PDB-8cfu: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cfu

タイトル

Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. aeruginosa in complex with F2X-Entry library fragment H02

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / Fragment screening / protein-ligand complex / drug discovery / SAM-DEPENDENT METHYLATION REACTIONS / SAHase / AHCY

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Malecki, P.H. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. aeruginosa in complex with fragment F2X-Entry H02
著者: Malecki, P.H. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K.

履歴

登録	2023年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cfu.cif.gz	796.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cfu.ent.gz	662.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cfu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8cfu_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cfu_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	8cfu_validation.xml.gz	81.4 KB	表示
CIF形式データ	8cfu_validation.cif.gz	122.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cfu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cfu	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

212 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.550, 133.900, 97.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.21, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase 分子量: 51735.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus RILP / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase

#1: タンパク質

Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase

分子量: 51735.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus RILP / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 8種, 1692分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン分子量: 135.127 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅
#4: 化合物	ChemComp-RDV / 3-cyclopentyl-1-(piperazin-1-yl)propan-1-one 分子量: 210.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₂N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1659 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.62 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 50 mM KH2PO4, 20% (w/v) PEG8000, 20% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月27日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→46.68 Å / Num. obs: 295826 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4.63 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.101 / R_rim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 9.27

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.5-1.59	1.581	46428	0.362	1.788	1
1.59-1.7	1.016	44336	0.557	1.154	1
1.7-1.83	0.631	41773	0.79	0.71	1
1.83-2.01	0.339	38592	0.929	0.381	1
2.01-2.25	0.181	35105	0.974	0.206	1
2.25-2.59	0.107	31132	0.99	0.121	1
2.59-3.17	0.065	26433	0.996	0.074	1
3.17-4.48	0.036	20600	0.998	0.041	1
4.48-46.68	0.029	11427	0.999	0.033	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→37.08 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1884	3106	1.05 %
R_work	0.1538	-	-
obs	0.1541	295783	96.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→37.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14257	0	347	1659	16263

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	15036
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.996	20399
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.989	5617
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	2274
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2698

