PDB-8cfc: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cfc

タイトル

Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. aeruginosa in complex with F2X-Entry library fragment A01

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / Fragment screening / protein-ligand complex / drug discovery / SAM-DEPENDENT METHYLATION REACTIONS / SAHase / AHCY

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Malecki, P.H. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. aeruginosa in complex with fragment F2X-Entry A01
著者: Malecki, P.H. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K.

履歴

登録	2023年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cfc.cif.gz	753.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cfc.ent.gz	621.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cfc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8cfc_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cfc_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	8cfc_validation.xml.gz	82.2 KB	表示
CIF形式データ	8cfc_validation.cif.gz	125.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cfc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cfc	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

212 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	175.220, 104.320, 107.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.55, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase 分子量: 51735.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus RILP / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase

#1: タンパク質

Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase

分子量: 51735.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus RILP / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 7種, 1835分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン分子量: 135.127 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 化合物	ChemComp-UHR / [(2R)-oxan-2-yl]methanamine 分子量: 115.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1802 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.33 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 50 mM KH2PO4, 20% (w/v) PEG8000, 20% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月27日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.64→48.55 Å / Num. obs: 232455 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.53 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.113 / R_rim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 9.02

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.64-1.73	1.404	36447	0.389	1.598	1
1.73-1.85	0.92	35437	0.637	1.033	1
1.85-2	0.511	32973	0.849	0.575	1
2-2.19	0.292	30396	0.939	0.331	1
2.19-2.45	0.17	27484	0.976	0.193	1
2.45-2.83	0.105	24335	0.991	0.118	1
2.83-3.46	0.063	20526	0.996	0.072	1
3.46-4.88	0.039	15957	0.998	0.045	1
4.88-48.55	0.034	8900	0.998	0.039	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.64→42.71 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1906	2439	1.05 %
R_work	0.1546	-	-
obs	0.155	232401	99.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→42.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14225	0	331	1802	16358

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	14997
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.837	20355
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.208	5596
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	2271
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2694

