PDB-8cfe: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cfe

タイトル

Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. aeruginosa in complex with F2X-Entry library fragment B03

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / Fragment screening / protein-ligand complex / drug discovery / SAM-DEPENDENT METHYLATION REACTIONS / SAHase / AHCY

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Malecki, P.H. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. aeruginosa in complex with fragment F2X-Entry B03
著者: Malecki, P.H. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K.

履歴

登録	2023年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cfe.cif.gz	756.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cfe.ent.gz	624.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cfe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8cfe_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cfe_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	8cfe_validation.xml.gz	81.4 KB	表示
CIF形式データ	8cfe_validation.cif.gz	121.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cfe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cfe	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

212 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	175.130, 104.080, 107.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.65, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-987- HOH

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase 分子量: 51735.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus RILP / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase

#1: タンパク質

Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase

分子量: 51735.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus RILP / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 7種, 1627分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン分子量: 135.127 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅
#4: 化合物	ChemComp-T9G / 2-[(1R)-1-aminopropyl]phenol 分子量: 151.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1596 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.32 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 50 mM KH2PO4, 20% (w/v) PEG8000, 20% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月27日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→49.4 Å / Num. obs: 173218 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.46 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_rim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 9.46

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.8-1.91	1.273	27182	0.421	1.44	1
1.91-2.05	0.75	26424	0.717	0.849	1
2.05-2.21	0.433	24598	0.85	0.493	1
2.21-2.42	0.265	22649	0.936	0.303	1
2.42-2.7	0.171	20464	0.973	0.194	1
2.7-3.12	0.105	18115	0.99	0.119	1
3.12-3.82	0.062	15282	0.996	0.071	1
3.82-5.39	0.041	11814	0.997	0.048	1
5.39-49.4	0.033	6690	0.999	0.038	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→42.72 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2014	2098	1.21 %
R_work	0.1572	-	-
obs	0.1577	173172	99.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14225	0	325	1596	16146

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	15003
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.965	20369
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.868	5589
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	2272
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2697

