PDB-8cfy: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cfy

タイトル

Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. aeruginosa in complex with F2X-Entry library fragment H08

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / Fragment screening / protein-ligand complex / drug discovery / SAM-DEPENDENT METHYLATION REACTIONS / SAHase / AHCY

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Malecki, P.H. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. aeruginosa in complex with fragment F2X-Entry H08
著者: Malecki, P.H. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K.

履歴

登録	2023年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cfy.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cfy.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cfy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8cfy_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cfy_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	8cfy_validation.xml.gz	154.9 KB	表示
CIF形式データ	8cfy_validation.cif.gz	227 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cfy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cfy	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

G: Adenosylhomocysteinase

H: Adenosylhomocysteinase

I: Adenosylhomocysteinase

J: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

424 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.085, 103.191, 175.392
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.55, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-930- HOH

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDGHIJ

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase 分子量: 51735.031 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus RILP / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase

#1: タンパク質

Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase

分子量: 51735.031 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus RILP / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 7種, 2961分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン分子量: 135.127 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	... ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-UIV / ~{N}-methyl-~{N}-[(1-methylpyrazol-4-yl)methyl]cyclohexanecarboxamide 分子量: 235.325 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₁N₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2903 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.71 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 50 mM KH2PO4, 20% (w/v) PEG8000, 20% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月27日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.88→49.5 Å / Num. obs: 308731 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.54 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.145 / R_rim(I) all: 0.164 / Net I/σ(I): 7.72

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.88-2	1.592	49559	0.386	1.794	1
2-2.13	0.971	46785	0.602	1.098	1
2.13-2.31	0.581	43566	0.798	0.663	1
2.31-2.53	0.363	40146	0.909	0.414	1
2.53-2.82	0.23	36387	0.967	0.26	1
2.82-3.26	0.135	32119	0.988	0.153	1
3.26-3.98	0.071	27160	0.996	0.081	1
3.98-5.62	0.045	21134	0.998	0.052	1
5.62-49.5	0.036	11875	0.999	0.04	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.88→42.61 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2093	1018	0.33 %
R_work	0.1737	-	-
obs	0.1738	308518	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→42.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28438	0	628	2903	31969

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	29766
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.828	40369
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.7	11024
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	4511
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	5337