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.64-1.67	0.3414	131	0.3253	12340	X-RAY DIFFRACTION	91
1.67-1.71	0.3318	144	0.2961	13546	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.74	0.3112	143	0.2791	13524	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.79	0.2762	145	0.2654	13613	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.84	0.3173	142	0.2561	13516	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.89	0.3112	144	0.235	13597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.95	0.2478	144	0.1974	13542	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.02	0.2001	144	0.1753	13574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.1	0.217	144	0.1689	13578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.2	0.1823	145	0.1591	13617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.31	0.2048	144	0.1468	13612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.46	0.2072	144	0.1474	13553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.65	0.1952	144	0.1454	13616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.92	0.1848	145	0.1374	13659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.34	0.1623	145	0.1331	13627	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-4.2	0.1495	145	0.1166	13669	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2-42.71	0.1466	146	0.1324	13779	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7164	0.0556	-0.3113	0.5173	-0.1353	1.0277	-0.0048	0.0396	-0.0284	-0.0163	0.0008	0.1328	0.0262	-0.2068	0.0034	0.1627	-0.01	-0.019	0.1963	-0.0077	0.2154	4.5277	4.8327	33.0225
2	0.8719	0.0903	0.3552	0.5647	0.2313	1.3306	-0.0046	0.0352	0.1956	-0.0816	-0.01	0.0839	-0.2132	-0.1301	0.0205	0.1821	0.0218	-0.0013	0.1423	0.0143	0.2156	19.5555	28.0353	27.5156
3	1.3872	-0.1114	0.0245	0.2771	0.0539	0.3299	-0.0076	-0.1935	-0.1116	0.0301	0.0187	0.0895	0.0964	-0.048	-0.0104	0.2039	-0.0115	0.0034	0.175	0.0177	0.2066	18.8795	-2.8561	46.6302
4	2.0061	2.0008	2.0077	2.0026	2.0002	2.0097	0.3116	-0.9845	0.3696	-0.3084	-1.624	0.8416	0.0185	-0.723	1.3506	0.1558	0.038	-0.0322	0.2655	-0.0508	0.2855	12.9579	7.7356	29.3573
5	0.9629	-0.2389	-0.4171	1.5552	-0.0469	0.9247	0.0757	0.3053	0.1611	-0.3466	-0.0532	0.1157	-0.0401	-0.1771	-0.0264	0.2653	0.0327	-0.0488	0.2795	0.0562	0.1758	21.1485	23.494	-4.0126
6	2.8209	1.0522	-0.5501	2.1696	-0.7917	3.1965	-0.0624	0.4746	-0.0343	-0.483	-0.0068	0.1299	0.1686	-0.3174	0.0681	0.4048	0.0273	-0.0355	0.354	-0.0093	0.1616	25.7946	12.8829	-15.7324
7	1.2894	0.2624	-0.9219	0.9899	-0.1308	1.603	0.0147	0.245	0.0586	-0.3632	-0.0304	-0.1118	-0.0301	-0.0101	0.0235	0.2959	0.0379	0.0106	0.1974	0.0348	0.1685	36.3976	14.3041	-3.7122
8	1.3327	-0.1816	-0.2186	0.5643	0.0906	0.4882	-0.0309	0.1638	-0.1566	-0.1306	-0.0197	0.0652	0.1351	-0.0623	0.051	0.2598	-0.0037	-0.0036	0.1766	-0.0157	0.1695	31.7714	-2.9438	11.4328
9	0.57	-0.0077	0.1991	0.3579	0.2071	1.4355	-0.0246	0.1532	0.1045	-0.2734	0.008	-0.1097	-0.2383	0.1704	0.0197	0.3158	-0.0103	0.0486	0.2058	0.0631	0.2607	44.5891	28.9961	-0.4459
10	2.0018	1.9945	1.9974	2	1.9992	1.9995	0.9431	0.8824	0.7495	-0.7254	-1.0924	-0.7648	0.6819	-0.2091	0.157	0.281	-0.0011	-0.0162	0.2446	0.0907	0.2486	27.9523	16.5163	3.2814
11	0.9084	0.7863	0.031	2.6636	0.2635	1.1332	-0.0425	0.0495	-0.1548	0.1552	0.0779	-0.4007	0.096	0.5867	-0.0074	0.1969	0.0784	0.0125	0.4746	0.0123	0.2704	76.5011	7.3778	33.0753
12	2.8369	0.4405	-1.5396	1.0624	-0.0529	1.8401	-0.1184	0.0262	-0.1943	-0.1737	0.0102	-0.2014	0.2583	0.2778	0.1021	0.2437	0.0746	0.0384	0.3472	0.0334	0.2594	73.2345	4.3201	16.2963
13	0.783	0.2205	0.0043	1.0048	0.1866	1.3023	0.0702	-0.1334	0.0806	0.0022	-0.01	-0.2538	0.0694	0.3521	-0.0739	0.1597	0.0241	0.0209	0.3807	0.0105	0.2558	75.7766	13.2725	26.3425
14	1.7798	0.6219	-0.026	1.0547	0.49	2.414	0.0713	-0.111	0.3118	0.0025	0.0277	-0.1707	-0.1066	0.6217	-0.0939	0.1806	-0.0328	0.0669	0.4567	0.0009	0.3567	81.4973	23.0518	18.6294
