PDB-8cdz: human carbonic anhydrase I complexed with 4-(3-butylureido)benzen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cdz

タイトル

human carbonic anhydrase I complexed with 4-(3-butylureido)benzenesulfonamide

要素

Carbonic anhydrase 1

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase I / sulfonamide / inhibitor / metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

hydro-lyase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.44 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2023
タイトル: Ureidobenzenesulfonamides as Selective Carbonic Anhydrase I, IX, and XII Inhibitors.
著者: Denner, T.C. / Angeli, A. / Ferraroni, M. / Supuran, C.T. / Csuk, R.

履歴

登録	2023年2月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cdz.cif.gz	224.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cdz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cdz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cdz_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cdz_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8cdz_validation.xml.gz	26.2 KB	表示
CIF形式データ	8cdz_validation.cif.gz	38.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/8cdz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/8cdz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cdxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 1

BBB: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

58.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.3 kDa, 1 ポリマー

2

BBB: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.2 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.240, 71.510, 121.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 1 / Carbonate dehydratase I / Carbonic anhydrase B / CAB / Carbonic anhydrase I / CA-I 分子量: 28906.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00915, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-U7M / 1-butyl-3-(4-sulfamoylphenyl)urea / 4-(3-butylureido)benzenesulfonamide 分子量: 271.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₇N₃O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.51 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 28-31% PEG4000, 0.2 M Sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5-9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.44→46.992 Å / Num. obs: 97034 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 11.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_rim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 19.49
反射シェル	解像度: 1.44→1.47 Å / 冗長度: 12.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / Num. unique obs: 6949 / CC_1/2: 0.828 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.44→46.992 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / SU B: 2.474 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.059 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1802	4738	4.883 %
R_work	0.1345	92296	-
all	0.137	-	-
obs	-	97034	97.307 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.561 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.324 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.681 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.357 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.44→46.992 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4032	0	42	477	4551

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	4221
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	3715
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.926	1.635	5753
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.526	1.586	8698
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.238	5	526
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.44	23.798	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.984	15	670
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.671	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	539
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	4857
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	861
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	772
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	3506
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	1999
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	289
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.071	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.157	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.682	2.57	2072
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.681	2.569	2071
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.081	3.867	2587
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.081	3.868	2588
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.417	3.004	2149
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.416	3.005	2150
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.663	4.312	3159
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.662	4.313	3160
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.414	31.61	4667
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.416	31.623	4668
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.701	3	7936

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.44-1.473	0.279	317	0.236	6622	X-RAY DIFFRACTION	95.5127
1.473-1.514	0.242	354	0.197	6477	X-RAY DIFFRACTION	95.968
1.514-1.558	0.228	333	0.166	6354	X-RAY DIFFRACTION	96.2712
1.558-1.605	0.202	305	0.15	6135	X-RAY DIFFRACTION	96.062
1.605-1.658	0.202	316	0.134	5966	X-RAY DIFFRACTION	96.7951
1.658-1.716	0.183	336	0.129	5783	X-RAY DIFFRACTION	96.8963
1.716-1.781	0.204	303	0.123	5637	X-RAY DIFFRACTION	97.3132
1.781-1.854	0.179	273	0.114	5436	X-RAY DIFFRACTION	97.2572
1.854-1.936	0.167	259	0.112	5236	X-RAY DIFFRACTION	96.8111
1.936-2.03	0.17	250	0.115	4965	X-RAY DIFFRACTION	97.0413
2.03-2.14	0.164	239	0.121	4830	X-RAY DIFFRACTION	98.1794
2.14-2.27	0.171	245	0.119	4546	X-RAY DIFFRACTION	98.3778
2.27-2.426	0.176	201	0.119	4308	X-RAY DIFFRACTION	98.3853
2.426-2.62	0.168	193	0.119	4052	X-RAY DIFFRACTION	98.7439
2.62-2.87	0.184	203	0.129	3717	X-RAY DIFFRACTION	98.8651
2.87-3.208	0.181	162	0.134	3390	X-RAY DIFFRACTION	98.9415
3.208-3.702	0.175	164	0.143	3027	X-RAY DIFFRACTION	99.3153
3.702-4.53	0.151	120	0.124	2587	X-RAY DIFFRACTION	99.1212
4.53-6.389	0.177	103	0.148	2047	X-RAY DIFFRACTION	99.445
6.389-46.992	0.227	62	0.19	1181	X-RAY DIFFRACTION	97.4138

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)