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.88-1.98	0.3171	144	0.2992	43624	X-RAY DIFFRACTION	99
1.98-2.11	0.3413	145	0.2579	43809	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.27	0.2517	145	0.2188	43825	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.5	0.2267	146	0.189	43891	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.86	0.2071	146	0.1705	44018	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-3.6	0.1891	145	0.149	44068	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-42.61	0.1694	147	0.1436	44265	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5078	-0.36	-0.0668	2.4095	3.1386	4.5439	0.1614	0.4404	0.107	-0.2989	-0.1591	0.0875	-0.3144	-0.4797	-0.0155	0.2128	0.0198	0.0112	0.3043	0.093	0.269	-35.1761	51.2272	7.5727
2	1.3004	0.095	-0.2055	0.7382	-0.0368	0.7734	-0.0135	0.2795	0.0118	-0.0824	-0.0072	-0.0865	0.0349	0.1004	0.0232	0.207	0.0136	0.023	0.3075	0.0221	0.2152	-19.9772	43.8525	11.2125
3	1.5074	0.0439	0.7693	0.7524	-0.0005	1.2647	0.0163	0.1738	-0.1822	-0.0053	-0.0062	-0.0162	0.2395	0.0773	-0.0152	0.2693	0.0157	0.0337	0.217	-0.0304	0.24	-28.7792	21.684	26.686
4	3.052	1.182	0.0347	3.9859	-0.3867	1.1976	-0.0128	0.4029	-0.3901	-0.1713	0.0228	0.11	0.2858	-0.0617	-0.0129	0.2406	-0.004	0.0277	0.2594	-0.067	0.2436	-37.4823	22.7967	16.7691
5	0.1774	-0.262	-0.6029	1.3639	0.4068	2.127	-0.0238	0.0887	0.2234	-0.0647	0.047	-0.3487	-0.0472	0.4577	-0.0275	0.1784	-0.0165	0.0141	0.331	0.0609	0.2466	-8.4341	49.6499	15.9921
6	1.6941	-0.7705	-0.0987	1.9253	-0.1631	2.0228	0.0216	0.0202	0.3916	-0.0496	0.0415	-0.1881	-0.1765	0.2095	-0.0602	0.1773	-0.0322	0.0045	0.2089	-0.005	0.2667	-12.9997	54.7592	37.7418
7	3.0162	2.8178	2.5266	4.3311	-0.0506	5.814	1.1558	-0.1856	0.6356	-0.882	-1.2518	-0.0034	1.249	1.1518	0.115	0.2681	-0.078	-0.023	0.3478	0.0649	0.1769	-26.9749	42.0676	18.5548
8	2.1654	0.2154	-0.5369	1.124	0.1928	1.3545	-0.0679	0.307	0.0143	-0.1769	0.0149	0.2844	0.125	-0.4002	0.0369	0.1963	-0.0515	-0.0219	0.3539	-0.0378	0.2966	-63.9893	29.4634	20.3648
9	2.9177	-1.1168	-0.5288	4.3472	-1.6026	4.035	0.1152	0.362	0.098	-0.221	-0.0279	0.5416	-0.09	-0.4268	-0.0631	0.2046	-0.0154	0.027	0.4072	-0.0573	0.437	-75.0441	36.2122	30.518
10	1.7264	1.2088	-0.4793	0.9646	-0.3849	1.2241	0.0698	-0.0622	0.1202	0.0985	-0.0886	0.234	0.0753	-0.1749	-0.0005	0.2125	-0.0064	0.0457	0.2149	-0.0339	0.3369	-59.3665	37.5555	37.3293
11	0.5642	-0.1085	-0.1835	0.6445	-0.0299	1.3643	0.0485	0.02	0.1425	0.016	-0.0245	0.132	-0.074	-0.1048	-0.0198	0.1733	0.0076	0.0322	0.2146	-0.0009	0.3065	-47.4545	53.2013	36.5805
12	1.8798	-0.0083	-0.7382	4.2864	-0.1377	1.6446	0.0472	0.2408	0.2684	-0.1738	0.1087	-0.0467	-0.2613	-0.2506	-0.1797	0.225	0.0297	0.0383	0.2721	0.0281	0.3076	-47.4657	54.0848	23.3591
13	2.6335	-0.6946	-0.0761	0.6032	0.303	0.702	-0.1343	-0.0417	-0.4157	0.0683	-0.0143	0.3867	0.1343	-0.3795	0.1635	0.2494	-0.0836	0.0638	0.3251	-0.0332	0.3982	-71.2567	25.7965	38.1495
14	2.0109	0.0258	0.1748	1.0776	0.153	1.7197	-0.0533	-0.2446	-0.3068	0.1292	-0.0108	0.2036	0.3542	-0.2871	0.0572	0.3379	-0.0749	0.0863	0.2717	0.0075	0.3641	-53.9879	18.1157	50.2447
15	2	2.8142	-0.8025	1.9999	2	2	-0.3303	0.5513	1.2352	1.1641	-1.1966	0.959	1.32	-0.5818	1.5559	0.4011	-0.093	0.089	0.2402	0.0024	0.3504	-55.4474	34.1744	28.7269
16	0.7981	-0.171	-1.2774	2.9971	-0.7862	2.5966	0.1187	-0.9821	0.1819	0.2812	0.0723	-0.1103	0.0781	-0.2231	-0.286	0.3402	-0.0445	0.0001	0.7321	-0.1069	0.2762	-34.1481	42.4923	81.4836
