PDB-8cft: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cft

タイトル

Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. aeruginosa in complex with F2X-Entry library fragment G12

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / Fragment screening / protein-ligand complex / drug discovery / SAM-DEPENDENT METHYLATION REACTIONS / SAHase / AHCY

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Malecki, P.H. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. aeruginosa in complex with fragment F2X-Entry G12
著者: Malecki, P.H. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K.

履歴

登録	2023年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cft.cif.gz	754.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cft.ent.gz	622.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cft.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8cft_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cft_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	8cft_validation.xml.gz	83.5 KB	表示
CIF形式データ	8cft_validation.cif.gz	126.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cft ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cft	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

213 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	175.030, 104.140, 107.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.59, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase 分子量: 51735.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus RILP / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase

#1: タンパク質

Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase

分子量: 51735.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus RILP / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 7種, 1834分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン分子量: 135.127 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅
#4: 化合物	ChemComp-SZ7 / ~{N}-[(~{E})-thiophen-2-ylmethylideneamino]cyclopropanecarboxamide 分子量: 194.253 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₀N₂OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1801 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.08 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 50 mM KH2PO4, 20% (w/v) PEG8000, 20% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月27日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.72→47.43 Å / Num. obs: 200469 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.58 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.13 / R_rim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 9.34

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.72-1.82	1.616	31923	0.396	1.823	1
1.82-1.95	0.978	30437	0.624	1.102	1
1.95-2.1	0.57	28353	0.82	0.645	1
2.1-2.3	0.328	26178	0.913	0.374	1
2.3-2.57	0.205	23617	0.966	0.232	1
2.57-2.97	0.123	20899	0.989	0.139	1
2.97-3.63	0.065	17672	0.997	0.074	1
3.63-5.13	0.035	13719	0.998	0.04	1
5.13-47.43	0.029	7671	0.999	0.033	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.72→29.32 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1865	2104	1.05 %
R_work	0.1564	-	-
obs	0.1567	200404	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72→29.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14218	0	346	1801	16365

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	15014
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.998	20380
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.94	5593
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	2271
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2702

