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- PDB-8ce6: Crystal structure of human Cd11b I domain in P212121 space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ce6
タイトルCrystal structure of human Cd11b I domain in P212121 space group
要素Integrin alpha-M
キーワードCELL ADHESION / ITGAMA integrin leukocytes
機能・相同性
機能・相同性情報


ectodermal cell differentiation / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaM-beta2 complex / response to Gram-positive bacterium / response to curcumin / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / vertebrate eye-specific patterning / : / complement component C3b binding / complement-mediated synapse pruning ...ectodermal cell differentiation / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaM-beta2 complex / response to Gram-positive bacterium / response to curcumin / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / vertebrate eye-specific patterning / : / complement component C3b binding / complement-mediated synapse pruning / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / complement receptor mediated signaling pathway / cargo receptor activity / integrin complex / heterotypic cell-cell adhesion / phagocytosis, engulfment / cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of dopamine metabolic process / forebrain development / amyloid-beta clearance / tertiary granule membrane / plasma membrane raft / positive regulation of protein targeting to membrane / Integrin cell surface interactions / response to mechanical stimulus / specific granule membrane / positive regulation of superoxide anion generation / heat shock protein binding / receptor-mediated endocytosis / response to ischemia / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / microglial cell activation / cell-cell adhesion / integrin binding / response to estradiol / amyloid-beta binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cell adhesion / innate immune response / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / : ...: / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / von Willebrand factor type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.582 Å
データ登録者Koekemoer, L. / Williams, E. / Ni, X. / Gao, Q. / Coker, J. / MacLean, E.M. / Wright, N.D. / Marsden, B. / Von Delft, F. / Schwenzer, A. / Midwood, K.
資金援助1件
組織認可番号国
University of Oxford, Medical Sciences Internal Fund (MSIF)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human Cd11b I domain in P212121 space group
著者: Koekemoer, L. / Williams, E. / Ni, X. / Gao, Q. / Coker, J. / MacLean, E.M. / Wright, N.D. / Marsden, B. / Von Delft, F. / Schwenzer, A. / Midwood, K.
履歴
登録2023年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月12日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,98716
ポリマ－24,6351
非ポリマー1,35315
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area9220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.482, 50.906, 101.399
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Integrin alpha-M / CD11 antigen-like family member B / CR-3 alpha chain / Cell surface glycoprotein MAC-1 subunit ...CD11 antigen-like family member B / CR-3 alpha chain / Cell surface glycoprotein MAC-1 subunit alpha / Leukocyte adhesion receptor MO1 / Neutrophil adherence receptor


分子量: 24634.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAM, CD11B, CR3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11215
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.15M ammonium sulfate 25% PEG4000 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.575→50.7 Å / Num. obs: 26352 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 11.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.575→1.696 Å / Num. unique obs: 1133 / CC1/2: 0.711

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.582→50.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 2.228 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.092 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2084 1288 4.909 %
Rwork0.1747 24949 -
all0.176 --
obs-26237 91.549 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 24.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.87 Å20 Å20 Å2
2---0.64 Å20 Å2
3----1.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.582→50.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1572 0 78 88 1738
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0131726
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0151634
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6851.6412333
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4361.5783771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7865212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.55622.25893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.75115297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0171512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2221
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021917
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02403
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2331
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1910.21539
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.2802
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0830.2766
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1070.25
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1470.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1180.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8752.24816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8692.237815
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6263.3461028
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6273.351029
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6992.803910
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6972.806911
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3034.0461301
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.3014.051302
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.60428.0021815
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.54827.9181809
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.582-1.6230.405660.3610110.36320670.4620.48652.10450.365
1.623-1.6680.328610.34112650.3420160.6170.62265.77380.343
1.668-1.7160.348650.31215020.31419930.690.6978.62520.311
1.716-1.7690.279940.27916310.27919050.7310.76190.55120.272
1.769-1.8260.275980.25816530.25918650.8150.8393.88740.246
1.826-1.890.266940.20517190.20818350.880.90598.80110.187
1.89-1.9620.233870.16516450.16917320.9310.9451000.148
1.962-2.0420.174980.14815720.1516700.9590.9631000.131
2.042-2.1320.193800.14515590.14716390.9530.9661000.131
2.132-2.2360.187640.1414720.14215360.9620.971000.126
2.236-2.3570.169650.13514170.13714820.9650.9731000.123
2.357-2.50.203610.15713330.15913940.9590.9631000.145
2.5-2.6720.197490.15712850.15913340.9480.9621000.142
2.672-2.8850.212590.15911790.16212380.9520.9621000.148
2.885-3.1590.138560.15410870.15311430.9750.9681000.147
3.159-3.5310.178500.1579950.15810450.9610.9721000.156
3.531-4.0740.19500.1558830.1579330.9660.9741000.158
4.074-4.9810.189390.1497710.1518100.970.9761000.161
4.981-7.010.319270.2355990.2396260.9580.9531000.243
7.01-50.70.213250.2093710.2093960.9580.9641000.238

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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