17	1.8694	0.2735	-0.1975	0.3929	-0.0128	0.615	0.087	-0.6455	0.0163	0.2184	-0.0775	0.0905	0.1295	-0.088	-0.0078	0.3562	-0.0498	0.061	0.5137	-0.022	0.2348	-48.0395	33.8127	75.9307
18	1.5804	-0.2826	0.7897	0.7151	-0.1663	1.2916	0.0365	-0.2235	-0.2676	0.1735	0.0004	0.0296	0.3351	-0.0769	-0.0416	0.3479	-0.0247	0.0496	0.2246	0.039	0.2372	-35.7988	17.6516	55.9879
19	2.7934	-0.232	-0.6018	1.3772	0.8251	1.5318	-0.0876	-0.5714	-0.5688	0.2596	0.1334	-0.0002	0.5033	0.1277	-0.0505	0.4305	0.0278	-0.0012	0.3484	0.1038	0.2917	-27.2051	17.9836	66.0699
20	0.6555	0.0496	-0.1652	0.3606	-0.6352	1.5036	-0.024	-0.2905	0.0875	0.1364	0.0895	0.229	-0.0293	-0.3675	-0.0947	0.2582	-0.0147	0.0951	0.3716	-0.0535	0.3355	-58.6782	44.2738	61.8506
21	2.617	0.0893	-1.4695	8.184	2.4363	1.581	0.6612	-0.6074	0.2867	1.1377	-1.0303	0.3932	1.8325	-0.8251	0.3322	0.3825	-0.033	0.0146	0.6165	0.05	0.1621	-40.9602	35.0469	68.5534
22	1.6037	-0.0314	0.248	1.3594	-0.4074	1.0075	0.0251	-0.2534	-0.1225	0.2148	0.0042	-0.1401	0.3386	0.3005	-0.0365	0.3196	0.1031	-0.0477	0.3472	0.017	0.2276	-4.0611	26.4039	62.1983
23	2.6753	-0.1085	-0.3357	1.1458	0.2455	1.0902	0.0784	-0.405	0.1306	0.237	-0.0397	-0.2468	0.1005	0.5324	-0.0344	0.3496	0.0544	-0.0793	0.602	-0.0394	0.2311	1.3678	36.2662	69.246
24	4.3257	0.7992	0.3316	3.7663	0.1797	1.5542	0.0476	-0.0636	0.2792	0.185	-0.0283	-0.356	0.1012	0.7507	-0.0295	0.2186	0.0421	-0.0452	0.4388	-0.0337	0.2494	7.2308	40.4425	56.6967
25	2.6956	-0.2239	-0.9901	0.1614	-0.0148	1.6094	0.0477	0.0959	0.1269	0.0536	0.0386	-0.0738	0.0628	0.1402	-0.0954	0.2335	0.0283	-0.023	0.2582	-0.0149	0.2424	-8.5219	40.5974	49.9603
26	1.0647	-0.0648	-0.0524	0.6083	0.0267	1.6127	-0.0248	-0.1654	0.2067	0.1414	0.0117	-0.0497	-0.1257	0.0545	0.0203	0.2185	-0.0031	-0.0192	0.2358	-0.051	0.279	-22.812	53.3359	54.0714
27	2.4761	-1.0745	-0.6087	3.7911	0.1165	2.0836	-0.0207	-0.4818	0.2905	0.3885	-0.0037	0.1284	-0.3233	-0.0199	0.0166	0.2682	0.0094	-0.0062	0.3177	-0.0903	0.2133	-22.6321	51.1378	67.0938
28	1.0172	0.0886	0.3383	0.4222	0.1468	1.5181	0.0017	0.101	-0.1012	0.053	0.0425	-0.1552	0.215	0.4253	-0.0506	0.2421	0.0895	-0.0141	0.2776	-0.0124	0.2416	-3.1931	27.552	39.4414
29	1.9999	3.0998	7.2814	1.9999	1.9999	2.0001	-0.7439	0.5502	-0.0581	0.6357	-0.5544	-0.8642	-0.3495	-0.2786	1.3175	0.3424	0.1749	-0.0591	0.3969	-0.0671	0.2654	-11.6714	34.7005	57.405
30	1.1341	-0.0116	-0.0653	0.4774	-0.0726	0.4737	0.031	-0.2545	0.0684	0.1285	0.0044	0.0959	-0.0627	-0.0444	-0.0317	0.274	-0.0026	0.0538	0.2896	-0.0387	0.2282	7.6325	-6.9514	75.8141
31	1.2051	0.1697	0.5299	1.1055	-0.0094	1.1094	0.0634	-0.1531	-0.1468	0.0624	-0.0424	-0.0122	0.1558	0.0117	-0.026	0.2243	-0.0037	0.0198	0.2164	0.0249	0.1881	16.76	-29.7283	61.9885
32	0.3919	0.0254	-0.1931	0.8161	-0.1453	2.2771	0.0372	-0.0688	0.1663	0.0263	0.044	0.2475	-0.199	-0.3291	-0.089	0.2545	0.049	0.0165	0.2596	-0.0159	0.3171	-2.9556	0.5977	58.9417
33	1.9999	8.7473	-5.0828	2	2.5914	9.9443	1.4722	-0.0082	0.1617	0.739	-1.5581	-0.1936	1.0387	-1.3403	0.1355	0.3712	0.0423	-0.0021	0.3045	-0.0243	0.221	12.9867	-9.5424	68.1919
34	1.2696	0.2114	-1.1312	2.7878	0.2686	1.0844	0.0157	-0.2726	0.0652	0.4938	-0.0425	-0.4043	0.0673	0.5421	-0.028	0.2522	0.0111	-0.0851	0.3624	0.0365	0.2482	42.6402	-24.1761	73.6083
35	6.3286	-1.0903	0.8174	1.3763	-0.064	2.5152	0.0251	-0.0387	-0.5756	0.1144	0.0081	-0.3537	0.3524	0.1678	-0.053	0.2248	0.0421	-0.0043	0.2793	0.0556	0.3534	50.8672	-30.3864	59.9964
