PDB-8cf7: Dimethylated RSL-R5 in complex with cucurbit[7]uril, C121 sheet a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cf7

タイトル

Dimethylated RSL-R5 in complex with cucurbit[7]uril, C121 sheet assembly

要素

RSL-R5

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / lectin / cucurbituril / biomaterials / supramolecular

機能・相同性

cucurbit[7]uril

機能・相同性情報

生物種

Ralstonia solanacearum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.14 Å

データ登録者

Ramberg, K. / Crowley, P.B.

資金援助

アイルランド, 2件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2023
タイトル: Cage versus sheet: Probing the Determinants of Protein - Cucurbit[7]uril Crystalline Architectures.
著者: Ramberg, K.O. / Crowley, P.B.

履歴

登録	2023年2月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cf7.cif.gz	152.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cf7.ent.gz	127.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cf7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cf7_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cf7_full_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示
XML形式データ	8cf7_validation.xml.gz	35.2 KB	表示
CIF形式データ	8cf7_validation.cif.gz	51.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cf7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cf7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cf6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RSL-R5

B: RSL-R5

C: RSL-R5

D: RSL-R5

E: RSL-R5

F: RSL-R5

ヘテロ分子

67.5 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RSL-R5

B: RSL-R5

C: RSL-R5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
33.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: RSL-R5

E: RSL-R5

F: RSL-R5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.695, 50.396, 140.219
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.05, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-241- HOH

#1: タンパク質	RSL-R5 分子量: 9844.689 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-QQ7 / cucurbit[7]uril 分子量: 1162.962 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₄₂N₂₈O₁₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 929 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: hexagonal plate
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 25 % PEG3350 0.1 M Bis-Tris pH 5.5 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.14→46.74 Å / Num. obs: 212450 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 12.02 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 1.14→1.16 Å / 冗長度: 33.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 7323 / CC_1/2: 0.93 / R_pim(I) all: 0.256 / R_rim(I) all: 0.465 / % possible all: 66.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v1.17	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.14→46.74 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1868	10549	4.97 %
R_work	0.1772	-	-
obs	0.1778	212341	95.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.14→46.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4140	0	596	929	5665

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5155
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.899	7311
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.473	1260
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	665
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.016	1111

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.14-1.15	0.2523	209	0.2395	4570	X-RAY DIFFRACTION	64
1.15-1.17	0.2568	293	0.2362	5032	X-RAY DIFFRACTION	72
1.17-1.18	0.2427	285	0.2213	5611	X-RAY DIFFRACTION	79
1.18-1.19	0.1883	325	0.2175	5950	X-RAY DIFFRACTION	85
1.19-1.21	0.2055	295	0.2105	6369	X-RAY DIFFRACTION	90
1.21-1.23	0.2155	336	0.2094	6474	X-RAY DIFFRACTION	92
1.23-1.24	0.2338	297	0.2009	6602	X-RAY DIFFRACTION	93
1.24-1.26	0.2362	398	0.1957	6753	X-RAY DIFFRACTION	95
1.26-1.28	0.2052	346	0.2005	6733	X-RAY DIFFRACTION	96
1.28-1.3	0.2024	407	0.1945	6807	X-RAY DIFFRACTION	98
1.3-1.33	0.187	373	0.1938	7022	X-RAY DIFFRACTION	99
1.33-1.35	0.1864	324	0.188	6919	X-RAY DIFFRACTION	99
1.35-1.38	0.1813	345	0.1909	6999	X-RAY DIFFRACTION	99
1.38-1.4	0.1997	326	0.1908	7103	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4-1.43	0.1925	357	0.1893	6946	X-RAY DIFFRACTION	99
1.43-1.47	0.1892	375	0.1808	6906	X-RAY DIFFRACTION	99
1.47-1.51	0.1748	362	0.1812	7073	X-RAY DIFFRACTION	99
1.51-1.55	0.204	357	0.1776	6992	X-RAY DIFFRACTION	99
1.55-1.59	0.1917	372	0.1776	7046	X-RAY DIFFRACTION	99
1.59-1.64	0.1821	392	0.1738	7015	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.7	0.2063	385	0.1739	7007	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.77	0.1912	325	0.1818	7095	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.85	0.1915	391	0.1811	7070	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.95	0.1856	306	0.1636	7229	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.07	0.1869	319	0.1672	7063	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.23	0.1925	442	0.1755	7041	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.45	0.1926	391	0.1812	7045	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.81	0.1932	433	0.1812	7123	X-RAY DIFFRACTION	99
2.81-3.54	0.1791	396	0.1671	7052	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-46.74	0.1563	387	0.1606	7145	X-RAY DIFFRACTION	97

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)