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.85	0.3986	130	0.3598	10542	X-RAY DIFFRACTION	92
1.85-1.89	0.3116	140	0.2926	11434	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.94	0.3098	140	0.2612	11438	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2	0.3008	141	0.2427	11474	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.07	0.2653	140	0.2328	11406	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.14	0.2646	140	0.1894	11416	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.23	0.2039	141	0.1754	11467	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.33	0.2117	139	0.1638	11464	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.45	0.2133	141	0.158	11459	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.6	0.199	141	0.1524	11494	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.8	0.1944	140	0.1461	11442	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-3.09	0.1827	142	0.141	11535	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.53	0.168	140	0.1325	11439	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-4.45	0.1589	141	0.1192	11459	X-RAY DIFFRACTION	99
4.45-42.72	0.1954	142	0.1503	11605	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.094	-1.975	-0.6916	1.4264	0.1169	2.7426	0.0484	0.5053	-0.3664	-0.2109	-0.1406	0.3718	0.0848	-0.3875	0.0646	0.3001	-0.0674	-0.0644	0.322	-0.0628	0.3622	3.4706	-1.3451	19.3292
2	1.0909	0.2519	-0.3453	0.5375	-0.1666	1.2251	0.0142	0.0182	-0.052	0.0012	-0.0017	0.1711	0.0201	-0.2312	-0.0136	0.2073	-0.01	-0.0217	0.2361	-0.0135	0.2904	4.5778	5.6556	35.1159
3	1.081	0.1463	0.3004	0.7646	0.2511	1.6241	-0.0105	0.0842	0.2482	-0.129	-0.0123	0.1582	-0.2627	-0.1759	0.0292	0.2399	0.0318	-0.0117	0.2046	0.0266	0.2942	19.4503	27.9404	27.4408
4	1.8004	-0.123	0.1199	0.5533	0.1281	0.1888	-0.014	-0.244	-0.2031	0.0462	0.0328	0.1494	0.0964	-0.07	-0.0147	0.2438	-0.0164	0.0038	0.2318	0.0359	0.2698	18.7828	-2.8144	46.7702
5	2.0001	2.0002	2	2	2	2	0.4266	0.0963	0.4788	-0.3346	-1.1935	0.0027	0.185	-0.1453	0.7924	0.3002	-0.0011	-0.0466	0.282	0.0227	0.316	12.8644	7.6323	29.4787
6	0.9659	-0.9677	-0.2759	1.1275	-0.065	1.615	0.1976	0.5004	0.1507	-0.6667	-0.1988	0.1479	-0.0845	-0.2417	-0.001	0.5184	0.0976	-0.0818	0.4657	0.0639	0.2622	21.0031	23.2196	-4.0451
7	3.2911	1.2785	0.4415	0.7077	-0.5079	3.4902	0.1656	0.8254	-0.0404	-0.7939	-0.176	0.132	0.2635	-0.2538	0.0198	0.8601	0.1703	-0.0772	0.6644	-0.0168	0.2767	25.6904	12.7927	-15.852
8	1.4844	0.009	-0.5847	1.0444	-0.1421	2.0951	0.1295	0.4597	0.0718	-0.6651	-0.1864	-0.1553	-0.019	0.1719	0.0742	0.5625	0.1139	0.0516	0.392	0.0664	0.2367	36.3623	14.1175	-3.6726
9	1.6257	-0.1204	-0.256	0.8682	0.1016	0.7613	-0.0102	0.2623	-0.1992	-0.2283	-0.0406	0.1031	0.1658	-0.0691	0.0479	0.3294	0.0043	-0.0187	0.2462	-0.0365	0.2034	31.6533	-3.0732	11.5568
10	0.8566	-0.0076	0.19	0.4966	0.2166	1.4532	-0.0375	0.3472	0.2096	-0.4942	-0.0323	-0.165	-0.2565	0.2436	0.0713	0.4922	0.0113	0.079	0.3593	0.1402	0.3485	44.4877	28.8198	-0.618
11	2.014	2	1.997	2.0093	2.0036	1.9983	1.7473	1.7811	0.7782	-1.6366	-1.8265	-0.793	0.8367	0.1231	0.1	0.4184	0.0479	-0.0789	0.4055	0.1358	0.3776	27.8413	16.3104	3.1827
12	1.1622	0.0229	-0.5918	0.3017	0.0278	1.3378	0.0167	0.0332	0.1186	-0.055	0.0136	-0.1608	0.0044	0.4048	-0.0249	0.2326	0.0162	0.0443	0.3843	0.0174	0.3142	73.3392	15.2961	20.4939
13	1.0537	-0.0222	0.5905	0.7428	0.0046	1.6827	-0.0008	0.0715	0.3331	-0.055	-0.0261	-0.1261	-0.2541	0.1748	0.0311	0.2616	-0.0303	0.0411	0.2368	0.0318	0.3637	51.0803	32.3188	27.6451
14	1.7373	-1.2685	-0.9612	2.0436	0.573	2.7585	0.0659	-0.0428	0.4875	-0.0413	-0.0173	-0.3217	-0.5008	0.24	-0.1207	0.24	-0.0851	-0.0006	0.2639	-0.0097	0.3815	59.4938	31.9166	37.9195
15	1.8122	0.6111	-0.0202	0.3599	-0.2803	0.7482	-0.0764	0.4199	-0.046	-0.207	0.0675	-0.1524	0.1238	0.2357	0.0199	0.3208	0.0563	0.07	0.3518	-0.0052	0.2522	61.0148	6.3097	5.4237
16	2.0087	1.9902	2.0041	2.0008	1.9965	2.0033	0.4951	1.3455	1.7509	-0.2967	-1.5846	-1.3495	0.5573	0.6223	1.1251	0.2251	0.0477	0.0216	0.4561	-0.0334	0.542	64.3683	15.1756	24.3837
17	1.2319	-0.5524	0.0362	2.2484	-0.3675	1.3754	-0.0586	-0.2466	0.2615	0.3078	-0.0083	-0.3661	-0.1549	0.1939	0.0625	0.251	-0.0222	-0.0619	0.2946	-0.0438	0.2884	53.3809	21.8834	59.8408
18	4.0527	-0.9089	-0.958	2.1823	-0.6545	2.433	-0.1008	-0.514	-0.1044	0.4117	0.022	-0.2906	0.0815	0.3866	0.0608	0.3467	0.0252	-0.0753	0.3704	0.01	0.2674	52.2215	8.5891	69.3746
19	1.9122	-0.133	-1.1229	0.8141	0.085	2.2645	-0.0692	-0.1774	-0.0416	0.1664	0.0409	0.0482	0.1386	-0.0568	0.0288	0.2478	0.0036	-0.0141	0.1949	0.0019	0.2273	41.1422	9.0538	57.713
20	1.8853	0.305	0.0963	1.071	0.1921	0.9946	-0.0089	-0.0574	-0.2162	0.0107	-0.0083	-0.1732	0.2284	0.1885	0.0147	0.2589	0.0455	0.0084	0.2198	0.0212	0.2288	49.616	-3.1531	39.8307
21	1.606	-0.4406	0.5337	1.0783	-0.2331	1.1598	-0.0698	-0.3569	0.0353	0.248	0.0941	0.1271	-0.0737	-0.1578	-0.0306	0.2265	0.0168	0.0275	0.217	-0.0397	0.206	29.135	21.6385	56.7872
22	8.3994	1.3421	-8.0913	4.8104	1.6351	9.6607	1.068	-0.0485	0.3134	0.7996	-1.2469	0.3504	1.0549	-0.2481	0.1906	0.3575	0.0598	-0.043	0.2403	-0.0452	0.2754	48.3369	14.8745	51.2894

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 34 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 35 through 215 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 216 through 383 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 384 through 469 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 502 through 502 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 9 through 112 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 113 through 150 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 151 through 215 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 216 through 383 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 384 through 469 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 502 through 502 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 7 through 215 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 216 through 350 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 351 through 383 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 384 through 469 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 502 through 502 )
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18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 113 through 150 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 151 through 215 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 216 through 383 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 384 through 469 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 502 through 502 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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