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.3825	132	0.3325	12382	X-RAY DIFFRACTION	90
1.52-1.55	0.3007	138	0.3194	13064	X-RAY DIFFRACTION	96
1.55-1.57	0.3349	140	0.2995	13166	X-RAY DIFFRACTION	96
1.57-1.6	0.3147	139	0.2894	13116	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6-1.63	0.3257	138	0.2773	12990	X-RAY DIFFRACTION	95
1.63-1.67	0.3086	140	0.2574	13201	X-RAY DIFFRACTION	96
1.67-1.7	0.2783	140	0.2395	13159	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7-1.74	0.2546	141	0.2237	13278	X-RAY DIFFRACTION	97
1.74-1.79	0.237	141	0.2123	13263	X-RAY DIFFRACTION	97
1.79-1.83	0.2186	141	0.1901	13281	X-RAY DIFFRACTION	97
1.83-1.89	0.2399	141	0.1766	13344	X-RAY DIFFRACTION	97
1.89-1.95	0.183	141	0.1592	13316	X-RAY DIFFRACTION	97
1.95-2.02	0.2268	142	0.1489	13363	X-RAY DIFFRACTION	97
2.02-2.1	0.1599	143	0.1387	13449	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1-2.19	0.1905	142	0.1322	13341	X-RAY DIFFRACTION	98
2.19-2.31	0.1512	142	0.1312	13448	X-RAY DIFFRACTION	98
2.31-2.45	0.1812	143	0.1325	13488	X-RAY DIFFRACTION	98
2.45-2.64	0.1854	144	0.1336	13524	X-RAY DIFFRACTION	98
2.64-2.91	0.1576	144	0.1296	13558	X-RAY DIFFRACTION	99
2.91-3.33	0.1639	144	0.1246	13577	X-RAY DIFFRACTION	99
3.33-4.2	0.1429	145	0.1149	13636	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2-37.08	0.1618	145	0.1463	13733	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9927	-1.2829	-1.3735	1.7509	1.9136	2.5986	0.0867	0.0263	0.2211	-0.1221	-0.0408	-0.1347	-0.2691	-0.0404	-0.0469	0.1706	-0.0168	-0.0437	0.133	0.0171	0.2167	-4.0306	64.0789	-16.768
2	1.2652	-0.2568	0.4309	1.1098	-0.1036	2.0325	-0.0262	-0.0459	0.1246	-0.0116	0.0055	0.1271	-0.1385	-0.14	0.0073	0.1469	0.0291	-0.0299	0.1469	-0.0239	0.198	-17.7606	61.2864	-17.1592
3	5.3168	-0.6965	-0.2802	3.1014	-0.4598	4.0877	-0.0578	0.0497	-0.0196	-0.2594	0.0289	0.305	-0.0169	-0.3789	0.0164	0.1136	0.0031	-0.0691	0.2181	-0.0091	0.1532	-27.6582	54.5924	-27.3501
4	0.4134	-0.0188	0.2145	0.4667	0.0272	0.5421	0.0034	-0.0548	-0.026	0.0079	0.0113	0.112	0.0231	-0.1185	-0.0233	0.1179	-0.0028	-0.0036	0.1888	0.0051	0.1769	-14.8363	32.8766	-15.7324
5	2.3424	1.2881	-0.5956	3.8306	-1.9255	2.6023	0.0446	-0.2579	-0.0329	0.4137	0.0133	0.1897	-0.0761	-0.2694	-0.1015	0.1434	0.0168	0.0185	0.1926	-0.0192	0.126	-14.5349	36.3488	-2.226
6	2.433	-0.1928	-0.6186	2.1423	0.4064	0.5969	-0.0121	0.4633	0.1931	-0.4059	-0.0682	0.3144	-0.2049	-0.1509	0.0428	0.2249	0.0151	-0.0625	0.2179	0.0086	0.1921	-18.794	58.8346	-34.635
7	1.6334	0.1074	0.2943	1.4241	0.5742	2.9272	0.048	0.1761	0.1296	-0.274	-0.0735	0.022	-0.2006	0.0761	0.0175	0.1977	0.0222	-0.0062	0.1706	0.0554	0.1637	-1.8395	47.1661	-44.5147
8	6.631	-2.4371	3.69	7.1685	1.2997	3.1779	-0.8823	0.2803	0.4229	0.4236	0.6096	1.3236	-0.13	0.5394	0.3142	0.1487	0.0002	-0.0105	0.1793	0.0044	0.213	-9.7082	49.9621	-18.9059
9	1.1883	-0.0868	0.3095	1.3317	-0.258	0.8849	-0.1053	-0.1806	0.0715	0.2462	0.0978	0.0029	-0.0642	-0.0829	0.011	0.19	0.0422	-0.0194	0.219	-0.0163	0.1266	5.6246	35.1004	12.2034
10	1.3185	-1.0993	1.358	3.2184	-0.5536	3.6663	-0.2719	-0.1725	0.3428	0.3647	0.1253	-0.3395	-0.3721	0.1201	0.1177	0.2212	0.0238	-0.1037	0.2408	-0.0554	0.2426	20.8315	40.0345	15.7927
11	3.3346	0.8165	1.2711	2.6821	-0.3225	5.9218	-0.1455	-0.0635	0.1133	0.1701	0.0821	-0.4357	-0.0539	0.3131	0.0582	0.1703	0.0486	-0.0751	0.1541	-0.0189	0.2351	27.1271	30.8968	10.1359
12	0.5347	-0.2123	0.0782	0.5656	-0.0523	0.4518	-0.0135	0.0479	0.1492	0.0046	-0.0258	-0.1703	-0.0385	0.1246	0.0432	0.1199	-0.0189	-0.0176	0.2056	0.0205	0.1984	17.9873	41.0894	-14.2682
13	2.6591	1.3996	-1.1484	3.9645	-2.16	2.8532	0.0804	0.055	0.4174	0.2478	-0.0436	-0.1857	-0.4221	0.0959	0.0067	0.1588	-0.0095	-0.0183	0.1641	-0.0054	0.2313	12.9291	53.5789	-10.6313
14	2.8075	0.0106	1.9836	0.7112	0.1619	3.8076	0.0233	-0.0539	-0.1951	0.229	0.0786	-0.1316	0.2157	0.3083	-0.1053	0.1828	0.0297	-0.0354	0.1697	-0.0098	0.1521	20.1081	21.2032	11.3266
15	2.3337	-0.6482	0.1984	2.2229	-0.0256	1.8128	0.0605	-0.094	-0.2061	0.1011	0.0088	0.017	0.2469	0.0779	-0.0682	0.1669	0.0049	-0.0272	0.1675	0.0329	0.126	10.3429	8.6227	-5.0316
16	2.6325	1.0964	-1.7348	4.7051	-5.6779	6.9233	-0.3013	-0.6807	-0.5174	-0.424	0.2206	0.5163	-1.4646	0.2838	0.0586	0.2502	0.0161	-0.0263	0.2	0.0067	0.1717	9.5589	34.9181	0.6542
17	1.5087	0.2153	-0.1327	1.9752	-0.5429	0.964	0.063	0.221	-0.0825	-0.2455	-0.0626	-0.2556	0.1837	0.2755	-0.0193	0.2453	0.0986	0.0158	0.3545	-0.0291	0.2162	29.887	6.0047	-38.5022
18	3.8139	-0.1086	1.7383	3.5714	1.0193	2.404	0.2059	0.2871	-0.461	-0.1043	-0.0151	-0.1776	0.4157	0.2722	-0.1208	0.3483	0.1239	-0.0385	0.2924	-0.0263	0.2836	29.989	-7.9721	-29.5175
19	4.7953	-0.8261	-0.3263	6.1503	-0.4109	3.3771	0.1504	-0.2459	-0.2548	0.2359	-0.0511	-0.2041	0.3842	0.2207	-0.0519	0.2653	0.0518	-0.0795	0.2511	-0.001	0.1804	30.6747	-2.7909	-18.0402