36	1.575	-0.4659	-0.2231	0.7156	-0.0599	1.4196	-0.031	-0.4595	0.139	0.3605	0.0299	-0.5482	-0.063	0.421	-0.0008	0.2464	-0.0222	-0.1107	0.4135	-0.0223	0.3815	52.4299	-17.8269	68.7415
37	4.6025	-0.1792	0.3001	4.1118	0.8874	3.9517	0.0486	-0.1606	0.1604	0.1766	0.0163	-0.5473	-0.2127	0.5798	-0.0542	0.2537	-0.0535	-0.0053	0.3723	0.0116	0.5161	61.535	-15.1205	58.3013
38	1.2793	-0.7694	-0.069	1.2762	0.5268	1.1703	0.1046	0.2272	0.1366	-0.2023	-0.004	-0.4046	0.0194	0.1472	-0.1121	0.2569	-0.0142	0.0539	0.235	0.0123	0.3166	46.3718	-13.8409	50.6267
39	0.5213	0.1884	-0.1973	0.8435	-0.4438	1.424	0.0427	-0.0932	0.116	0.0451	-0.0283	-0.0991	-0.1476	0.1455	-0.0131	0.2149	-0.026	0.019	0.2477	-0.0375	0.2682	34.0814	1.8531	53.5058
40	0.9243	0.1825	1.0985	1.8206	-0.1923	2.0751	0.0338	0.1697	-0.2103	-0.2393	-0.0178	-0.7521	0.0337	0.6658	-0.0188	0.255	0.0251	0.0721	0.3365	-0.0221	0.4638	58.2962	-25.3235	50.4787
41	1.5413	0.4319	-0.0108	1.2869	-0.074	1.6224	0.0101	0.1097	-0.3001	-0.0298	-0.0029	-0.189	0.2344	0.1578	-0.0128	0.2891	0.0557	0.0272	0.2434	-0.0018	0.3177	41.3452	-33.3026	37.3586
42	2	1.3253	-2.208	2	-9.9221	2	0.0756	-0.278	0.7117	-0.7135	-1.3545	-0.8493	0.8327	1.1183	1.2983	0.4586	0.0501	0.0256	0.2946	0.0272	0.2775	41.8593	-17.3224	58.9877
43	1.7787	-0.4396	0.6446	2.4754	0.2526	1.3759	-0.0632	0.3125	-0.04	-0.5493	-0.0342	0.1495	-0.1447	-0.09	0.0271	0.4321	-0.0576	-0.0039	0.3476	0.0499	0.2524	22.4759	-8.7128	5.9358
44	1.2981	-0.0473	-0.513	0.9136	-0.2733	1.6545	0.0194	0.2567	0.104	-0.2154	-0.0195	-0.0548	-0.1594	0.0038	0.002	0.3453	-0.0051	0.0186	0.328	0.0197	0.2101	32.6596	-10.7986	9.1205
45	3.1097	0.6123	0.7262	1.0603	0.4878	1.5954	0.0095	0.4101	-0.2394	-0.0076	-0.0116	0.0602	0.1974	-0.1066	-0.0061	0.4085	-0.0236	0.071	0.3361	-0.067	0.2528	38.2682	-23.7573	3.3046
46	1.5215	-0.2882	0.6323	2.4728	-0.3845	1.0886	-0.063	0.1699	-0.147	-0.167	0.0363	-0.0856	0.1871	0.2091	0.0267	0.3819	-0.0349	0.0586	0.2833	-0.0213	0.2466	46.5253	-24.16	12.6568
47	0.7575	0.2293	-0.251	0.5479	-0.1022	0.763	-0.0042	0.0157	0.0094	-0.0934	0.0281	-0.0387	0.0133	0.0528	-0.0145	0.2533	0.0058	0.0081	0.1968	-0.0131	0.2	28.714	-25.505	32.7987
48	1.3502	-0.1133	0.3228	1.1376	-0.3769	1.275	0.0387	0.1287	-0.2696	-0.2175	0.0897	0.0073	0.2177	-0.0183	-0.14	0.3354	-0.0159	-0.0026	0.1969	-0.0402	0.2547	19.0976	-36.2964	23.7495
49	0.3168	-0.3076	-0.5856	0.0066	0.3664	1.315	0.0084	0.0676	0.0872	-0.1208	0.0662	-0.1091	-0.0868	0.1817	-0.0805	0.2843	-0.0369	0.0543	0.2462	-0.0013	0.2735	46.2866	-7.0883	25.9847
50	1.9999	2.0001	-6.0733	1.9999	-5.863	2.0001	1.0115	0.1924	0.7693	-1.5665	-1.5244	-0.5359	2.2727	1.9	0.5186	0.3934	0.0011	0.0047	0.4192	0.0406	0.1753	28.8424	-16.3429	18.6522
51	1.3843	0.2743	-0.1954	0.6848	0.1722	0.9092	-0.0234	0.2778	0.101	-0.1699	0.0256	0.2307	-0.056	-0.2735	-0.0034	0.3014	-0.0075	-0.0938	0.3117	0.0476	0.3166	-9.9767	-17.9069	25.7588
52	0.6017	0.1245	-0.3112	0.967	0.1501	1.8199	0.0224	0.1254	0.149	-0.234	0.0177	0.094	-0.2407	-0.0873	-0.0485	0.2995	0.0124	-0.0376	0.2035	0.0336	0.2547	10.0683	1.3158	30.0484
53	1.2412	-0.0715	0.6969	0.512	-0.3971	2.1558	0.0206	-0.1103	-0.0371	-0.021	0.1024	0.2833	-0.0066	-0.3211	-0.1247	0.2329	-0.0275	-0.0204	0.2188	0.0275	0.303	-10.0261	-24.221	46.1845
54	2	-1.8973	4.0199	2	9.9976	9.9625	-0.2567	-0.596	-0.3902	-0.8875	-0.7657	0.1786	-0.5727	0.2312	1.0517	0.5142	0.0862	-0.0042	0.3189	0.0895	0.3444	-0.7816	-17.0625	28.7122

