PDB-8cfx: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cfx

タイトル

Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. aeruginosa in complex with F2X-Entry library fragment H06

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / Fragment screening / protein-ligand complex / drug discovery / SAM-DEPENDENT METHYLATION REACTIONS / SAHase / AHCY

機能・相同性

機能・相同性情報

L-homocysteine biosynthetic process / adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Malecki, P.H. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. aeruginosa in complex with fragment F2X-Entry H06
著者: Malecki, P.H. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K.

履歴

登録	2023年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cfx.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cfx.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cfx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cfx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cfx	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

G: Adenosylhomocysteinase

H: Adenosylhomocysteinase

I: Adenosylhomocysteinase

J: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

425 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
212 kDa, 4 ポリマー
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2

G: Adenosylhomocysteinase

H: Adenosylhomocysteinase

I: Adenosylhomocysteinase

J: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
212 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	109.574, 103.990, 176.086
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.58, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-907- HOH

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDGHIJ

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase 分子量: 51735.031 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus RILP / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase

#1: タンパク質

Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase

分子量: 51735.031 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus RILP / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 7種, 2782分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン分子量: 135.127 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅
#4: 化合物	ChemComp-UID / ethyl (E)-3-(4-aminophenyl)prop-2-enoate 分子量: 191.226 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₃NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物	... ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2720 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.54 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 50 mM KH2PO4, 20% (w/v) PEG8000, 20% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月27日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.98→48.07 Å / Num. obs: 269579 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.74 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.131 / R_rim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 7.49

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.98-2.1	1.191	43330	0.499	1.382	1
2.1-2.24	0.729	40889	0.696	0.855	1
2.24-2.42	0.457	38091	0.865	0.532	1
2.42-2.65	0.301	35120	0.939	0.35	1
2.65-2.97	0.187	31806	0.978	0.217	1
2.97-3.42	0.114	28034	0.99	0.133	1
3.42-4.19	0.066	23519	0.995	0.078	1
4.19-5.9	0.048	18388	0.997	0.057	1
5.9-48.07	0.038	10402	0.999	0.044	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.98→35.94 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2027	999	0.37 %
R_work	0.1677	-	-
obs	0.1678	269347	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→35.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28438	0	678	2720	31836

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	29823
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.674	40436
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.879	11015
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	4510
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	5353

