PDB-8cfr: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cfr

タイトル

Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. aeruginosa in complex with F2X-Entry library fragment G03

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / Fragment screening / protein-ligand complex / drug discovery / SAM-DEPENDENT METHYLATION REACTIONS / SAHase / AHCY

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Malecki, P.H. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. aeruginosa in complex with fragment F2X-Entry G03
著者: Malecki, P.H. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K.

履歴

登録	2023年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cfr.cif.gz	750.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cfr.ent.gz	621.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cfr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8cfr_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cfr_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	8cfr_validation.xml.gz	77.9 KB	表示
CIF形式データ	8cfr_validation.cif.gz	112.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cfr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cfr	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

212 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.208, 101.490, 110.704
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.42, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase 分子量: 51735.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus RILP / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase

#1: タンパク質

Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase

分子量: 51735.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus RILP / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 7種, 1161分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン分子量: 135.127 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅
#4: 化合物	ChemComp-RD4 / 3-ethoxybenzene-1-carboximidamide 分子量: 164.204 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.44 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 50 mM KH2PO4, 20% (w/v) PEG8000, 20% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月27日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.89→47.77 Å / Num. obs: 144704 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.45 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.121 / R_rim(I) all: 0.138 / Net I/σ(I): 7.74

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.89-2.01	1.256	22935	0.696	1.419	1
2.01-2.15	0.76	22038	0.84	0.863	1
2.15-2.32	0.467	20513	0.933	0.533	1
2.32-2.54	0.292	18916	0.972	0.333	1
2.54-2.84	0.189	17114	0.986	0.213	1
2.84-3.28	0.12	15064	0.992	0.137	1
3.28-4.01	0.07	12625	0.995	0.081	1
4.01-5.65	0.05	9919	0.997	0.057	1
1.89-47.77	0.04	5580	0.998	0.045	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.89→37.03 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2247	1040	0.72 %
R_work	0.1862	-	-
obs	0.1865	144415	98.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→37.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14237	0	320	1133	15690

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	14941
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.999	20268
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.344	5528
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	2263
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2684