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.72-1.76	0.3414	134	0.3255	12698	X-RAY DIFFRACTION	96
1.76-1.8	0.3542	140	0.3066	13185	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.85	0.2874	141	0.2824	13232	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.9	0.2917	140	0.2599	13195	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.97	0.2809	141	0.226	13263	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.04	0.2496	140	0.2038	13231	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.12	0.2283	140	0.1848	13220	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.21	0.194	141	0.1691	13276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.33	0.2002	140	0.1516	13191	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.48	0.1767	141	0.1485	13254	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.67	0.186	141	0.1459	13286	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.94	0.1964	141	0.1413	13243	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.36	0.1677	141	0.1355	13303	X-RAY DIFFRACTION	100
3.36-4.23	0.1449	141	0.1161	13290	X-RAY DIFFRACTION	100
4.23-29.32	0.1404	142	0.1361	13433	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.462	-2.4045	-0.5685	1.5117	-0.2794	3.7485	0.1203	0.5125	-0.3003	-0.1885	-0.1616	0.2779	0.0959	-0.3823	0.0256	0.2344	-0.0553	-0.039	0.226	-0.0428	0.2371	3.5514	-1.2062	19.1696
2	0.9056	0.1771	-0.307	0.5747	-0.1269	1.1585	0.0099	0.0352	-0.0002	0.0136	0.0091	0.1211	-0.011	-0.1958	-0.0266	0.1923	-0.0003	-0.0167	0.2083	-0.0039	0.2278	4.6808	5.6975	34.9926
3	0.9892	-0.0133	0.3167	0.5814	0.2055	1.4488	0.0033	0.0493	0.2181	-0.0685	-0.0136	0.0763	-0.2063	-0.1329	0.0157	0.2173	0.0197	0.0042	0.1732	0.0211	0.2533	19.5565	28.0183	27.5241
4	1.5721	-0.1015	-0.0744	0.3288	0.0027	0.231	-0.0063	-0.1895	-0.0931	0.0294	0.0301	0.0699	0.0923	-0.0226	-0.0169	0.2338	-0.0062	-0.0021	0.1858	0.0162	0.2134	18.8485	-2.8774	46.5606
5	2	7.6318	-2.9953	2	5.9731	1.9999	0.1238	-1.1831	0.9241	-0.2869	-2.0797	1.1268	-0.2059	-0.7477	2.027	0.1828	0.0079	-0.0643	0.2481	-0.0362	0.319	12.959	7.7523	29.3393
6	1.098	-0.1417	-0.5059	1.9123	0.017	1.0904	0.0326	0.2792	0.1621	-0.3335	-0.0109	0.1101	-0.0547	-0.2077	-0.024	0.2991	0.0255	-0.0502	0.3031	0.0642	0.2072	21.1552	23.5147	-3.9719
7	3.8883	1.8843	-0.4324	3.0177	-0.9828	4.6372	-0.1121	0.4625	-0.0545	-0.5459	0.0712	0.1459	0.2622	-0.4458	0.0297	0.4299	0.0009	-0.0231	0.3647	-0.0113	0.1765	25.8696	13.1813	-15.8202
8	1.8098	0.2214	-0.7935	1.6978	0.0761	2.8177	-0.0027	0.2359	-0.0183	-0.4183	0.0003	-0.0795	0.0452	-0.0197	0.0163	0.3566	0.0174	0.0483	0.2275	0.0383	0.199	39.2168	15.4061	-9.1821
9	1.3154	-0.2093	-0.3301	0.5489	0.0661	0.5323	-0.0364	0.1262	-0.0959	-0.1296	-0.0198	0.0527	0.1192	-0.0597	0.0562	0.2841	-0.0033	-0.0019	0.1946	-0.0126	0.1781	31.3813	-1.7161	11.7026
10	0.4403	-0.0043	0.1974	0.1829	0.2052	1.7044	-0.0297	0.135	0.0639	-0.2544	0.0266	-0.0944	-0.2462	0.1698	0.0099	0.3682	-0.0221	0.0525	0.2461	0.064	0.3006	44.576	28.9964	-0.3869
11	2.0294	1.2984	-2.1708	3.7684	-3.9908	4.6261	2.0064	0.2639	0.6672	-0.4307	-1.9167	-0.4913	1.253	-0.1716	-0.0921	0.2906	-0.0224	-0.0199	0.3044	0.0553	0.2938	27.9629	16.5375	3.3024
12	0.6566	0.0128	-0.499	0.3162	-0.0341	1.2641	0.0119	-0.0742	0.0854	-0.0545	-0.0265	-0.1433	0.0185	0.4172	0.0184	0.189	0.014	0.0359	0.3462	0.0127	0.2804	73.2901	15.3351	20.523
13	0.8413	0.1285	0.364	0.6212	0.1426	1.6093	0.0482	-0.0133	0.1997	-0.0253	-0.0349	-0.0668	-0.2294	0.1476	-0.006	0.2426	-0.0299	0.0421	0.2059	0.0046	0.3023	51.207	32.318	27.9103
14	1.084	-1.1891	-0.8235	3.0313	1.2797	3.1355	0.0551	-0.1094	0.3	-0.003	0.0434	-0.1754	-0.457	0.3328	-0.1549	0.2224	-0.0739	0.0162	0.2901	-0.0438	0.3326	59.6297	31.7845	38.1498
15	1.8446	0.6446	-0.0597	0.3154	-0.3262	0.5933	-0.0538	0.2703	-0.0643	-0.1573	0.0531	-0.1445	0.1502	0.2043	0.0044	0.2851	0.0554	0.0645	0.2653	-0.0088	0.2388	61.0569	6.4446	5.4533
16	2.0001	-1.7986	0.3276	3.0704	-3.4289	4.1431	0.8351	1.3623	1.2334	1.2839	-2.427	-1.1859	0.3894	0.4293	1.624	0.2716	-0.0478	0.0126	0.2972	0.0337	0.4241	64.4744	15.1669	24.4915
17	0.7764	-0.1095	-0.3577	1.0206	-0.0153	1.0985	-0.0049	-0.1858	0.0508	0.2101	0.0314	-0.1793	-0.0214	0.2455	-0.0226	0.2079	-0.0069	-0.0536	0.2509	-0.0369	0.2133	49.1816	14.952	61.0389
18	1.6437	0.1526	0.0449	0.8279	0.1398	0.8277	-0.0197	-0.0657	-0.1313	0.0025	-0.0009	-0.1533	0.1701	0.164	0.0202	0.2369	0.0419	0.0033	0.2013	0.0147	0.1994	49.6503	-3.2789	39.6894
19	0.6817	-0.1526	0.3096	0.5798	-0.307	1.2046	-0.0121	-0.1788	0.0424	0.1459	0.0514	0.0606	-0.0584	-0.0574	-0.0377	0.2267	-0.0044	0.0158	0.2024	-0.0422	0.2115	29.1995	21.4879	56.7539
20	5.816	3.9887	-2.6369	5.0699	2.4441	8.9438	2.2881	0.9528	0.5541	1.8116	-0.7278	-0.4489	0.8898	-0.0138	-1.5955	0.2491	-0.0236	0.0033	0.3033	-0.0465	0.2866	48.4171	14.6293	51.3493

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 34 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 35 through 215 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 216 through 383 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 384 through 469 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 502 through 502 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 9 through 112 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 113 through 150 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 151 through 200 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 201 through 383 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 384 through 469 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 502 through 502 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 8 through 215 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 216 through 350 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 351 through 383 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 384 through 469 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 502 through 502 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 9 through 215 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 216 through 383 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 384 through 469 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 502 through 502 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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