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.98-2.08	0.3339	142	0.2977	38085	X-RAY DIFFRACTION	99
2.08-2.22	0.2852	143	0.2437	38268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.39	0.1973	143	0.2051	38344	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.63	0.2243	143	0.1775	38396	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-3.01	0.2095	143	0.1626	38417	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.79	0.1917	143	0.1431	38412	X-RAY DIFFRACTION	99
3.79-35.94	0.1678	142	0.1393	38426	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2529	-0.2748	-0.4083	1.4474	2.176	3.7136	0.1033	0.3326	0.1354	-0.1749	-0.0755	0.0748	-0.275	-0.2233	-0.0393	0.2468	0.0264	0.0087	0.3071	0.0948	0.309	-35.3442	51.6517	7.6106
2	1.4101	0.3495	-0.7136	1.0621	-0.1968	1.3064	0.0054	0.1596	0.2464	-0.1182	-0.0191	0.0072	-0.1861	0.1485	0.0288	0.2226	0.0019	0.0207	0.2978	0.0695	0.3024	-20.2911	56.119	14.2931
3	0.9277	0.0408	-0.0079	0.6938	-0.0478	0.7924	-0.0158	0.2864	0.1012	-0.1884	0.0267	-0.0251	0.0384	-0.0563	-0.0017	0.2266	0.0036	0.0101	0.3469	0.0412	0.2379	-27.6824	46.91	7.9158
4	1.9339	0.4047	0.3071	0.9338	0.0866	1.8481	0.0022	0.3865	-0.0237	-0.1924	0.0076	-0.0148	0.1042	-0.0313	-0.0074	0.2627	0.0202	0.0323	0.3938	-0.0006	0.2439	-17.3228	40.4052	1.8313
5	1.5505	0.2863	-0.0684	0.6994	-0.1273	0.8174	-0.0798	0.0963	-0.0387	-0.0198	-0.0069	-0.1006	0.1437	0.1878	0.087	0.2387	0.0368	0.0166	0.2225	0.0149	0.2342	-16.397	39.4971	17.9168
6	1.1086	0.0478	0.4376	0.6327	-0.015	1.0744	-0.0179	0.0929	-0.1625	0.0354	-0.0118	0.0128	0.3014	0.0417	0.0273	0.3204	0.0187	0.0421	0.1933	-0.0254	0.2344	-28.9011	21.9689	26.716
7	2.3896	0.7863	0.1279	2.8517	-0.4642	1.002	0.0278	0.3071	-0.2589	0.0013	-0.034	0.2191	0.3237	-0.077	-0.0051	0.3121	-0.0237	0.0344	0.2615	-0.049	0.2782	-37.644	23.0824	16.7955
8	0.0348	-0.1249	-0.1932	1.0654	0.3351	1.5592	-0.0603	-0.0016	0.0934	-0.0645	0.0378	-0.2231	-0.0177	0.4311	0.0167	0.2351	-0.0224	0.0154	0.3565	0.0576	0.2897	-8.5038	50.0964	16.0618
9	0.9082	-0.2691	0.0514	1.1447	-0.1017	1.3821	0.0262	-0.0263	0.2491	0.0331	-0.0074	-0.1047	-0.0293	0.2038	-0.0263	0.1956	-0.0081	-0.0003	0.2408	0.013	0.2955	-13.1217	55.1864	37.9053
10	6.1124	0.572	0.585	4.0374	-0.0443	4.9469	0.6699	0.1855	0.4739	-0.8812	-1.0364	-0.3482	0.8998	0.8678	0.3458	0.2571	0.0024	-0.0656	0.34	0.0377	0.2527	-27.158	42.478	18.5677
11	1.3914	0.3569	-0.5537	1.0173	0.238	1.3271	-0.0657	0.2922	0	-0.1331	-0.036	0.3215	0.1627	-0.4617	0.0895	0.2192	-0.0758	-0.0045	0.3854	-0.0507	0.324	-64.2937	29.728	20.4086
12	2.6289	-0.1711	-0.0913	2.8612	-0.8402	2.2164	0.0305	0.2818	0.014	-0.0857	-0.157	0.6668	0.0036	-0.6292	0.103	0.2438	-0.0406	0.0433	0.4928	-0.1134	0.5452	-75.3664	36.4685	30.596
13	1.74	0.7563	-0.2302	0.5811	-0.2197	1.0065	0.0307	-0.1164	0.0506	0.1436	-0.091	0.1931	0.1444	-0.1738	0.0421	0.261	-0.0368	0.0672	0.2426	-0.0367	0.3568	-59.6411	37.8465	37.4122
14	0.5202	-0.0048	-0.3435	0.5196	0.1205	1.5139	0.0236	0.0462	0.1716	0.0069	-0.0186	0.1086	-0.1009	-0.1686	-0.0044	0.2089	0.0168	0.0302	0.249	0.0105	0.3662	-47.7088	53.7544	34.1481
15	2.783	-0.7388	-0.6552	0.6194	0.1442	0.6209	-0.3137	0.0681	-0.6686	0.1203	0.0012	0.465	0.2582	-0.4321	0.303	0.3386	-0.1206	0.0914	0.4068	-0.07	0.4708	-71.6735	25.3523	37.0602
16	1.3687	0.0472	0.2753	0.6319	0.0532	0.9013	-0.0128	-0.2434	-0.2013	0.1433	-0.0366	0.1555	0.2993	-0.2764	0.0326	0.4143	-0.101	0.095	0.3369	-0.0038	0.3855	-56.3762	19.7366	49.5085
17	5.0756	2.5363	-1.5666	3.9753	2.267	3.9184	0.0581	0.0176	0.7335	0.5234	-0.7428	0.2931	0.4631	-0.396	0.703	0.4399	-0.1221	0.0762	0.3102	0.0258	0.3294	-55.7118	34.5132	28.8071
18	1.2401	0.1418	0.3969	2.0146	-1.141	1.3167	0.1685	-0.7264	0.1887	0.2775	0.0511	0.0615	-0.1332	-0.1881	-0.2192	0.3901	-0.0261	0.0616	0.6537	-0.1268	0.3019	-34.368	42.7023	81.7401
19	1.5293	0.1899	-1.1356	0.9724	0.0386	1.7059	0.1829	-0.3835	0.3017	0.218	-0.1447	0.1921	-0.0655	-0.0653	-0.051	0.3413	-0.058	0.0795	0.5417	-0.1348	0.3552	-50.134	46.115	75.9285
20	1.2345	0.2424	0.0329	0.5334	0.0617	1.0938	0.0127	-0.6453	0.0475	0.2378	-0.0575	-0.0042	0.1956	0.0351	0.0516	0.366	-0.0325	0.053	0.5635	-0.0229	0.2495	-41.1698	37.0338	80.1499
21	0.655	-0.0551	0.6322	0.9339	-0.2061	1.4185	0.1589	-0.7105	-0.0968	0.0932	-0.1364	0.0959	0.2835	-0.0473	-0.0004	0.4657	-0.0703	0.0879	0.6557	0.0145	0.289	-53.7503	27.3901	80.5448
22	2.2221	-0.0996	-0.352	0.187	0.0665	0.8265	-0.0766	-0.0049	0.1188	0.084	0.0315	0.0672	0.1696	-0.1778	0.0581	0.3482	-0.0372	0.0746	0.2961	-0.0214	0.2697	-45.1424	32.9971	62.9043
23	1.2137	-0.1691	0.5504	0.6384	0.1795	0.9693	0.0254	-0.2016	-0.2364	0.2496	-0.0129	0.0483	0.4074	-0.0962	-0.0191	0.4632	-0.0247	0.0587	0.2543	0.0406	0.2778	-35.974	17.8355	56.0711
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精密化 TLSグループ

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41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'I' and (resid 9 through 34 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'I' and (resid 35 through 63 )
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44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'I' and (resid 113 through 150 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'I' and (resid 151 through 178 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'I' and (resid 179 through 215 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'I' and (resid 216 through 279 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'I' and (resid 280 through 350 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'I' and (resid 351 through 383 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'I' and (resid 384 through 424 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'I' and (resid 425 through 469 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'I' and (resid 502 through 502 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'J' and (resid 9 through 134 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'J' and (resid 135 through 165 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'J' and (resid 166 through 215 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'J' and (resid 216 through 383 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'J' and (resid 384 through 469 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'J' and (resid 502 through 502 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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