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 34 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 35 through 215 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 216 through 350 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 351 through 383 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 384 through 424 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 425 through 469 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 502 through 502 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 9 through 134 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 135 through 165 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 166 through 215 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 216 through 350 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 351 through 383 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 384 through 424 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 425 through 469 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 502 through 502 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 8 through 34 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 35 through 215 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 216 through 350 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 351 through 383 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 384 through 469 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 502 through 502 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 9 through 91 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 92 through 134 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 135 through 165 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 166 through 215 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 216 through 350 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 351 through 383 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 384 through 469 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 502 through 502 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'G' and (resid 9 through 215 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 216 through 383 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 384 through 469 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 502 through 502 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'H' and (resid 9 through 34 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'H' and (resid 35 through 63 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'H' and (resid 64 through 134 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'H' and (resid 135 through 165 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H' and (resid 166 through 215 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 216 through 383 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid 384 through 424 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 425 through 469 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 502 through 502 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'I' and (resid 9 through 34 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'I' and (resid 35 through 112 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'I' and (resid 113 through 150 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'I' and (resid 151 through 178 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'I' and (resid 179 through 279 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'I' and (resid 280 through 383 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'I' and (resid 384 through 469 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'I' and (resid 502 through 502 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'J' and (resid 9 through 215 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'J' and (resid 216 through 383 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'J' and (resid 384 through 469 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'J' and (resid 502 through 502 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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