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- PDB-8ce9: Crystal structure of human Cd11b I domain in C121 space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ce9
タイトルCrystal structure of human Cd11b I domain in C121 space group
要素Integrin alpha-M
キーワードCELL ADHESION / ITGAMA integrin leukocytes
機能・相同性
機能・相同性情報


ectodermal cell differentiation / positive regulation of prostaglandin-E synthase activity / positive regulation of neutrophil degranulation / response to curcumin / integrin alphaM-beta2 complex / response to Gram-positive bacterium / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / complement component C3b binding / vertebrate eye-specific patterning / complement-mediated synapse pruning ...ectodermal cell differentiation / positive regulation of prostaglandin-E synthase activity / positive regulation of neutrophil degranulation / response to curcumin / integrin alphaM-beta2 complex / response to Gram-positive bacterium / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / complement component C3b binding / vertebrate eye-specific patterning / complement-mediated synapse pruning / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / negative regulation of dopamine metabolic process / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / complement receptor mediated signaling pathway / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / cargo receptor activity / cell adhesion mediated by integrin / phagocytosis, engulfment / plasma membrane raft / amyloid-beta clearance / tertiary granule membrane / positive regulation of protein targeting to membrane / Integrin cell surface interactions / response to mechanical stimulus / specific granule membrane / forebrain development / heat shock protein binding / cell-matrix adhesion / receptor-mediated endocytosis / positive regulation of superoxide anion generation / integrin-mediated signaling pathway / response to ischemia / Cell surface interactions at the vascular wall / microglial cell activation / cell-cell adhesion / integrin binding / response to estradiol / amyloid-beta binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cell adhesion / external side of plasma membrane / innate immune response / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 ...: / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Koekemoer, L. / Williams, E. / Ni, X. / Gao, Q. / Coker, J. / MacLean, E.M. / Wright, N.D. / Marsden, B. / Von Delft, F. / Schwenzer, A. / Midwood, K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
University of Oxford, Medical Sciences Internal Fund (MSIF) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human Cd11b I domain in C121 space group
著者: Koekemoer, L. / Williams, E. / Ni, X. / Gao, Q. / Coker, J. / MacLean, E.M. / Wright, N.D. / Marsden, B. / Von Delft, F. / Schwenzer, A. / Midwood, K.
履歴
登録2023年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Integrin alpha-M
A: Integrin alpha-M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,02027
ポリマ－49,2982
非ポリマー1,72225
水1,49583
1
B: Integrin alpha-M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,46213
ポリマ－24,6491
非ポリマー81312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Integrin alpha-M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,55814
ポリマ－24,6491
非ポリマー90913
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.495, 51.494, 90.172
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 132.961, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Integrin alpha-M / CD11 antigen-like family member B / CR-3 alpha chain / Cell surface glycoprotein MAC-1 subunit ...CD11 antigen-like family member B / CR-3 alpha chain / Cell surface glycoprotein MAC-1 subunit alpha / Leukocyte adhesion receptor MO1 / Neutrophil adherence receptor


分子量: 24648.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAM, CD11B, CR3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11215
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.45 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25% PEG Smear Medium 0.1M cacodylate pH 5.5 0.2M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→65.99 Å / Num. obs: 23208 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.981 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.11→2.15 Å / Num. unique obs: 728 / CC1/2: 0.298

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.11→65.989 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 6.435 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.2 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2389 1085 4.675 %
Rwork0.1883 22123 -
all0.191 --
obs-23208 92.458 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 31.606 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.069 Å2-0 Å21.006 Å2
2---2.663 Å20 Å2
3----0.102 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→65.989 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2974 0 105 83 3162
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0133164
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0153023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6091.6584251
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2831.5766926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2955392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.42422.426169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.44315520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3131521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023560
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02746
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2680
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1870.22892
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1640.21506
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.21466
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1670.215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2110.2111
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1950.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3243.2281544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3213.2261542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2844.8371935
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2814.8371935
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1563.5621620
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1553.5631621
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5575.1952313
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5565.1962314
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.10139.0323394
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.09738.9963387
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.11-2.1650.261660.28710240.28518470.7660.7559.01460.279
2.165-2.2240.313700.26111500.26417970.760.81767.89090.248
2.224-2.2890.258610.24113130.24117490.840.85578.55920.224
2.289-2.3590.283700.22714520.22916960.8570.86689.74060.21
2.359-2.4360.28840.20715470.21116390.8740.8999.51190.186
2.436-2.5210.267750.21614940.21815710.8840.90399.87270.187
2.521-2.6170.249590.20414930.20615520.9060.911000.177
2.617-2.7230.278600.19114240.19414840.8940.9181000.166
2.723-2.8440.264710.18913400.19314110.8950.9221000.165
2.844-2.9830.266480.18113150.18413630.880.9231000.158
2.983-3.1440.251410.19212580.19312990.8890.9171000.168
3.144-3.3340.277640.18711530.19212170.8980.9291000.168
3.334-3.5630.19600.18110870.18211470.9380.9421000.165
3.563-3.8480.238380.16710480.16910860.9290.9571000.157
3.848-4.2140.184490.1539360.1549850.9540.9661000.143
4.214-4.7090.198800.1418430.1469230.9620.9731000.14
4.709-5.4330.198400.167490.1617890.9560.9651000.155
5.433-6.6420.291160.2026700.2046860.9270.9451000.189
6.642-9.3460.274170.1845210.1865380.9010.941000.179
9.346-65.9890.233160.2163050.2173210.9150.9131000.23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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