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- PDB-8ceg: BAR domain protein FAM92A1 essential for mitochondrial membrane r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ceg
タイトルBAR domain protein FAM92A1 essential for mitochondrial membrane remodeling
要素CBY1-interacting BAR domain-containing protein 1
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / BAR domain / mitochondria / membrane binding
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane tubulation / inner mitochondrial membrane organization / ciliary transition zone / limb morphogenesis / membrane organization / positive regulation of smoothened signaling pathway / ciliary base / mitochondrial crista / cilium assembly / centriole ...membrane tubulation / inner mitochondrial membrane organization / ciliary transition zone / limb morphogenesis / membrane organization / positive regulation of smoothened signaling pathway / ciliary base / mitochondrial crista / cilium assembly / centriole / phospholipid binding / mitochondrial inner membrane / ciliary basal body / mitochondrion / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CBY1-interacting BAR domain-containing protein/FAM92 / CBY1-interacting BAR domain-containing protein 1/2, BAR domain / FAM92 protein / AH/BAR domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CBY1-interacting BAR domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Kajander, T. / Fudo, S. / Yan, Z. / Zhao, H.
資金援助 フィンランド, 2件
組織認可番号国
Academy of Finland266846 フィンランド
Jane and Aatos Erkko Foundation フィンランド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Membrane remodeling by FAM92A1 during brain development regulates neuronal morphology, synaptic function, and cognition.
著者: Wang, L. / Yang, Z. / Satoshi, F. / Prasanna, X. / Yan, Z. / Vihinen, H. / Chen, Y. / Zhao, Y. / He, X. / Bu, Q. / Li, H. / Zhao, Y. / Jiang, L. / Qin, F. / Dai, Y. / Zhang, N. / Qin, M. / ...著者: Wang, L. / Yang, Z. / Satoshi, F. / Prasanna, X. / Yan, Z. / Vihinen, H. / Chen, Y. / Zhao, Y. / He, X. / Bu, Q. / Li, H. / Zhao, Y. / Jiang, L. / Qin, F. / Dai, Y. / Zhang, N. / Qin, M. / Kuang, W. / Zhao, Y. / Jokitalo, E. / Vattulainen, I. / Kajander, T. / Zhao, H. / Cen, X.
履歴
登録2023年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CBY1-interacting BAR domain-containing protein 1
B: CBY1-interacting BAR domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1262
ポリマ－51,1262
非ポリマー00
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Asymmetric unit contains the biological relevant oligomer (dimer).
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area21420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.044, 54.915, 57.505
Angle α, β, γ (deg.)88.32, 67.40, 63.86
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 CBY1-interacting BAR domain-containing protein 1


分子量: 25563.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CIBAR1, FAM92A, FAM92A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1XBS5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M Citrate, 6% tert-butanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.89998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.89998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→30 Å / Num. obs: 30902 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 32.44 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.03→2.08 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2177 / CC1/2: 0.731 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1精密化
autoPROCdata processing
Arcimboldo1.0.16位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.03→28.92 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.06 / 位相誤差: 27.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 1567 5.08 %
Rwork0.1848 --
obs0.1872 30855 97.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→28.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3225 0 0 156 3381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.155
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7451229
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057511
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013573
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.03-2.090.32361420.2622554X-RAY DIFFRACTION94
2.09-2.170.30681510.24182649X-RAY DIFFRACTION97
2.17-2.260.35671380.2252640X-RAY DIFFRACTION97
2.26-2.360.29031210.21882689X-RAY DIFFRACTION97
2.36-2.480.24631290.19322680X-RAY DIFFRACTION97
2.48-2.640.21731330.19212683X-RAY DIFFRACTION98
2.64-2.840.22191640.17952669X-RAY DIFFRACTION98
2.84-3.130.26761560.19062686X-RAY DIFFRACTION98
3.13-3.580.24671500.18632686X-RAY DIFFRACTION99
3.58-4.510.19081420.15542692X-RAY DIFFRACTION98
4.51-28.920.1851410.17072660X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2197-0.18231.21343.4309-4.27727.32180.2122-0.1339-0.0945-0.35690.00610.14910.6692-0.0476-0.17460.46440.0352-0.07390.262-0.01540.195677.187728.282227.8585
20.0633-0.25730.58881.2309-2.63895.9376-0.0820.49550.3184-0.71070.2164-0.120.8277-0.1066-0.02320.7398-0.0575-0.00870.63380.14810.380177.059140.0819-3.9306
30.65990.0756-0.46632.3174-3.80155.644-0.1049-0.094-0.04610.07070.33150.0563-0.2724-0.8109-0.15240.37430.0052-0.08550.35640.03810.22870.852742.623712.2849
40.7927-0.38530.83810.9919-1.21812.4070.01880.06220.008-0.0422-0.2108-0.19920.01720.25520.05390.40770.0101-0.08010.33380.04920.251884.522328.291341.4081
50.0385-0.21310.22030.3582-0.60460.5238-0.31150.06730.3130.0501-0.1864-0.5618-0.14080.19340.22540.50880.0947-0.06680.38920.1440.4274100.15392.196569.2934
60.0182-0.68190.74171.3194-1.84862.3013-0.3211-0.17960.14810.50240.0814-0.3813-0.5-0.2656-0.02380.53350.0234-0.12580.41320.07010.307983.49921.056258.3415
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 94 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 95 through 142 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 143 through 213 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 95 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 96 through 140 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 141 through 213 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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