PDB-8cfv: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cfv

タイトル

Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. aeruginosa in complex with F2X-Entry library fragment H04

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / Fragment screening / protein-ligand complex / drug discovery / SAM-DEPENDENT METHYLATION REACTIONS / SAHase / AHCY

機能・相同性

機能・相同性情報

L-homocysteine biosynthetic process / adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Malecki, P.H. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. aeruginosa in complex with fragment F2X-Entry H04
著者: Malecki, P.H. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K.

履歴

登録	2023年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cfv.cif.gz	755.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cfv.ent.gz	625.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cfv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8cfv_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cfv_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8cfv_validation.xml.gz	79.4 KB	表示
CIF形式データ	8cfv_validation.cif.gz	116.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cfv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cfv	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

212 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.019, 132.869, 98.904
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.20, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase 分子量: 51735.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus RILP / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase

#1: タンパク質

Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase

分子量: 51735.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus RILP / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 8種, 1475分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン分子量: 135.127 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 化合物	ChemComp-3S9 / benzyl (cyanomethyl)carbamate / (シアノメチル)カルバミン酸ベンジル分子量: 190.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₀N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.65 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 50 mM KH2PO4, 20% (w/v) PEG8000, 20% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月27日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.88→48.5 Å / Num. obs: 151098 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.58 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.124 / R_rim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 9.19

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.88-1.99	1.416	23580	0.54	1.595	1
1.99-2.13	0.851	22938	0.721	0.96	1
2.13-2.3	0.491	21422	0.859	0.559	1
2.3-2.52	0.306	19770	0.941	0.348	1
2.52-2.81	0.202	17926	0.977	0.227	1
2.81-3.24	0.12	15838	0.991	0.136	1
3.24-3.97	0.064	13408	0.996	0.073	1
3.97-5.6	0.04	10404	0.998	0.045	1
5.6-48.5	0.033	5812	0.999	0.037	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.88→48.5 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2016	1056	0.7 %
R_work	0.1595	-	-
obs	0.1598	151042	98.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→48.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14228	0	342	1441	16011

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	14996
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.768	20347
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.764	5575
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	2267
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2692

