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- PDB-8cff: Crystal structure of arsenite oxidase from Alcaligenes faecalis (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cff
タイトルCrystal structure of arsenite oxidase from Alcaligenes faecalis (Af Aio) bound to arsenite
要素(Arsenite oxidase subunit ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / arsenite oxidase / molybdenum cofactor / MGD / arsenic oxyanion / antimony oxyanion
機能・相同性
機能・相同性情報


arsenate reductase (azurin) / arsenate reductase (azurin) activity / oxidoreductase complex / molybdopterin cofactor binding / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / NADH dehydrogenase activity / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Arsenite oxidase subunit AioB/Iodate reductase subunit IdrB, small subunit / Arsenite oxidase subunit AioA/Iodate reductase subunit IdrA, large subunit / Arsenite oxidase subunit AioA/Iodate reductase subunit IdrA, 3Fe-4S cluster / Rieske 3Fe-4S / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] domain ...Arsenite oxidase subunit AioB/Iodate reductase subunit IdrB, small subunit / Arsenite oxidase subunit AioA/Iodate reductase subunit IdrA, large subunit / Arsenite oxidase subunit AioA/Iodate reductase subunit IdrA, 3Fe-4S cluster / Rieske 3Fe-4S / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / : / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
ARSENITE / FE3-S4 CLUSTER / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / ISOPROPYL ALCOHOL / Chem-MGD / MOLYBDENUM ATOM / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Arsenite oxidase subunit AioB / Arsenite oxidase subunit AioA
類似検索 - 構成要素
生物種Alcaligenes faecalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Engrola, F. / Correia, M.A.S. / Romao, M.J. / Santos-Silva, T.
資金援助 ポルトガル, 1件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia ポルトガル
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Arsenite oxidase in complex with antimonite and arsenite oxyanions: Insights into the catalytic mechanism.
著者: Engrola, F. / Correia, M.A.S. / Watson, C. / Romao, C.C. / Veiros, L.F. / Romao, M.J. / Santos-Silva, T. / Santini, J.M.
履歴
登録2023年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年8月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Arsenite oxidase subunit AioA
B: Arsenite oxidase subunit AioB
C: Arsenite oxidase subunit AioA
D: Arsenite oxidase subunit AioB
E: Arsenite oxidase subunit AioA
F: Arsenite oxidase subunit AioB
G: Arsenite oxidase subunit AioA
H: Arsenite oxidase subunit AioB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)437,55274
ポリマ－425,7328
非ポリマー11,82066
水66,3493683
1
A: Arsenite oxidase subunit AioA
B: Arsenite oxidase subunit AioB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,55420
ポリマ－106,4332
非ポリマー3,12118
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10200 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area31840 Å2
手法PISA
2
C: Arsenite oxidase subunit AioA
D: Arsenite oxidase subunit AioB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,37519
ポリマ－106,4332
非ポリマー2,94217
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9490 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area31960 Å2
手法PISA
3
E: Arsenite oxidase subunit AioA
F: Arsenite oxidase subunit AioB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,25117
ポリマ－106,4332
非ポリマー2,81815
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9430 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area31840 Å2
手法PISA
4
G: Arsenite oxidase subunit AioA
H: Arsenite oxidase subunit AioB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,37118
ポリマ－106,4332
非ポリマー2,93816
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9100 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area32100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.306, 108.982, 116.892
Angle α, β, γ (deg.)97.50, 90.21, 96.06
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
Arsenite oxidase subunit ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Arsenite oxidase subunit AioA / AOI / Arsenite oxidase Mo-pterin subunit


分子量: 92129.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcaligenes faecalis (バクテリア)
遺伝子: aioA, aoxB, asoA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SIF4, arsenate reductase (azurin)
#2: タンパク質
Arsenite oxidase subunit AioB / AOII / Arsenite oxidase Rieske subunit


分子量: 14303.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcaligenes faecalis (バクテリア)
遺伝子: aioB, aoxA, asoB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SIF3, arsenate reductase (azurin)

-
非ポリマー , 11種, 3749分子

#3: 化合物
ChemComp-MGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDOPTERIN GUANOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 740.557 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N10O13P2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MO / MOLYBDENUM ATOM / モリブデン


分子量: 95.940 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物
ChemComp-AST / ARSENITE / アルセナイト


分子量: 122.920 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: AsO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#11: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#12: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3683 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.86 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% v/v PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 5.5 and 10% v/v isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→65.62 Å / Num. obs: 452928 / % possible obs: 74.5 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 1.57→1.69 Å / Num. unique obs: 22648 / CC1/2: 0.78

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.57→65.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 3.938 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20439 -5 %RANDOM
Rwork0.16792 ---
obs0.16974 22648 73.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.787 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20.07 Å20.01 Å2
2---0.02 Å20.13 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.57→65.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29875 0 644 3683 34202
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01331611
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01528997
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8861.66342934
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5061.58266774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.64153903
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.26722.3091685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.678155055
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.42215206
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.24036
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0236344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.027484
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5090.94215468
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5090.94215467
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7861.4119380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.7861.4119381
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.861.04216143
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.861.04216139
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.3291.51823507
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.88411.95637045
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.79211.54636333
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.57→1.606 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 200 -
Rwork0.235 3844 -
obs--52.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.39280.01510.06270.2608-0.02230.23290.01680.0401-0.0267-0.0211-0.008-0.00320.0270.0121-0.00880.0057-0.00060.00120.0179-0.01260.009210.7542-6.736-10.7814
20.29530.02940.00070.62210.27871.27180.0056-0.0702-0.01140.0714-0.01090.0120.0025-0.04890.00540.0111-0.00110.0040.0318-0.01370.02275.593616.446417.9743
30.39260.0191-0.07170.2563-0.01080.24010.02030.04580.0522-0.0176-0.00220.0067-0.0382-0.0123-0.0180.0101-0.00110.0060.01380.00170.009710.7069-51.9163-61.1876
40.15990.00450.01160.7732-0.43630.89850.0076-0.0639-0.03890.0562-0.015-0.02910.01090.02880.00740.00890.0001-0.0050.0466-0.00450.03315.7324-81.9026-39.6614
50.3875-0.01970.0670.2554-0.0120.2210.0144-0.0419-0.05060.0202-0.0010.00620.0407-0.0068-0.01330.0104-0.0047-0.00080.0144-0.00010.009843.8912-11.973627.1987
60.12830.0667-0.07440.8574-0.55151.01810.00480.05370.0294-0.0625-0.0321-0.035-0.01130.04220.02720.0132-0.00250.00880.0497-0.00430.032449.200917.99775.4645
70.4106-0.0017-0.07750.2733-0.0190.25010.0196-0.03970.03470.0218-0.0065-0.0029-0.03340.0154-0.01310.0078-0.00770.00550.0155-0.0120.009567.7774-57.1851-23.2685
80.34730.0764-0.02340.61450.24771.36730.02120.0756-0.0025-0.0823-0.01690.0187-0.0107-0.0483-0.00430.01980.0025-0.0030.037-0.01610.02162.5391-80.2451-52.2373
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 825
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 133
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 825
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 133
5X-RAY DIFFRACTION5E4 - 825
6X-RAY DIFFRACTION6F0 - 133
7X-RAY DIFFRACTION7G4 - 825
8X-RAY DIFFRACTION8H0 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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