ－206,9404
非ポリマー5,32130
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33160 Å2
ΔGint-215 kcal/mol
Surface area56270 Å2
2
H: Adenosylhomocysteinase
I: Adenosylhomocysteinase
J: Adenosylhomocysteinase
K: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 212 kDa, 4 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,43936
ポリマ－206,9404
非ポリマー5,49932
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33820 Å2
ΔGint-205 kcal/mol
Surface area56040 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)111.073, 210.799, 111.501
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.835, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDHIJK

#1: タンパク質
Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase


分子量: 51735.031 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus RILP / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 7種, 3360分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#4: 化合物...
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物
ChemComp-A1H8H / 1-[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]-2-(3,4-dihydro-1,2,4-triazol-2-yl)ethanone


分子量: 225.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9F2N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 50 mM KH2PO4, 20% (w/v) PEG8000, 20% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月27日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→48.53 Å / Num. obs: 470138 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.67 % / Biso Wilson estimate: 25.49 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 9.69
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.77-1.881.556746100.3781.7461
1.88-20.88711110.6370.9891
2-2.160.499664260.8310.5641
2.16-2.370.287613880.9290.3271
2.37-2.650.183556620.9710.2081
2.65-3.060.113491670.9890.1281
3.06-3.740.061416710.9960.071
3.74-5.280.037321230.9980.0431
5.28-48.530.03179800.9990.0341

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.77→43.42 Å / SU ML: 0.2306 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.4005
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1922 1081 0.23 %
Rwork0.1697 468981 -
obs0.1697 470062 98.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→43.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28435 0 678 3298 32411
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019230212
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.362441043
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09644566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01115263
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.98111523
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.77-1.850.31781330.311257409X-RAY DIFFRACTION96.28
1.85-1.950.31531340.273958212X-RAY DIFFRACTION97.81
1.95-2.070.28221350.231958485X-RAY DIFFRACTION98.07
2.07-2.230.25221350.197258640X-RAY DIFFRACTION98.31
2.23-2.450.17361350.171858772X-RAY DIFFRACTION98.59
2.45-2.810.17391360.157559047X-RAY DIFFRACTION98.92
2.81-3.540.17771370.146659234X-RAY DIFFRACTION99.11
3.54-43.420.15351360.140959182X-RAY DIFFRACTION98.51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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