15	0.6474	-0.0018	-0.6223	0.3812	-0.0444	1.8669	0.0369	0.0878	0.088	-0.1017	-0.029	-0.1376	-0.0768	0.2402	-0.012	0.1559	0.0074	0.0351	0.2252	0.0225	0.2296	66.0001	20.2496	14.7313
16	0.9823	-0.3238	0.4346	0.4649	0.0396	1.9338	0.0467	0.0354	0.1724	-0.0718	-0.0044	-0.0569	-0.1555	0.0603	-0.0431	0.182	-0.0141	0.0239	0.158	0.0152	0.2289	45.3522	28.1714	23.3475
17	0.4496	-0.1495	0.2723	0.7885	0.0185	1.7487	0.0019	-0.0282	0.2214	-0.0049	-0.039	-0.1435	-0.2713	0.2356	0.0348	0.2401	-0.0655	0.0294	0.2178	-0.004	0.3214	56.3295	36.0215	31.7997
18	1.3077	-1.3385	-0.7397	2.7999	1.3976	3.0645	0.0133	-0.1165	0.3335	-0.0163	0.0605	-0.2125	-0.3852	0.3181	-0.1156	0.2015	-0.0639	0.0122	0.2648	-0.0223	0.3225	59.6053	31.87	38.1138
19	2.1746	0.3681	-0.4508	1.4176	-0.8281	1.0221	-0.0209	0.2765	-0.0144	-0.2766	-0.0586	-0.1564	0.2469	0.4018	0.0883	0.2035	0.0467	0.0365	0.3196	0.0055	0.2202	71.504	11.9962	5.7555
20	1.719	0.4979	0.0998	1.521	-0.1828	1.5103	-0.0123	0.2558	-0.043	-0.257	0.0474	-0.1347	0.1211	0.1421	-0.0422	0.2579	0.0404	0.0511	0.2197	0.0021	0.2047	51.7499	1.435	5.1605
21	2.0016	2.0013	1.9994	2.0012	1.9989	2.003	0.4339	1.0568	1.2031	-0.1123	-1.3043	-0.9977	0.4289	0.399	0.8864	0.203	-0.0038	0.0349	0.3312	-0.0007	0.3582	64.4956	15.1815	24.4758
22	0.9345	-0.1399	-0.3023	1.391	-0.2853	1.077	-0.0041	-0.2018	0.0572	0.2522	-0.0028	-0.2511	-0.0596	0.2714	0.0134	0.2024	-0.0171	-0.068	0.2643	-0.0403	0.2089	52.0002	17.1275	63.5907
23	1.525	-0.1895	-1.4233	0.2297	0.1933	2.4139	-0.0464	-0.0444	-0.0172	0.0448	0.0068	0.014	0.144	-0.015	0.0435	0.1754	-0.0114	-0.0222	0.1441	-0.0163	0.1749	40.613	8.4953	53.0936
24	1.4468	0.1911	0.0166	0.799	0.145	0.7442	-0.0223	-0.0791	-0.1402	0.0107	0.0049	-0.1533	0.182	0.1688	0.0174	0.1985	0.0427	0.0034	0.173	0.0159	0.1673	49.7013	-3.2459	39.7289
25	0.6654	-0.1095	0.2787	0.573	-0.2324	1.1222	-0.0156	-0.1605	0.0413	0.1329	0.0428	0.0602	-0.0578	-0.0652	-0.0261	0.2077	0.0017	0.0105	0.1921	-0.0333	0.2045	29.2223	21.5306	56.807
26	2.0004	1.9992	2.0005	2.001	1.9995	2.0005	0.8931	0.6117	0.3941	0.4835	-0.2264	-0.1693	0.355	0.3964	-0.6853	0.2429	0.0311	0.0199	0.2843	-0.0448	0.2619	48.4498	14.6983	51.337

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 215 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 216 through 383 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 384 through 469 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 502 through 502 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 9 through 112 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 113 through 150 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 151 through 215 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 216 through 383 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 384 through 469 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 502 through 502 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 7 through 34 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 35 through 63 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 64 through 112 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 113 through 150 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 151 through 215 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 216 through 279 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 280 through 350 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 351 through 383 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 384 through 424 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 425 through 469 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 502 through 502 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 9 through 165 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 166 through 215 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 216 through 383 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 384 through 469 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 502 through 502 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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