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.88-1.96	0.2905	126	0.2705	17841	X-RAY DIFFRACTION	95
1.96-2.06	0.2864	132	0.2372	18790	X-RAY DIFFRACTION	99
2.07-2.19	0.25	132	0.2	18759	X-RAY DIFFRACTION	99
2.19-2.36	0.2127	133	0.1803	18854	X-RAY DIFFRACTION	99
2.36-2.6	0.2152	133	0.1639	18842	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6-2.98	0.2095	134	0.1513	18920	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.75	0.1685	133	0.1369	18946	X-RAY DIFFRACTION	100
3.75-48.5	0.1767	133	0.1371	19034	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7887	-0.1	-0.5914	0.9566	1.0423	1.2818	0.0442	-0.003	0.2306	-0.1409	0.0115	-0.059	-0.2243	-0.0531	-0.0948	0.4089	0.0111	-0.0495	0.1969	0.0097	0.3366	-4.1779	62.9275	-16.5934
2	1.6444	-0.0783	-0.2699	0.7642	0.4511	1.6188	0.0145	-0.0045	0.1975	-0.1669	-0.0266	0.0544	-0.1248	-0.0696	0.012	0.317	0.0242	-0.0466	0.1895	-0.027	0.284	-12.7854	61.0617	-17.4949
3	2.5072	-1.5477	0.8301	4.2075	-2.4991	6.7842	-0.0815	-0.214	0.2208	0.0749	0.141	0.6727	-0.3188	-0.7875	-0.0925	0.3032	0.0533	-0.0346	0.3619	-0.0798	0.422	-25.3998	63.032	-13.6645
4	5.1123	-0.3578	-1.1718	3.2296	0.2972	4.1699	0.0514	0.0124	0.1359	-0.0256	-0.1278	0.5214	0.069	-0.7419	0.0701	0.3322	0.0273	-0.088	0.3575	-0.0755	0.3158	-26.559	58.259	-24.2762
5	1.1647	-0.7624	0.8298	1.0115	-0.5677	1.5866	-0.0229	0.0552	-0.0454	-0.2061	-0.0163	0.262	-0.1044	-0.2157	0.0487	0.2854	-0.0043	-0.0464	0.2245	-0.0288	0.2724	-15.6074	44.7548	-25.3405
6	0.9248	0.2514	0.5207	1.0107	0.5713	2.1308	0.0294	-0.1486	-0.0206	0.0491	-0.0505	0.1899	-0.0167	-0.2778	0.0237	0.1739	0.0109	-0.0029	0.2173	0.0004	0.2374	-15.5668	28.8402	-14.0097
7	2.0963	0.9325	-0.3407	4.0728	-1.8035	3.6753	0.0332	-0.3654	-0.0391	0.3874	-0.0941	0.1251	-0.143	-0.4055	0.0068	0.1889	0.0079	-0.0055	0.2677	-0.0279	0.1935	-14.632	35.58	-2.6884
8	1.4907	0.3361	-1.268	2.6882	0.7596	1.7243	0.1243	0.6404	0.1317	-0.6418	-0.1847	0.4412	-0.1596	-0.5244	0.0185	0.4628	0.0614	-0.0944	0.3728	-0.0012	0.2762	-18.5656	58.5976	-34.7644
9	1.5713	0.0929	-0.2113	1.5119	0.3483	1.066	0.1275	0.2723	0.1742	-0.3838	-0.1229	-0.0498	-0.3088	0.0034	0.0036	0.4386	0.0261	-0.005	0.2448	0.0554	0.242	-1.3465	47.1567	-44.5175
10	4.387	-3.6593	1.1794	5.0611	1.0776	2.4326	-1.1041	0.5378	0.5636	-0.1021	0.5494	1.5521	-0.3334	0.5308	0.5446	0.4138	0.0229	-0	0.1663	0.0259	0.3359	-9.6315	49.5244	-19.0801
11	1.0793	-0.3758	0.5346	0.8589	-0.0789	1.2263	-0.1396	-0.2083	0.1234	0.1984	0.1179	-0.0887	-0.0709	0.0079	0.0219	0.2188	0.0249	-0.0254	0.2263	-0.0259	0.1783	12.8602	34.3096	9.703
12	1.0406	-0.6091	-0.0954	1.2706	0.4258	0.6616	-0.0083	0.0305	0.2414	-0.1151	0.0725	-0.2693	-0.1969	0.1489	-0.0671	0.245	-0.0691	0.0211	0.2309	-0.0006	0.2672	19.191	43.9008	-16.7712
13	2.3544	0.3361	-0.8363	3.6965	-1.7009	2.8142	0.0924	0.0409	0.4765	0.2083	0.0289	-0.2973	-0.6337	0.0438	-0.0823	0.2868	-0.0246	0.0106	0.2025	-0.0252	0.2791	12.7345	53.3977	-10.2241
14	1.0563	0.6608	0.5113	0.4585	0.6044	2.1071	-0.0209	-0.0921	-0.2332	0.2406	0.1225	-0.1568	0.2466	0.217	-0.1131	0.2801	0.0605	-0.0363	0.2136	-0.0186	0.1999	20.1396	20.8697	11.326
15	2.3585	0.007	0.2324	1.7771	-0.0924	1.7332	0.076	-0.2227	-0.2538	0.0818	0.0041	-0.0218	0.2468	0.0421	-0.0781	0.2237	-0.0092	-0.0185	0.2062	0.0376	0.2198	10.9585	8.2974	-5.4272
16	6.9217	-3.9862	3.4301	2.5292	-3.0194	6.3653	-0.3834	-0.4667	-0.4435	-0.1579	-0.0674	0.0559	-0.3843	0.4486	0.4472	0.3837	-0.075	-0.0533	0.2715	0.0403	0.2689	9.3991	34.4735	0.6661
17	2.0543	0.0085	0.2268	1.1235	-0.3266	2.5252	0.0989	0.1438	-0.3766	-0.1357	0.0483	-0.2087	0.4898	0.1769	-0.1401	0.324	0.0551	-0.0044	0.3311	-0.1134	0.3742	31.3726	2.8522	-35.9584
18	1.9745	-0.2768	0.7986	0.8415	0.1975	2.0131	0.1731	-0.2384	-0.4322	0.1679	0.0351	-0.1074	0.3195	0.135	-0.157	0.3025	0.0001	-0.0124	0.2859	0.0049	0.3485	25.3047	5.3714	-21.736
19	0.7142	0.1372	0.4172	0.6636	0.5968	2.3964	0.091	0.0131	-0.2249	0.0354	-0.0267	0.0336	0.3419	-0.0518	-0.0531	0.2273	0.0104	-0.031	0.1614	0.0008	0.272	2.1773	5.637	-22.147
20	3.107	0.8732	-0.5875	2.602	-0.4322	2.1929	-0.0361	0.2356	-0.5823	-0.2463	0.0795	0.0091	0.5298	-0.0676	-0.0537	0.321	0.0251	-0.0553	0.2008	-0.0444	0.2869	2.2231	-0.1854	-33.9941
21	1.0329	-0.7123	-0.3564	1.8153	1.274	1.9517	-0.0128	-0.0696	-0.0302	0.2274	0.2054	-0.4572	0.2131	0.4318	-0.1493	0.1911	0.0064	-0.0319	0.3462	-0.047	0.3307	34.9028	19.1583	-17.8718
22	2	2	-3.1443	9.3038	-3.0931	2	0.0314	-1.0347	0.3638	-0.8003	0.2391	0.0205	1.1644	1.5096	-0.2635	0.3192	-0.0395	0.1173	0.5001	-0.3138	0.6433	21.9156	9.5042	-31.4182
