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Yorodumi- PDB-8cfi: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8cfi | ||||||
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Title | Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. aeruginosa in complex with F2X-Entry library fragment D07 | ||||||
Components | Adenosylhomocysteinase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Fragment screening / protein-ligand complex / drug discovery / SAM-DEPENDENT METHYLATION REACTIONS / SAHase / AHCY | ||||||
Function / homology | Function and homology information adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.02 Å | ||||||
Authors | Malecki, P.H. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K. | ||||||
Funding support | Poland, 1items
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Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. aeruginosa in complex with fragment F2X-Entry D07 Authors: Malecki, P.H. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8cfi.cif.gz | 747.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8cfi.ent.gz | 621.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8cfi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8cfi_validation.pdf.gz | 2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8cfi_full_validation.pdf.gz | 2 MB | Display | |
Data in XML | 8cfi_validation.xml.gz | 76.5 KB | Display | |
Data in CIF | 8cfi_validation.cif.gz | 109.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cfi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cfi | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6f3pS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 51735.031 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) / Strain: PAO1 / Gene: ahcY, sahH, PA0432 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 CodonPlus RILP / References: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase |
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-Non-polymers , 7 types, 1169 molecules
#2: Chemical | ChemComp-NAD / #3: Chemical | ChemComp-ADE / #4: Chemical | ChemComp-SYJ / | #5: Chemical | ChemComp-K / #6: Chemical | ChemComp-PO4 / #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 50 mM KH2PO4, 20% (w/v) PEG8000, 20% (v/v) glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Aug 27, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.02→46.74 Å / Num. obs: 125371 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 4.52 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rrim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 9.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6F3P Resolution: 2.02→39.88 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.4 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.02→39.88 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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