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.89-1.99	0.4424	145	0.37	20003	X-RAY DIFFRACTION	97
1.99-2.12	0.3178	150	0.2925	20578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.28	0.2859	149	0.2294	20495	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.51	0.2268	148	0.1931	20521	X-RAY DIFFRACTION	99
2.51-2.88	0.298	149	0.1881	20579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-3.62	0.2051	149	0.1653	20551	X-RAY DIFFRACTION	99
3.62-37.03	0.1622	150	0.1464	20648	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2515	2.1459	0.5172	2.47	1.7555	2.8961	-0.0423	0.1509	0.4015	0.0688	-0.0583	0.2429	-0.0484	-0.4619	0.1196	0.3063	0.0757	-0.0028	0.2744	0.0375	0.2792	1.2184	1.045	9.3377
2	2.3119	0.1243	-0.0423	0.5959	-0.1273	1.9882	-0.0701	0.4997	-0.0443	-0.0762	0.0247	0.0234	-0.0134	-0.2052	0.0418	0.2198	-0.0211	-0.0215	0.2814	0.0096	0.1769	11.4047	-6.125	-3.6102
3	1.0782	-0.3713	-0.4336	0.6004	0.0141	1.1515	-0.1194	-0.074	-0.4065	-0.0067	0.0388	0.0493	0.262	-0.0774	0.0061	0.336	-0.0341	0.0268	0.0991	0.025	0.4103	20.8801	-24.7242	16.3479
4	1.6423	-0.1593	0.3274	0.2547	0.2073	0.8051	-0.1044	0.6998	0.2935	-0.0833	0.0566	-0.0269	-0.2885	0.2643	0.0396	0.3512	-0.0786	-0.0194	0.293	0.1076	0.2564	29.6993	3.2503	-3.2337
5	2.0031	2.0025	1.9995	2.0025	1.9987	1.9998	0.455	0.2715	0.2487	0.0748	-0.7902	-0.422	0.2721	-0.13	0.3068	0.4023	-0.0422	-0.0228	0.1982	0.0277	0.225	15.3952	-7.0539	8.0708
6	1.8052	0.3558	0.2715	1.1145	-0.3909	2.7923	-0.1254	-0.8361	0.0858	0.1687	-0.0317	0.1916	-0.2003	-0.5322	0.1233	0.2924	0.0421	-0.011	0.5513	0.0311	0.3797	5.2041	-14.0825	45.4554
7	1.9947	-0.0139	0.0006	0.7962	-0.099	0.9461	-0.0619	-0.6524	0.0129	0.0887	0.0023	0.0246	-0.0997	-0.1632	0.0057	0.2405	0.0088	0.0134	0.3673	-0.0261	0.1891	19.9876	-2.8612	39.1205
8	8.372	7.0378	-1.3341	8.6673	2.9924	6.3636	0.678	-1.2551	0.1219	0.5526	-1.1388	0.0246	0.5959	0.3981	0.4552	0.3656	-0.0417	-0.0097	0.6468	0.1988	0.3263	11.6058	-12.1911	38.4139
9	2.0748	-1.7017	1.577	2.5793	-1.5562	2.0049	-0.035	-0.136	-0.0076	0.0757	-0.0857	-0.298	-0.1965	0.6708	0.1365	0.3207	-0.1173	-0.0131	0.8143	-0.0081	0.2923	66.9067	2.2245	42.8017
10	0.9142	0.118	0.1264	0.1695	0.1356	1.7479	0.0119	-0.4753	-0.0624	0.0982	-0.0192	-0.0521	0.0106	0.4124	-0.0019	0.2815	-0.0145	-0.0116	0.6825	0.0435	0.2666	56.4604	-6.2288	53.5087
11	0.9918	0.3207	-0.3683	0.7395	-0.2527	0.9383	-0.0508	-0.4889	-0.5413	-0.0582	-0.0267	-0.0831	0.3616	0.4101	0.0499	0.3635	0.0958	0.0195	0.4307	0.2223	0.4795	48.5339	-25.493	35.0366
12	0.242	0.1863	0.5485	0.1776	0.1184	1.2724	-0.045	-0.6391	0.0795	0.1078	-0.0463	0.0527	-0.1864	-0.1744	0.0935	0.3177	-0.0196	-0.0059	0.7247	-0.0862	0.2729	38.3439	2.5272	55.4085
13	3.8228	1.486	2.6578	3.1538	-1.5414	4.4207	1.0848	-1.2746	-0.8255	1.1723	-1.2347	-0.7518	-0.5068	-0.3247	0.0947	0.361	-0.0342	0.004	0.6412	-0.0512	0.2337	53.1403	-6.5246	43.7363
14	1.7168	-0.5481	-0.1837	0.9575	-0.4073	0.3353	-0.126	0.1593	-0.6176	-0.1527	-0.062	-0.3547	0.1431	0.8661	0.1671	0.344	0.122	0.0819	0.6797	0.0513	0.4116	67.5943	-21.0183	14.647
15	2.1203	-0.0476	-0.7855	0.9618	0.1321	2.4122	-0.1529	0.1141	-0.2625	-0.1567	0.0782	-0.2731	0.0594	0.8633	0.0639	0.269	0.0198	0.0575	0.6292	0.018	0.3284	69.1192	-12.5434	6.3089
16	2.8967	1.2323	-1.0841	2.2504	-0.5072	2.9495	-0.314	0.7631	0.0255	-0.2162	0.1489	-0.0561	-0.1104	0.3824	0.2019	0.3516	-0.0798	0.0083	0.6832	0.0413	0.3375	64.9993	-6.1743	-4.3355
17	1.061	0.0006	-0.186	0.5823	0.4387	1.5031	-0.144	0.2129	-0.0202	-0.2011	0.0767	0.057	-0.2446	0.1135	0.0625	0.2726	-0.0711	-0.0109	0.3643	0.0306	0.2283	51.4984	-5.8254	6.3334
18	1.8024	-0.2481	0.3341	0.4744	0.0122	1.1274	-0.1245	-0.0653	0.2999	-0.0327	0.0498	-0.0239	-0.3576	0.4395	0.0528	0.3592	-0.1396	-0.0184	0.278	0.0285	0.2649	49.5829	8.216	20.3595
19	3.1333	-0.3754	-0.7764	3.1401	0.7134	0.3164	-0.099	1.123	-0.4455	-0.8731	0.2975	0.0062	-0.0748	0.1667	-0.0522	0.4414	-0.0915	0.0408	0.6358	-0.1469	0.3105	56.1545	-15.573	-6.1744
20	1.6843	0.4041	0.1174	1.2161	-0.0232	1.38	-0.1206	0.3639	-0.4932	-0.1872	0.0404	-0.1849	0.3711	0.2331	0.08	0.3368	0.036	0.0581	0.2326	-0.0769	0.3587	36.9303	-24.0945	2.3081
21	1.9986	1.9993	1.9952	2.0005	1.998	2.0013	0.3242	1.2947	1.2489	-0.9234	-0.9696	-1.5157	0.8174	0.0263	0.6276	0.3706	-0.077	0.0387	0.6882	-0.0562	0.3303	57.1176	-10.3872	13.149

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 34 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 35 through 200 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 201 through 383 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 384 through 469 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 502 through 502 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 9 through 215 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 216 through 469 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 503 through 503 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 8 through 34 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 35 through 215 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 216 through 383 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 384 through 469 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 503 through 503 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 6 through 44 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 45 through 134 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 135 through 165 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 166 through 215 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 216 through 383 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 384 through 424 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 425 through 469 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 502 through 502 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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