20	1.776	-0.4691	0.8773	0.5296	-0.1098	1.2717	0.0557	-0.0074	-0.092	0.0139	-0.0206	-0.1018	0.132	0.1911	-0.0307	0.1747	0.0362	0.0023	0.1931	0.0177	0.1556	18.9598	11.4143	-24.3413
21	0.525	0.0266	0.3419	0.7152	0.2119	1.6965	0.0861	0.0117	-0.1412	-0.0651	-0.0197	0.0734	0.2477	-0.073	-0.0639	0.1882	0.0032	-0.0383	0.1702	0.0087	0.194	1.1811	5.911	-21.5609
22	3.8017	1.6896	-0.9021	3.2176	-0.4528	1.9356	-0.0093	0.2825	-0.405	-0.1013	0.0479	0.0626	0.3884	-0.1764	-0.057	0.2735	0.004	-0.0507	0.1795	-0.0238	0.1763	0.7372	-0.0367	-33.3355
23	1.9249	-0.3017	-0.9155	3.6034	0.0276	0.771	-0.1203	-0.228	-0.1018	0.4425	0.0245	-0.5935	0.0972	0.505	0.1296	0.2341	0.0817	-0.0309	0.386	-0.0004	0.274	37.4242	7.3413	-19.9572
24	1.2787	0.0036	0.6336	1.5077	0.0231	2.4897	-0.0439	0.1254	0.0748	0.0135	0.0262	-0.3192	-0.007	0.3591	0.008	0.1228	0.0146	-0.0096	0.2921	0.0309	0.2479	31.2876	29.0634	-16.413
25	1.9902	2.0001	1.9989	2.0139	2.0105	2.0116	-0.6789	-0.4917	-0.3382	-0.9662	-0.1348	-0.2188	1.889	1.9818	0.8663	0.2859	0.0557	0.0266	0.3043	-0.0096	0.2312	20.6732	9.1723	-31.1614
26	1.2403	-0.0693	0.1613	0.9429	-0.3305	1.1237	0.148	0.1457	-0.1883	-0.2018	-0.0743	0.105	0.2357	0.0236	-0.0573	0.2983	0.053	-0.1011	0.2282	-0.0509	0.203	-9.8619	10.0404	-53.2545
27	2.5243	-0.5039	0.6129	1.8137	0.6982	2.5024	0.1734	0.2925	0.0004	-0.3796	-0.1365	-0.0063	-0.0379	0.1595	-0.0263	0.3065	0.0682	-0.0566	0.285	0.0045	0.1554	-11.068	24.2414	-64.319
28	0.5091	-0.072	0.2351	0.5901	-0.1053	0.5722	0.0444	0.0824	0.038	-0.0984	-0.0592	-0.0177	0.0052	0.0642	0.0119	0.1583	0.0116	0.0021	0.2067	0.015	0.131	2.8891	32.7459	-40.5542
29	0.9519	-0.4486	-0.0915	1.9757	0.0684	0.7325	0.1215	0.1802	0.055	-0.2635	-0.1082	-0.2388	-0.0088	0.1593	-0.016	0.2236	0.032	0.042	0.3234	0.051	0.1694	15.6785	31.4284	-50.6982
30	2.7721	1.1277	-0.6153	2.428	-0.2907	1.9437	0.0332	0.3	-0.135	-0.2957	-0.016	-0.4096	0.0378	0.3075	-0.0286	0.2306	0.0796	0.0374	0.2946	0.0006	0.1822	17.2278	23.3042	-50.7186
31	0.2332	-0.0345	0.2813	0.4538	0.1896	1.4956	0.0388	0.0663	-0.042	-0.1583	-0.0793	0.1725	-0.0371	-0.2128	0.0276	0.1642	0.0021	-0.067	0.2155	-0.0104	0.202	-22.7637	27.1662	-41.817
32	1.9979	2.0019	1.995	2.0058	1.9989	1.9921	-0.1071	-0.0198	0.526	-2.4431	-0.3837	1.849	0.494	0.6058	0.4818	0.2536	0.0072	-0.0585	0.2605	0.0157	0.2035	-4.1223	19.1538	-47.451

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 45 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 46 through 150 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 151 through 178 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 179 through 350 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 351 through 383 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 384 through 424 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 425 through 469 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 502 through 502 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 9 through 112 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 113 through 150 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 151 through 178 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 179 through 350 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 351 through 383 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 384 through 424 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 425 through 469 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 503 through 503 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 8 through 112 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 113 through 150 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 151 through 178 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 179 through 215 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 216 through 350 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 351 through 383 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 384 through 424 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 425 through 469 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 502 through 502 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 8 through 112 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 113 through 178 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 179 through 279 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 280 through 350 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 351 through 383 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 384 through 469 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 502 through 502 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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