23	1.3863	-0.4641	-1.4776	1.3804	-0.863	4.0572	0.0675	0.2771	-0.2865	-0.3155	-0.1136	0.0006	0.3647	-0.0451	0.0612	0.3519	0.05	-0.1073	0.2806	-0.0963	0.3351	-3.6172	3.5364	-53.146
24	1.8501	0.1607	0.4598	1.0674	-0.6361	2.5163	0.0353	-0	-0.1539	-0.144	0.0059	0.2068	0.1823	-0.1897	-0.0458	0.2852	0.048	-0.0726	0.2721	-0.0781	0.3114	-17.2189	13.2868	-50.8874
25	0.5515	-0.4265	-0.0691	0.8835	0.0417	0.7501	0.1178	0.1817	-0.1897	-0.1689	-0.0604	-0.0177	0.1709	0.0646	-0.0527	0.3214	0.0781	-0.0706	0.3001	-0.0844	0.2455	-5.3705	11.7287	-56.4157
26	2.8922	-0.9897	0.397	1.5499	0.2794	2.3323	0.195	0.471	-0.058	-0.3893	-0.1845	-0.1614	-0.0418	0.2666	-0.0032	0.4021	0.0865	-0.0343	0.3927	-0.0521	0.2215	-7.4019	20.158	-66.9874
27	1.4635	-0.6759	0.7219	0.7299	-0.1739	0.7998	-0.0011	0.1688	0.1095	-0.1876	-0.0627	0.0561	-0.1165	-0.021	0.0608	0.3003	0.0232	-0.0384	0.2784	-0.0201	0.2254	-8.0143	27.7937	-52.4159
28	1.6056	-0.6539	0.4744	1.2172	0.5244	0.8647	0.0122	0.1374	0.1363	-0.1734	0.0082	-0.1105	-0.2073	0.167	-0.0081	0.2632	-0.0196	0.0339	0.2034	0.0136	0.1596	8.3375	37.0312	-38.0623
29	2.0292	-0.2288	1.5359	1.5307	0.3601	1.3754	-0.0272	0.2805	0.186	-0.1987	-0.0323	-0.1616	-0.2381	0.2782	0.0559	0.3472	-0.0256	0.074	0.3538	0.0268	0.2529	14.8141	38.3597	-46.2391
30	1.7878	-0.3898	-0.3411	1.6246	0.3132	1.1094	0.1119	0.4837	0.091	-0.548	-0.0715	-0.182	-0.1973	0.1425	-0.0345	0.3864	-0.0028	0.0927	0.4138	0.0203	0.2294	17.5255	28.822	-52.7427
31	2.5183	0.406	0.121	2.0681	-0.1611	2.0105	0.107	0.5092	-0.0175	-0.5403	-0.0518	-0.4455	-0.1457	0.4194	-0.0307	0.3253	0.0471	0.0956	0.3541	-0.0205	0.2489	18.3515	23.9543	-50.768
32	0.7083	0.0927	0.6896	0.4254	-0.2238	2.673	-0.1174	0.0579	0.0168	-0.0671	0.0543	0.1876	-0.3497	-0.2387	0.0672	0.2867	0.0762	-0.0592	0.2968	-0.0729	0.2557	-21.1319	25.5179	-54.2617
33	1.6682	0.3318	0.0561	1.4405	-0.0933	1.3836	0.0177	0.0158	0.0563	-0.0796	-0.0639	0.2538	-0.1131	-0.2675	0.0557	0.2366	0.0289	-0.059	0.2761	-0.0442	0.2486	-22.5348	27.8696	-31.806
34	3.3812	2.3967	1.2418	5.2761	-2.5132	3.6754	-0.3631	-0.2192	0.1222	-0.7806	0.4079	0.8284	-0.0849	0.5674	-0.0599	0.3462	0.1119	-0.0656	0.3816	-0.0808	0.3003	-2.9681	19.1838	-47.9286

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 45 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 46 through 112 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 113 through 134 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 135 through 165 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 166 through 215 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 216 through 350 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 351 through 383 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 384 through 424 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 425 through 469 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 502 through 502 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 9 through 215 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 216 through 350 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 351 through 383 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 384 through 424 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 425 through 469 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 503 through 503 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 10 through 150 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 151 through 215 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 216 through 350 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 351 through 383 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 384 through 469 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 502 through 502 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 8 through 34 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 35 through 63 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 64 through 112 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 113 through 150 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 151 through 215 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 216 through 279 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 280 through 305 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 306 through 350 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 351 through 383 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 384 through 424 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 425 through 469 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 502 through 502 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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