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Yorodumi- PDB-8cfm: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8cfm | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. aeruginosa in complex with F2X-Entry library fragment E08 | ||||||
Components | Adenosylhomocysteinase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Fragment screening / protein-ligand complex / drug discovery / SAM-DEPENDENT METHYLATION REACTIONS / SAHase / AHCY | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationL-homocysteine biosynthetic process / adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.84 Å | ||||||
Authors | Malecki, P.H. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K. | ||||||
| Funding support | Poland, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To be publishedTitle: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. aeruginosa in complex with fragment F2X-Entry E08 Authors: Malecki, P.H. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8cfm.cif.gz | 757.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8cfm.ent.gz | 627.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8cfm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8cfm_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8cfm_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | |
| Data in XML | 8cfm_validation.xml.gz | 79.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 8cfm_validation.cif.gz | 117.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cfm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cfm | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
|
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 51735.031 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) / Strain: PAO1 / Gene: ahcY, sahH, PA0432 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 8 types, 1502 molecules 












| #2: Chemical | ChemComp-NAD / #3: Chemical | ChemComp-ADE / #4: Chemical | Mass: 143.144 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Formula: C5H9N3O2 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: Chemical | ChemComp-K / #6: Chemical | ChemComp-PO4 / #7: Chemical | ChemComp-GOL / #8: Chemical | ChemComp-DMS / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.52 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 50 mM KH2PO4, 20% (w/v) PEG8000, 20% (v/v) glycerol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Aug 27, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 1.84→36.37 Å / Num. obs: 158778 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 4.66 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 9.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.84→36.37 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.06 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.84→36.37 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Poland, 1items
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