PDB-8ce2: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of a B-DNA dou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ce2

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of a B-DNA double helical dodecamer with dirhodium tetraacetate

要素

DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')

キーワード

DNA / B-DNA / dodecamer / dirhodium / interaction

機能・相同性

Rhodium / DNA / DNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

DNA molecule (その他)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.24 Å

データ登録者

Tito, G. / Troisi, R. / Ferraro, G. / Sica, F. / Merlino, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2023
タイトル: Dirhodium tetraacetate binding to a B-DNA double helical dodecamer probed by X-ray crystallography and mass spectrometry.
著者: Tito, G. / Troisi, R. / Ferraro, G. / Geri, A. / Massai, L. / Messori, L. / Sica, F. / Merlino, A.

履歴

登録	2023年2月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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CIF形式データ	8ce2_validation.cif.gz	7.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/8ce2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/8ce2	HTTPS FTP

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スライディングクランプ (Sliding Clamps)
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類似性 (1)
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ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')

B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

7.59 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	25.530, 40.310, 65.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPCPGPAPAPTPTPCPGPCPG)-3') 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-RH / Rhodium 分子量: 102.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Rh
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.69 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 7% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 20 mM MgCl2, 80 mM spermine tetrahydrochloride, and 60 mM sodium cacodylate at pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.24→34.36 Å / Num. obs: 19898 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.8 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 23.2
反射シェル	解像度: 1.24→1.26 Å / 冗長度: 8.4 % / Num. unique obs: 996 / CC_1/2: 0.785 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.24→34.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 0.89 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.052 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2227	972	4.885 %
R_work	0.1971	18926	-
all	0.198	-	-
obs	-	19898	99.905 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.356 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.665 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.468 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.134 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.24→34.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	486	4	168	658

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.011	544
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	268
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	3.073	1.795	836
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.495	1.55	636
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.17	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.039	0.02	292
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	88
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.153	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.214	0.2	279
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.256	0.2	184
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.076	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.138	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.959	1.943	544
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.958	1.943	544
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.851	2.946	836
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.849	2.945	837
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.527	32.366	806
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.997	23.371	750

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.24-1.272	0.261	81	0.303	1356	0.3	1438	0.949	0.926	99.9305	0.282
1.272-1.307	0.287	68	0.295	1347	0.295	1416	0.935	0.929	99.9294	0.263
1.307-1.345	0.29	60	0.278	1320	0.279	1380	0.94	0.936	100	0.244
1.345-1.386	0.362	72	0.251	1232	0.256	1304	0.895	0.953	100	0.214
1.386-1.432	0.284	68	0.238	1242	0.241	1310	0.945	0.958	100	0.205
1.432-1.482	0.281	69	0.22	1168	0.224	1238	0.957	0.967	99.9192	0.187
1.482-1.538	0.215	66	0.222	1160	0.221	1226	0.972	0.969	100	0.191
1.538-1.6	0.24	54	0.206	1125	0.207	1180	0.967	0.971	99.9153	0.181
1.6-1.671	0.267	49	0.204	1047	0.207	1101	0.96	0.975	99.5459	0.189
1.671-1.753	0.156	43	0.186	1032	0.184	1075	0.983	0.977	100	0.178
1.753-1.847	0.156	61	0.169	979	0.168	1040	0.983	0.981	100	0.168
1.847-1.959	0.303	41	0.186	929	0.19	970	0.947	0.977	100	0.191
1.959-2.094	0.201	41	0.194	873	0.194	914	0.977	0.974	100	0.204
2.094-2.261	0.265	42	0.206	828	0.209	871	0.947	0.972	99.8852	0.223
2.261-2.475	0.175	30	0.195	757	0.194	787	0.977	0.977	100	0.225
2.475-2.766	0.28	38	0.204	682	0.208	720	0.943	0.972	100	0.238
2.766-3.19	0.281	36	0.204	630	0.208	668	0.947	0.972	99.7006	0.256
3.19-3.899	0.186	20	0.165	527	0.166	547	0.986	0.983	100	0.228
3.899-5.479	0.169	24	0.177	425	0.176	450	0.983	0.979	99.7778	0.24
5.479-34.36	0.218	9	0.22	267	0.22	278	0.971	0.972	99.2806	0.306

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)